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- PDB-6d41: Bacteriodes uniformis beta-glucuronidase 1 bound to D-glucaro-1,5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d41
タイトルBacteriodes uniformis beta-glucuronidase 1 bound to D-glucaro-1,5-lactone
要素Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily ...: / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GCB / Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides uniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Walton, W.G. / Pellock, S.J. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Three structurally and functionally distinct beta-glucuronidases from the human gut microbeBacteroides uniformis.
著者: Pellock, S.J. / Walton, W.G. / Biernat, K.A. / Torres-Rivera, D. / Creekmore, B.C. / Xu, Y. / Liu, J. / Tripathy, A. / Stewart, L.J. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2018年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
A: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,38914
ポリマ－140,1972
非ポリマー1,19212
水27,0411501
1
B: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
A: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子

B: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
A: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,77828
ポリマ－280,3944
非ポリマー2,38424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area21480 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area76040 Å2
手法PISA
2
B: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子

B: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,20512
ポリマ－140,1972
非ポリマー1,00810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8340 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area40560 Å2
手法PISA
3
A: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase/beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,57316
ポリマ－140,1972
非ポリマー1,37614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area40250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.066, 130.156, 94.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1317-

HOH

21B-1373-

HOH

31A-1368-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-galactosidase/beta-glucuronidase


分子量: 70098.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides uniformis (バクテリア)
遺伝子: uidA_4, ERS417307_01040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A174CQK8, beta-glucuronidase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 糖 ChemComp-GCB / (2S,3S,4S,5R)-3,4,5-trihydroxy-6-oxo-oxane-2-carboxylic acid / D-GLUCARO-1,5-LACTONE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16% PEG 1000, Tris pH 8.5, 2mM Saccharolactone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.934 Å / Num. obs: 114979 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D1N

6d1n


解像度: 1.9→29.934 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1686 2003 1.74 %
Rwork0.1399 --
obs0.1404 114965 97.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9520 0 76 1501 11097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079877
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85513388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7815852
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051719
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94750.24411350.19287913X-RAY DIFFRACTION96
1.9475-2.00020.2221650.17547929X-RAY DIFFRACTION96
2.0002-2.0590.18581230.15978016X-RAY DIFFRACTION97
2.059-2.12550.2021500.15547945X-RAY DIFFRACTION97
2.1255-2.20140.18361410.1498023X-RAY DIFFRACTION97
2.2014-2.28950.15911340.1447975X-RAY DIFFRACTION97
2.2895-2.39370.18971470.1478054X-RAY DIFFRACTION97
2.3937-2.51980.23071400.15368082X-RAY DIFFRACTION98
2.5198-2.67760.19941410.14788064X-RAY DIFFRACTION98
2.6776-2.88420.16821480.14428090X-RAY DIFFRACTION98
2.8842-3.17410.16061380.14138144X-RAY DIFFRACTION98
3.1741-3.63270.13381440.12518201X-RAY DIFFRACTION99
3.6327-4.57430.13281440.11098199X-RAY DIFFRACTION99
4.5743-29.93740.14611530.13468327X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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