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- PDB-6d2s: Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d2s
タイトルMycobacterium tuberculosis transcriptional regulator
要素HTH-type transcriptional regulator PrpR
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


propionate metabolic process, methylcitrate cycle / response to host immune response / cholesterol metabolic process / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Short-chain fatty acyl coenzyme A regulators, C-terminal / HTH-type transcriptional regulator RamB / Short-chain fatty acyl coenzyme A regulators / IrrE N-terminal-like domain / IrrE N-terminal-like domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator PrpR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.819 Å
データ登録者Tang, S. / Sacchettini, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional insight into the Mycobacterium tuberculosis protein PrpR reveals a novel type of transcription factor.
著者: Tang, S. / Hicks, N.D. / Cheng, Y.S. / Silva, A. / Fortune, S.M. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator PrpR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7568
ポリマ－32,4971
非ポリマー2597
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.999, 81.724, 95.365
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

CA

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator PrpR / Propionate regulator / PRPR


分子量: 32496.814 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 155-440 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: prpR, Rv1129c, RVBD_1129c, P425_01178 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O06581

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非ポリマー , 5種, 184分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.29 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: CaCl2, HEPES pH 7.5, PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月14日
放射モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 26651 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 1.708 / Net I/σ(I): 20.5 / Num. measured all: 252505
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.82-1.857.30.24112740.9660.0950.261.50997.7
1.85-1.898.10.21313290.9770.080.2281.615100
1.89-1.928.60.18313270.9860.0670.1951.641100
1.92-1.969.40.1613030.9910.0560.1691.715100
1.96-29.90.14712880.9930.050.1551.855100
2-2.059.90.12913420.9940.0440.1361.826100
2.05-2.19.90.10913320.9960.0370.1161.837100
2.1-2.169.90.09513150.9960.0320.11.861100
2.16-2.229.90.08213400.9970.0280.0871.798100
2.22-2.299.90.07313080.9980.0240.0771.842100
2.29-2.379.90.06613120.9980.0220.071.762100
2.37-2.479.90.0613320.9980.020.0641.734100
2.47-2.589.80.05513280.9990.0190.0581.721100
2.58-2.729.90.04813340.9990.0160.051.665100
2.72-2.899.80.04213290.9990.0140.0451.664100
2.89-3.119.80.03713470.9990.0120.0391.621100
3.11-3.439.80.031134710.010.0331.559100
3.43-3.929.70.028136410.0090.0291.584100
3.92-4.949.50.025136910.0080.0271.507100
4.94-508.60.0314310.9990.0110.0331.76499

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13rc1_2954精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CZ6

6cz6


解像度: 1.819→32.095 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 1343 5.04 %Random selection
Rwork0.1765 25305 --
obs0.1781 26648 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.68 Å2 / Biso mean: 28.1263 Å2 / Biso min: 8.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.819→32.095 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2188 0 16 177 2381
Biso mean--32.44 36.18 -
残基数----275
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.819-1.8840.26521330.20042475260899
1.884-1.95940.27131290.18624992628100
1.9594-2.04860.21851420.182724882630100
2.0486-2.15660.22511630.168624822645100
2.1566-2.29170.2191380.166325052643100
2.2917-2.46850.19721170.166225312648100
2.4685-2.71690.21991210.172525382659100
2.7169-3.10970.20131170.179725602677100
3.1097-3.91680.17041340.168125742708100
3.9168-32.09960.21471490.185226532802100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.40730.0386-0.4961.4003-0.79180.976-0.01080.00470.1066-0.04140.0219-0.04560.0114-0.0098-0.00420.1118-0.0038-0.00820.0831-0.00360.1-27.4846-16.4805-20.7024
21.8751-0.72270.54022.22-0.75872.2845-0.0418-0.54620.22080.1194-0.0707-0.2296-0.32050.27890.12740.1817-0.01520.00570.38430.05880.2249-18.3158-27.4552-4.1999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 153 through 333 )A153 - 333
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 334 through 436 )A334 - 436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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