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万見
- PDB-6d22: Crystal structure of Tyrosine-protein kinase receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d22
タイトルCrystal structure of Tyrosine-protein kinase receptor
要素Tyrosine-protein kinase receptor
キーワードTRANSFERASE / Allostric Inhibitor Tyrosine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


behavioral response to formalin induced pain / neurotrophin p75 receptor binding / olfactory nerve development / response to hydrostatic pressure / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / programmed cell death involved in cell development / mechanoreceptor differentiation / neurotrophin receptor activity ...behavioral response to formalin induced pain / neurotrophin p75 receptor binding / olfactory nerve development / response to hydrostatic pressure / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / programmed cell death involved in cell development / mechanoreceptor differentiation / neurotrophin receptor activity / nerve growth factor receptor activity / neurotrophin binding / Sertoli cell development / GPI-linked ephrin receptor activity / nerve growth factor signaling pathway / axonogenesis involved in innervation / Retrograde neurotrophin signalling / nerve growth factor binding / NGF-independant TRKA activation / sympathetic nervous system development / Signalling to p38 via RIT and RIN / ARMS-mediated activation / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of synapse assembly / PI3K/AKT activation / Frs2-mediated activation / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / neuron development / Signalling to RAS / response to axon injury / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / response to electrical stimulus / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / B cell differentiation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of GTPase activity / response to nutrient levels / cellular response to nerve growth factor stimulus / axon guidance / receptor protein-tyrosine kinase / kinase binding / positive regulation of neuron projection development / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular response to nicotine / circadian rhythm / recycling endosome membrane / positive regulation of angiogenesis / neuron projection development / late endosome / late endosome membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / nervous system development / early endosome membrane / protein tyrosine kinase activity / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell differentiation / early endosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / learning or memory / receptor complex / endosome membrane / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / axon / neuronal cell body / dendrite / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
High affinity nerve growth factor receptor NTRK1 / Tyrosine kinase receptor A, transmembrane domain / Tyrosine kinase receptor A trans-membrane domain / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. ...High affinity nerve growth factor receptor NTRK1 / Tyrosine kinase receptor A, transmembrane domain / Tyrosine kinase receptor A trans-membrane domain / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Leucine rich repeat / : / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase receptor / High affinity nerve growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Greasley, S.E. / Brown, D.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of Allosteric, Potent, Subtype Selective, and Peripherally Restricted TrkA Kinase Inhibitors.
著者: Bagal, S.K. / Omoto, K. / Blakemore, D.C. / Bungay, P.J. / Bilsland, J.G. / Clarke, P.J. / Corbett, M.S. / Cronin, C.N. / Cui, J.J. / Dias, R. / Flanagan, N.J. / Greasley, S.E. / Grimley, R. ...著者: Bagal, S.K. / Omoto, K. / Blakemore, D.C. / Bungay, P.J. / Bilsland, J.G. / Clarke, P.J. / Corbett, M.S. / Cronin, C.N. / Cui, J.J. / Dias, R. / Flanagan, N.J. / Greasley, S.E. / Grimley, R. / Johnson, E. / Fengas, D. / Kitching, L. / Kraus, M.L. / McAlpine, I. / Nagata, A. / Waldron, G.J. / Warmus, J.S.
履歴
登録2018年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9701
ポリマ－34,9701
非ポリマー00
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15300 Å2
2
A: Tyrosine-protein kinase receptor

A: Tyrosine-protein kinase receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9412
ポリマ－69,9412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area2080 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area28530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.120, 105.120, 203.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase receptor


分子量: 34970.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTRK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: J3KP20, UniProt: P04629*PLUS, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.32 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M tri-Sodium citrate + 20% PEG3K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.458→19.906 Å / Num. obs: 15776 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.7 % / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.161 / Rsym value: 0.133 / Net I/av σ(I): 5.2 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.46-2.594.21.0730.720280.6411.3911.07388.4
2.59-2.755.60.910.821910.461.110.91100
2.75-2.945.80.6011.320770.2940.7190.601100
2.94-3.175.80.377219160.1890.4590.377100
3.17-3.486.20.2143.517970.1010.2540.214100
3.48-3.896.20.1086.916110.0510.1290.108100
3.89-4.496.20.06510.514410.030.0770.065100
4.49-5.56.20.05911.712190.0280.070.059100
5.5-7.776.10.0659.79650.0310.0770.065100
7.77-19.9065.60.04710.65310.0230.0560.04794.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
BUSTER位相決定
精密化解像度: 2.46→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 15.692 / SU ML: 0.168 / SU R Cruickshank DPI: 0.4334 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.274 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2361 692 5 %RANDOM
Rwork0.1755 ---
obs0.1784 13113 79.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.52 Å2 / Biso mean: 37.404 Å2 / Biso min: 8.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.04 Å21.02 Å20 Å2
2--2.04 Å20 Å2
3----3.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.46→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2388 0 0 165 2553
Biso mean---45.7 -
残基数----299
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0360.0222448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7361.9563315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4275298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.91822.5116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.40715415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.0911524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1810.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0211878
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 47 -
Rwork0.27 948 -
all-995 -
obs--79.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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