[日本語] English
万見
- PDB-6d6s: Solution structure of Trigger Factor dimer -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d6s
タイトルSolution structure of Trigger Factor dimer
要素Trigger factor
キーワードCHAPERONE / protein folding / molecular chaperone / oligomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' cotranslational protein folding / stress response to copper ion / protein unfolding / : / protein folding chaperone / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / ribosome binding / response to heat ...'de novo' cotranslational protein folding / stress response to copper ion / protein unfolding / : / protein folding chaperone / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / ribosome binding / response to heat / cell division / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trigger factor ribosome-binding domain / Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ...Trigger factor ribosome-binding domain / Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Saio, T. / Kawagoe, S. / Ishimori, K. / Kalodimos, C.G.
資金援助 米国, 日本, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R35 GM122462 米国
Japan Science and TechnologyPRESTO 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)KAKENHI (17H05657) 日本
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Oligomerization of a molecular chaperone modulates its activity.
著者: Saio, T. / Kawagoe, S. / Ishimori, K. / Kalodimos, C.G.
履歴
登録2018年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Trigger factor
B: Trigger factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3922
ポリマ－99,3922
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6430 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area46550 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 800target function
代表モデルモデル #1target function

-
要素

#1: タンパク質 Trigger factor / TF / PPIase


分子量: 49696.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: tig, b0436, JW0426 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A850, peptidylprolyl isomerase

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
121isotropic43D (1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
231isotropic43D (1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
341isotropic43D (1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
452isotropic13D-SOFAST-(1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
462isotropic113C-edited SOFAST-NOESY-HMQC
473isotropic53D (1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
483isotropic13D-SOFAST-(1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
493isotropic113C-edited SOFAST-NOESY-HMQC
1106isotropic23D (1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
1116isotropic23D (1H)-15N HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
1126isotropic23D (1H)-13C HMQC-NOESY-1H-15N HMQC
4136isotropic413C-edited NOESY-HMQC
1146isotropic415N-edited NOESY-HSQC
1155isotropic413C-edited NOESY-HSQC
1165isotropic115N-edited NOESY-HSQC
1174isotropic13D (1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
1184isotropic313C-edited NOESY-HSQC
1191isotropic42D 1H-13C HMQC
2221isotropic42D 1H-13C HMQC
3231isotropic42D 1H-13C HMQC
4241isotropic42D 1H-13C HSQC aromatic
1201isotropic12D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution12.2 mM [U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N] TF, 93% H2O/7% D2OILVMAYF-TF93% H2O/7% D2O
solution20.6 mM [U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3] Trigger Factor, 0.6 mM [Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N] TF, 100% D2OIMA_LVYF-TF100% D2O
solution30.3 mM [U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N] RBD, 0.3 mM [U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3] PPD-SBD, 100% D2OR-PS100% D2O
solution40.3 mM [U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N] RBD, 93% H2O/7% D2ORBD93% H2O/7% D2O
solution50.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PPD, 93% H2O/7% D2OPPD93% H2O/7% D2O
solution60.5 mM [U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N] SBD, 93% H2O/7% D2OSBD93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.2 mMTF[U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N]1
0.6 mMTrigger Factor[U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3]2
0.6 mMTF[Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N]2
0.3 mMRBD[U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N]3
0.3 mMPPD-SBD[U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3]3
0.3 mMRBD[U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N]4
0.8 mMPPD[U-99% 13C; U-99% 15N]5
0.5 mMSBD[U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N]6
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM295K71 atm295 K
2100 mM283K71 atm283 K
3100 mM308K71 atm308 K
4100 mMD2O7.0 pD1 atm295 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6003
Varian UNITYVarianUNITY8004
Varian UNITYVarianUNITY6005

-
解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
OliviaMasashi Yokochichemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 800 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る