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- PDB-6d4b: Crystal structure of Candida boidinii formate dehydrogenase V123A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d4b
タイトルCrystal structure of Candida boidinii formate dehydrogenase V123A mutant complexed with NAD+ and azide
要素Formate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain ...NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Formate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida boidinii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Guo, Q. / Ye, H. / Gakhar, L. / Cheatum, C.M. / Kohen, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM079368 米国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: Oscillatory Active-site Motions Correlate with Kinetic Isotope Effects in Formate Dehydrogenase
著者: Pagano, P.L. / Guo, Q. / Ranasinghe, C. / Schroeder, E. / Robben, K. / Hase, F. / Ye, H. / Wickersham, K. / Aspuru-Guzik, A. / Major, D.T. / Gakhar, L. / Kohen, A. / Cheatum, C.M.
履歴
登録2018年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate dehydrogenase
B: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1568
ポリマ－80,6742
非ポリマー1,4826
水20,6811148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9520 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.171, 116.098, 63.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Formate dehydrogenase / FDH / NAD-dependent formate dehydrogenase


分子量: 40336.918 Da / 分子数: 2 / 変異: V123A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida boidinii (菌類) / 遺伝子: FDH
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0A1EQY0, formate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES. 25% PEG 3000, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→44.937 Å / Num. obs: 122618 / % possible obs: 94.91 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DN9

5dn9


解像度: 1.45→44.937 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 17.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1803 11588 4.95 %
Rwork0.1538 --
obs0.1551 122618 94.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→44.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5632 0 96 1148 6876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0428059
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3222181
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078901
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071030
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.46650.26123270.23646253X-RAY DIFFRACTION79
1.4665-1.48370.25863250.23436593X-RAY DIFFRACTION85
1.4837-1.50180.27533470.22397414X-RAY DIFFRACTION93
1.5018-1.52080.2263700.2157461X-RAY DIFFRACTION97
1.5208-1.54090.24233960.20167623X-RAY DIFFRACTION97
1.5409-1.5620.20774110.19967546X-RAY DIFFRACTION97
1.562-1.58430.2083590.20087604X-RAY DIFFRACTION97
1.5843-1.60790.22743940.19557608X-RAY DIFFRACTION97
1.6079-1.63310.21583360.19257685X-RAY DIFFRACTION98
1.6331-1.65980.24413900.19037468X-RAY DIFFRACTION96
1.6598-1.68850.20944170.18077272X-RAY DIFFRACTION94
1.6885-1.71920.22383390.17917294X-RAY DIFFRACTION93
1.7192-1.75220.2053840.17487319X-RAY DIFFRACTION93
1.7522-1.7880.19883850.1717259X-RAY DIFFRACTION94
1.788-1.82690.21614080.1647377X-RAY DIFFRACTION95
1.8269-1.86940.17724050.15937556X-RAY DIFFRACTION97
1.8694-1.91610.17733980.16087475X-RAY DIFFRACTION95
1.9161-1.96790.19174290.15087587X-RAY DIFFRACTION98
1.9679-2.02580.1823940.15237641X-RAY DIFFRACTION98
2.0258-2.09120.2053880.14817559X-RAY DIFFRACTION97
2.0912-2.1660.16094340.13597547X-RAY DIFFRACTION98
2.166-2.25270.16663830.13667611X-RAY DIFFRACTION97
2.2527-2.35520.16983710.13557629X-RAY DIFFRACTION97
2.3552-2.47940.18123510.13447604X-RAY DIFFRACTION98
2.4794-2.63470.15984070.1347621X-RAY DIFFRACTION97
2.6347-2.83810.17034130.14287509X-RAY DIFFRACTION96
2.8381-3.12360.16243980.14057458X-RAY DIFFRACTION96
3.1236-3.57550.17064400.13647260X-RAY DIFFRACTION94
3.5755-4.5040.1313710.1237249X-RAY DIFFRACTION93
4.504-44.95820.13944180.1317210X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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