PDB-6d63: The structure of AtzH: a little known member of the atrazine brea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d63

タイトル

The structure of AtzH: a little known member of the atrazine breakdown pathway

要素

atzH

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Atrazine ancillary protein

機能・相同性

AtzH-like / AtzH-like / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / 3-oxopentanedioic acid / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J. / Scott, C. / Esquirol, L.

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: A novel decarboxylating amidohydrolase involved in avoiding metabolic dead ends during cyanuric acid catabolism in Pseudomonas sp. strain ADP.
著者: Esquirol, L. / Peat, T.S. / Wilding, M. / Hartley, C.J. / Newman, J. / Scott, C.

履歴

登録	2018年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d63.cif.gz	307.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d63.ent.gz	245.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d63.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/6d63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/6d63	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bjtC 6bjuSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tzs-2 5cxx-1 4qdz-d 1tf9-d 3bb4-d 3s7t-2 4tzs-1 5cxx-2 5gv4-d 4keq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: atzH

B: atzH

C: atzH

D: atzH

E: atzH

F: atzH

G: atzH

H: atzH

I: atzH

J: atzH

K: atzH

L: atzH

ヘテロ分子

210 kDa, 12 ポリマー
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1

A: atzH

B: atzH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
35.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: atzH

D: atzH

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: atzH

F: atzH

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
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4

G: atzH

H: atzH

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
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5

I: atzH

J: atzH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 2 ポリマー
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6

K: atzH

L: atzH

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.724, 74.656, 103.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.69, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	ALA	ALA	A	A	3 - 128	25 - 150
2	1	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	3 - 128	25 - 150
1	2	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	3 - 129	25 - 151
2	2	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	3 - 129	25 - 151
1	3	MET	MET	ALA	ALA	A	A	4 - 128	26 - 150
2	3	MET	MET	ALA	ALA	D	D	4 - 128	26 - 150
1	4	MET	MET	LEU	LEU	A	A	4 - 129	26 - 151
2	4	MET	MET	LEU	LEU	E	E	4 - 129	26 - 151
1	5	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	3 - 129	25 - 151
2	5	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	3 - 129	25 - 151
1	6	MET	MET	LEU	LEU	A	A	4 - 129	26 - 151
2	6	MET	MET	LEU	LEU	G	G	4 - 129	26 - 151
1	7	GLU	GLU	ALA	ALA	A	A	3 - 128	25 - 150
2	7	GLU	GLU	ALA	ALA	H	H	3 - 128	25 - 150
1	8	MET	MET	LEU	LEU	A	A	4 - 129	26 - 151
2	8	MET	MET	LEU	LEU	I	I	4 - 129	26 - 151
1	9	GLU	GLU	ALA	ALA	A	A	3 - 128	25 - 150
2	9	GLU	GLU	ALA	ALA	J	J	3 - 128	25 - 150
1	10	MET	MET	LEU	LEU	A	A	4 - 129	26 - 151
2	10	MET	MET	LEU	LEU	K	K	4 - 129	26 - 151
1	11	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	3 - 129	25 - 151
2	11	GLU	GLU	LEU	LEU	L	L	3 - 129	25 - 151
1	12	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	2 - 129	24 - 151
2	12	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	2 - 129	24 - 151
1	13	MET	MET	ALA	ALA	B	B	4 - 128	26 - 150
2	13	MET	MET	ALA	ALA	D	D	4 - 128	26 - 150
1	14	MET	MET	LEU	LEU	B	B	4 - 129	26 - 151
2	14	MET	MET	LEU	LEU	E	E	4 - 129	26 - 151
1	15	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	3 - 129	25 - 151
2	15	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	3 - 129	25 - 151
1	16	MET	MET	LEU	LEU	B	B	4 - 129	26 - 151
2	16	MET	MET	LEU	LEU	G	G	4 - 129	26 - 151
1	17	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	2 - 128	24 - 150
2	17	LEU	LEU	ALA	ALA	H	H	2 - 128	24 - 150
1	18	MET	MET	LEU	LEU	B	B	4 - 129	26 - 151
2	18	MET	MET	LEU	LEU	I	I	4 - 129	26 - 151
1	19	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	2 - 128	24 - 150
2	19	LEU	LEU	ALA	ALA	J	J	2 - 128	24 - 150
1	20	MET	MET	LEU	LEU	B	B	4 - 129	26 - 151
2	20	MET	MET	LEU	LEU	K	K	4 - 129	26 - 151
1	21	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	2 - 129	24 - 151
2	21	LEU	LEU	LEU	LEU	L	L	2 - 129	24 - 151
1	22	MET	MET	ALA	ALA	C	C	4 - 128	26 - 150
2	22	MET	MET	ALA	ALA	D	D	4 - 128	26 - 150
1	23	MET	MET	LEU	LEU	C	C	4 - 129	26 - 151
2	23	MET	MET	LEU	LEU	E	E	4 - 129	26 - 151
1	24	GLU	GLU	ALA	ALA	C	C	3 - 128	25 - 150
2	24	GLU	GLU	ALA	ALA	F	F	3 - 128	25 - 150
1	25	MET	MET	LEU	LEU	C	C	4 - 129	26 - 151
2	25	MET	MET	LEU	LEU	G	G	4 - 129	26 - 151
1	26	MET	MET	ALA	ALA	C	C	1 - 128	23 - 150
2	26	MET	MET	ALA	ALA	H	H	1 - 128	23 - 150
1	27	MET	MET	ALA	ALA	C	C	4 - 128	26 - 150
2	27	MET	MET	ALA	ALA	I	I	4 - 128	26 - 150
1	28	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	2 - 129	24 - 151
2	28	LEU	LEU	LEU	LEU	J	J	2 - 129	24 - 151
1	29	MET	MET	ALA	ALA	C	C	4 - 128	26 - 150
2	29	MET	MET	ALA	ALA	K	K	4 - 128	26 - 150
1	30	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	2 - 129	24 - 151
2	30	LEU	LEU	LEU	LEU	L	L	2 - 129	24 - 151
1	31	MET	MET	ALA	ALA	D	D	4 - 128	26 - 150
2	31	MET	MET	ALA	ALA	E	E	4 - 128	26 - 150
1	32	MET	MET	ALA	ALA	D	D	4 - 128	26 - 150
2	32	MET	MET	ALA	ALA	F	F	4 - 128	26 - 150
1	33	MET	MET	ALA	ALA	D	D	4 - 128	26 - 150
2	33	MET	MET	ALA	ALA	G	G	4 - 128	26 - 150
1	34	MET	MET	ALA	ALA	D	D	4 - 128	26 - 150
2	34	MET	MET	ALA	ALA	H	H	4 - 128	26 - 150
1	35	MET	MET	ALA	ALA	D	D	4 - 128	26 - 150
2	35	MET	MET	ALA	ALA	I	I	4 - 128	26 - 150
1	36	MET	MET	ALA	ALA	D	D	4 - 128	26 - 150
2	36	MET	MET	ALA	ALA	J	J	4 - 128	26 - 150
1	37	MET	MET	ALA	ALA	D	D	4 - 128	26 - 150
2	37	MET	MET	ALA	ALA	K	K	4 - 128	26 - 150
1	38	MET	MET	ALA	ALA	D	D	4 - 128	26 - 150
2	38	MET	MET	ALA	ALA	L	L	4 - 128	26 - 150
1	39	MET	MET	LEU	LEU	E	E	4 - 129	26 - 151
2	39	MET	MET	LEU	LEU	F	F	4 - 129	26 - 151
1	40	MET	MET	LEU	LEU	E	E	4 - 129	26 - 151
2	40	MET	MET	LEU	LEU	G	G	4 - 129	26 - 151
1	41	MET	MET	ILE	ILE	E	E	4 - 127	26 - 149
2	41	MET	MET	ILE	ILE	H	H	4 - 127	26 - 149
1	42	MET	MET	LEU	LEU	E	E	4 - 129	26 - 151
2	42	MET	MET	LEU	LEU	I	I	4 - 129	26 - 151
1	43	MET	MET	LEU	LEU	E	E	4 - 129	26 - 151
2	43	MET	MET	LEU	LEU	J	J	4 - 129	26 - 151
1	44	MET	MET	LEU	LEU	E	E	4 - 129	26 - 151
2	44	MET	MET	LEU	LEU	K	K	4 - 129	26 - 151
1	45	MET	MET	LEU	LEU	E	E	4 - 129	26 - 151
2	45	MET	MET	LEU	LEU	L	L	4 - 129	26 - 151
1	46	MET	MET	LEU	LEU	F	F	4 - 129	26 - 151
2	46	MET	MET	LEU	LEU	G	G	4 - 129	26 - 151
1	47	GLU	GLU	ALA	ALA	F	F	3 - 128	25 - 150
2	47	GLU	GLU	ALA	ALA	H	H	3 - 128	25 - 150
1	48	MET	MET	ALA	ALA	F	F	4 - 128	26 - 150
2	48	MET	MET	ALA	ALA	I	I	4 - 128	26 - 150
1	49	GLU	GLU	PRO	PRO	F	F	3 - 130	25 - 152
2	49	GLU	GLU	PRO	PRO	J	J	3 - 130	25 - 152
1	50	MET	MET	LEU	LEU	F	F	4 - 129	26 - 151
2	50	MET	MET	LEU	LEU	K	K	4 - 129	26 - 151
1	51	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	3 - 129	25 - 151
2	51	GLU	GLU	LEU	LEU	L	L	3 - 129	25 - 151
1	52	MET	MET	ALA	ALA	G	G	4 - 128	26 - 150
2	52	MET	MET	ALA	ALA	H	H	4 - 128	26 - 150
1	53	MET	MET	LEU	LEU	G	G	4 - 129	26 - 151
2	53	MET	MET	LEU	LEU	I	I	4 - 129	26 - 151
1	54	MET	MET	LEU	LEU	G	G	4 - 129	26 - 151
2	54	MET	MET	LEU	LEU	J	J	4 - 129	26 - 151
1	55	MET	MET	LEU	LEU	G	G	4 - 129	26 - 151
2	55	MET	MET	LEU	LEU	K	K	4 - 129	26 - 151
1	56	MET	MET	LEU	LEU	G	G	4 - 129	26 - 151
2	56	MET	MET	LEU	LEU	L	L	4 - 129	26 - 151
1	57	MET	MET	ALA	ALA	H	H	4 - 128	26 - 150
2	57	MET	MET	ALA	ALA	I	I	4 - 128	26 - 150
1	58	LEU	LEU	ALA	ALA	H	H	2 - 128	24 - 150
2	58	LEU	LEU	ALA	ALA	J	J	2 - 128	24 - 150
1	59	MET	MET	ALA	ALA	H	H	4 - 128	26 - 150
2	59	MET	MET	ALA	ALA	K	K	4 - 128	26 - 150
1	60	LEU	LEU	ALA	ALA	H	H	2 - 128	24 - 150
2	60	LEU	LEU	ALA	ALA	L	L	2 - 128	24 - 150
1	61	MET	MET	LEU	LEU	I	I	4 - 129	26 - 151
2	61	MET	MET	LEU	LEU	J	J	4 - 129	26 - 151
1	62	MET	MET	LEU	LEU	I	I	4 - 129	26 - 151
2	62	MET	MET	LEU	LEU	K	K	4 - 129	26 - 151
1	63	MET	MET	LEU	LEU	I	I	4 - 129	26 - 151
2	63	MET	MET	LEU	LEU	L	L	4 - 129	26 - 151
1	64	MET	MET	LEU	LEU	J	J	4 - 129	26 - 151
2	64	MET	MET	LEU	LEU	K	K	4 - 129	26 - 151
1	65	LEU	LEU	LEU	LEU	J	J	2 - 129	24 - 151
2	65	LEU	LEU	LEU	LEU	L	L	2 - 129	24 - 151
1	66	MET	MET	ALA	ALA	K	K	4 - 128	26 - 150
2	66	MET	MET	ALA	ALA	L	L	4 - 128	26 - 150

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	atzH 分子量: 17464.541 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (strain ADP) (バクテリア) 株: ADP / 遺伝子: AOX63_31670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0V8SMU2
#2: 化合物	ChemComp-6JN / 3-oxopentanedioic acid / 3-オキソグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein was at 4 mg/mL and added in equal volume (150 plus 150 nL) to reservoir in sitting drops at 20 C. Reservoir contained 20% PEG 3350 and 0.2 M diammonium tartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50.1 Å / Num. obs: 67480 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.267 / R_pim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 1.402 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4520 / CC_1/2: 0.761 / R_pim(I) all: 0.561 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0218	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6bju

6bju

解像度: 2.3→50.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / SU B: 11.066 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.501 / ESU R Free: 0.289 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28608	3196	4.7 %	RANDOM
R_work	0.24886	-	-	-
obs	0.25062	64253	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.252 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.17 Å²	0 Å²	0.41 Å²
2-	-	-3.37 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→50.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11625	0	30	288	11943

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	11969
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	10765
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.363	1.915	16289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.787	3	24638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.332	5	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.989	22.658	587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.245	15	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.679	15	115
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	13466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.807	2.565	5886
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.807	2.564	5885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.098	3.817	7326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.097	3.817	7327
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.639	2.644	6083
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.639	2.644	6084
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.751	3.904	8964
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.721	45.954	48423
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.721	45.954	48424
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3850	0.11
1	2	B	3850	0.11
2	1	A	3726	0.12
2	2	C	3726	0.12
3	1	A	3644	0.09
3	2	D	3644	0.09
4	1	A	3717	0.09
4	2	E	3717	0.09
5	1	A	3885	0.09
5	2	F	3885	0.09
6	1	A	3514	0.09
6	2	G	3514	0.09
7	1	A	3670	0.1
7	2	H	3670	0.1
8	1	A	3740	0.12
8	2	I	3740	0.12
9	1	A	3938	0.1
9	2	J	3938	0.1
10	1	A	3792	0.09
10	2	K	3792	0.09
11	1	A	3696	0.09
11	2	L	3696	0.09
12	1	B	3801	0.11
12	2	C	3801	0.11
13	1	B	3598	0.1
13	2	D	3598	0.1
14	1	B	3730	0.09
14	2	E	3730	0.09
15	1	B	3798	0.09
15	2	F	3798	0.09
16	1	B	3473	0.11
16	2	G	3473	0.11
17	1	B	3723	0.1
17	2	H	3723	0.1
18	1	B	3786	0.11
18	2	I	3786	0.11
19	1	B	3880	0.11
19	2	J	3880	0.11
20	1	B	3674	0.11
20	2	K	3674	0.11
21	1	B	3760	0.08
21	2	L	3760	0.08
22	1	C	3548	0.12
22	2	D	3548	0.12
23	1	C	3646	0.1
23	2	E	3646	0.1
24	1	C	3686	0.11
24	2	F	3686	0.11
25	1	C	3429	0.1
25	2	G	3429	0.1
26	1	C	3725	0.09
26	2	H	3725	0.09
27	1	C	3637	0.12
27	2	I	3637	0.12
28	1	C	3788	0.12
28	2	J	3788	0.12
29	1	C	3613	0.12
29	2	K	3613	0.12
30	1	C	3662	0.11
30	2	L	3662	0.11
31	1	D	3589	0.1
31	2	E	3589	0.1
32	1	D	3552	0.11
32	2	F	3552	0.11
33	1	D	3452	0.09
33	2	G	3452	0.09
34	1	D	3528	0.11
34	2	H	3528	0.11
35	1	D	3565	0.12
35	2	I	3565	0.12
36	1	D	3590	0.1
36	2	J	3590	0.1
37	1	D	3569	0.1
37	2	K	3569	0.1
38	1	D	3534	0.1
38	2	L	3534	0.1
39	1	E	3694	0.09
39	2	F	3694	0.09
40	1	E	3502	0.09
40	2	G	3502	0.09
41	1	E	3627	0.09
41	2	H	3627	0.09
42	1	E	3768	0.1
42	2	I	3768	0.1
43	1	E	3740	0.09
43	2	J	3740	0.09
44	1	E	3663	0.1
44	2	K	3663	0.1
45	1	E	3663	0.08
45	2	L	3663	0.08
46	1	F	3454	0.1
46	2	G	3454	0.1
47	1	F	3702	0.09
47	2	H	3702	0.09
48	1	F	3726	0.11
48	2	I	3726	0.11
49	1	F	4010	0.07
49	2	J	4010	0.07
50	1	F	3730	0.1
50	2	K	3730	0.1
51	1	F	3728	0.08
51	2	L	3728	0.08
52	1	G	3406	0.1
52	2	H	3406	0.1
53	1	G	3413	0.11
53	2	I	3413	0.11
54	1	G	3451	0.1
54	2	J	3451	0.1
55	1	G	3486	0.08
55	2	K	3486	0.08
56	1	G	3394	0.1
56	2	L	3394	0.1
57	1	H	3586	0.11
57	2	I	3586	0.11
58	1	H	3705	0.09
58	2	J	3705	0.09
59	1	H	3559	0.11
59	2	K	3559	0.11
60	1	H	3589	0.09
60	2	L	3589	0.09
61	1	I	3767	0.12
61	2	J	3767	0.12
62	1	I	3688	0.11
62	2	K	3688	0.11
63	1	I	3668	0.1
63	2	L	3668	0.1
64	1	J	3774	0.1
64	2	K	3774	0.1
65	1	J	3772	0.09
65	2	L	3772	0.09
66	1	K	3638	0.1
66	2	L	3638	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	247	-
R_work	0.301	4709	-
obs	-	-	99.98 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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