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- PDB-6d49: Cell Surface Receptor in Complex with Ligand at 1.80-A Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d49
タイトルCell Surface Receptor in Complex with Ligand at 1.80-A Resolution
要素Myeloid cell surface antigen CD33
キーワードIMMUNE SYSTEM / Sialic Acid Binding / Transmembrane / Receptor / Siglec
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-inhibiting signal transduction / protein tyrosine phosphatase activator activity / negative regulation of monocyte activation / sialic acid binding / Fc-gamma receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of interleukin-1 beta production / tertiary granule membrane / negative regulation of tumor necrosis factor production / specific granule membrane ...immune response-inhibiting signal transduction / protein tyrosine phosphatase activator activity / negative regulation of monocyte activation / sialic acid binding / Fc-gamma receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of interleukin-1 beta production / tertiary granule membrane / negative regulation of tumor necrosis factor production / specific granule membrane / positive regulation of protein secretion / cell-cell adhesion / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / peroxisome / cell-cell signaling / signaling receptor activity / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / cell adhesion / external side of plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / cell surface / Golgi apparatus / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FVP / Myeloid cell surface antigen CD33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Hermans, S.J. / Miles, L.A. / Parker, M.W.
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2019
タイトル: Small Molecule Binding to Alzheimer Risk Factor CD33 Promotes A beta Phagocytosis.
著者: Miles, L.A. / Hermans, S.J. / Crespi, G.A.N. / Gooi, J.H. / Doughty, L. / Nero, T.L. / Markulic, J. / Ebneth, A. / Wroblowski, B. / Oehlrich, D. / Trabanco, A.A. / Rives, M.L. / Royaux, I. / ...著者: Miles, L.A. / Hermans, S.J. / Crespi, G.A.N. / Gooi, J.H. / Doughty, L. / Nero, T.L. / Markulic, J. / Ebneth, A. / Wroblowski, B. / Oehlrich, D. / Trabanco, A.A. / Rives, M.L. / Royaux, I. / Hancock, N.C. / Parker, M.W.
履歴
登録2018年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myeloid cell surface antigen CD33
B: Myeloid cell surface antigen CD33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,07113
ポリマ－29,2972
非ポリマー2,77511
水4,558253
1
A: Myeloid cell surface antigen CD33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9906
ポリマ－14,6481
非ポリマー1,3415
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Myeloid cell surface antigen CD33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0827
ポリマ－14,6481
非ポリマー1,4336
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.369, 68.765, 73.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Myeloid cell surface antigen CD33 / Sialic acid-binding Ig-like lectin 3 / Siglec-3 / gp67


分子量: 14648.298 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD33, SIGLEC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20138
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-FVP / 2-aminoethyl 5-{[(4-cyclohexyl-1H-1,2,3-triazol-1-yl)acetyl]amino}-3,5,9-trideoxy-9-[(4-hydroxy-3,5-dimethylbenzene-1-carbonyl)amino]-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl-(2->6)-beta-D-galactopyranosyl-(1->4)-beta-D-glucopyranoside


分子量: 972.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H64N6O20 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.16 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 0.6 M NaCl 18% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→36.462 Å / Num. obs: 26760 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1534 / CC1/2: 0.877 / Rpim(I) all: 0.284 / Rrim(I) all: 0.664 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575_1496精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D48

6d48


解像度: 1.801→36.462 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 1296 4.85 %
Rwork0.1835 --
obs0.1848 26728 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→36.462 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2040 0 190 253 2483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072306
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1543134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5851793
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006392
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8008-1.87290.24221460.2282748X-RAY DIFFRACTION97
1.8729-1.95820.23111730.20492782X-RAY DIFFRACTION98
1.9582-2.06140.25231380.19372800X-RAY DIFFRACTION100
2.0614-2.19050.23991400.1932812X-RAY DIFFRACTION99
2.1905-2.35960.22121190.19012835X-RAY DIFFRACTION99
2.3596-2.5970.25511420.19392844X-RAY DIFFRACTION100
2.597-2.97270.22381550.19032847X-RAY DIFFRACTION100
2.9727-3.74470.18671400.17092862X-RAY DIFFRACTION100
3.7447-36.46980.18141430.17062902X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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