PDB-6d6s: Solution structure of Trigger Factor dimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d6s

タイトル

Solution structure of Trigger Factor dimer

要素

Trigger factor

キーワード

CHAPERONE / protein folding / molecular chaperone / oligomerization

機能・相同性

機能・相同性情報

'de novo' cotranslational protein folding / stress response to copper ion / protein unfolding / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / ribosome binding / response to heat ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Saio, T. / Kawagoe, S. / Ishimori, K. / Kalodimos, C.G.

資金援助

米国,

日本, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	R35 GM122462	米国
Japan Science and Technology	PRESTO	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	KAKENHI (17H05657)	日本

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Oligomerization of a molecular chaperone modulates its activity.
著者: Saio, T. / Kawagoe, S. / Ishimori, K. / Kalodimos, C.G.

履歴

登録	2018年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d6s.cif.gz	5.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d6s.ent.gz	5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d6s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/6d6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/6d6s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3qid-2 2chq-d 3nai-1 3h03-d 3qid-1 5sv0-1 5h8y-1 5h8y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30456Solution structure of Trigger Factor dimer

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Trigger factor

B: Trigger factor

99.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 800	target function
代表モデル	モデル #1	target function

#1: タンパク質	Trigger factor / TF / PPIase 分子量: 49696.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: tig, b0436, JW0426 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A850, peptidylprolyl isomerase

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	2	1	isotropic	4	3D (1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
2	3	1	isotropic	4	3D (1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
3	4	1	isotropic	4	3D (1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
4	5	2	isotropic	1	3D-SOFAST-(1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
4	6	2	isotropic	1	13C-edited SOFAST-NOESY-HMQC
4	7	3	isotropic	5	3D (1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
4	8	3	isotropic	1	3D-SOFAST-(1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
4	9	3	isotropic	1	13C-edited SOFAST-NOESY-HMQC
1	10	6	isotropic	2	3D (1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
1	11	6	isotropic	2	3D (1H)-15N HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
1	12	6	isotropic	2	3D (1H)-13C HMQC-NOESY-1H-15N HMQC
4	13	6	isotropic	4	13C-edited NOESY-HMQC
1	14	6	isotropic	4	15N-edited NOESY-HSQC
1	15	5	isotropic	4	13C-edited NOESY-HSQC
1	16	5	isotropic	1	15N-edited NOESY-HSQC
1	17	4	isotropic	1	3D (1H)-13C HMQC-NOESY-1H-13C HMQC
1	18	4	isotropic	3	13C-edited NOESY-HSQC
1	19	1	isotropic	4	2D 1H-13C HMQC
2	22	1	isotropic	4	2D 1H-13C HMQC
3	23	1	isotropic	4	2D 1H-13C HMQC
4	24	1	isotropic	4	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	20	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	2.2 mM [U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N] TF, 93% H2O/7% D2O	ILVMAYF-TF	93% H2O/7% D2O
solution	2	0.6 mM [U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3] Trigger Factor, 0.6 mM [Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N] TF, 100% D2O	IMA_LVYF-TF	100% D2O
solution	3	0.3 mM [U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N] RBD, 0.3 mM [U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3] PPD-SBD, 100% D2O	R-PS	100% D2O
solution	4	0.3 mM [U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N] RBD, 93% H2O/7% D2O	RBD	93% H2O/7% D2O
solution	5	0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PPD, 93% H2O/7% D2O	PPD	93% H2O/7% D2O
solution	6	0.5 mM [U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N] SBD, 93% H2O/7% D2O	SBD	93% H2O/7% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
2.2 mM	TF	[U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N]	1
0.6 mM	Trigger Factor	[U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3]	2
0.6 mM	TF	[Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N]	2
0.3 mM	RBD	[U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N]	3
0.3 mM	PPD-SBD	[U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3]	3
0.3 mM	RBD	[U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N]	4
0.8 mM	PPD	[U-99% 13C; U-99% 15N]	5
0.5 mM	SBD	[U-2H; Ala-13CH3; Met-13CH3; Ile-d1-13CH3; Leu/Val-13CH3/13CH3; Phe-13C15N; Tyr-13C15N]	6

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	Label	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	100 mM	295K	7	1 atm	295 K
2	100 mM	283K	7	1 atm	283 K
3	100 mM	308K	7	1 atm	308 K
4	100 mM	D2O	7.0 pD	1 atm	295 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III	Bruker	AVANCE III	800	1
Bruker AVANCE III	Bruker	AVANCE III	700	2
Bruker AVANCE III	Bruker	AVANCE III	600	3
Varian UNITY	Varian	UNITY	800	4
Varian UNITY	Varian	UNITY	600	5

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
Olivia	Masashi Yokochi	chemical shift assignment
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 800 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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