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- PDB-6d13: Crystal structure of E.coli RppH-DapF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d13
タイトルCrystal structure of E.coli RppH-DapF complex
要素
  • Diaminopimelate epimerase
  • RNA pyrophosphohydrolase
キーワードisomerase/hydrolase / RNA decay / DapF / RppH / isomerase-hydrolase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate epimerase / diaminopimelate epimerase activity / mRNA 5'-diphosphatase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA pyrophosphohydrolase RppH / Diaminopimelate epimerase, active site / Diaminopimelate epimerase signature. / Diaminopimelate epimerase, DapF / Diaminopimelate epimerase / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. ...RNA pyrophosphohydrolase RppH / Diaminopimelate epimerase, active site / Diaminopimelate epimerase signature. / Diaminopimelate epimerase, DapF / Diaminopimelate epimerase / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Diaminopimelate epimerase / RNA pyrophosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O45:K1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Gao, A. / Serganov, A.
資金援助 米国, 11件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM112940 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P41 GM103403 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)S10 RR029205 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
Department of Energy (DOE, United States)KP1605010 米国
Department of Energy (DOE, United States)KC0401040 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P41GM111244 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0012704 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0012704 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM035769 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01AI108889 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural and kinetic insights into stimulation of RppH-dependent RNA degradation by the metabolic enzyme DapF.
著者: Gao, A. / Vasilyev, N. / Luciano, D.J. / Levenson-Palmer, R. / Richards, J. / Marsiglia, W.M. / Traaseth, N.J. / Belasco, J.G. / Serganov, A.
履歴
登録2018年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diaminopimelate epimerase
B: RNA pyrophosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,62015
ポリマ－51,2452
非ポリマー1,37513
水1448
1
A: Diaminopimelate epimerase
B: RNA pyrophosphohydrolase
ヘテロ分子

A: Diaminopimelate epimerase
B: RNA pyrophosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,24030
ポリマ－102,4894
非ポリマー2,75126
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)85.810, 85.810, 177.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Diaminopimelate epimerase / DAP epimerase / PLP-independent amino acid racemase


分子量: 30332.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC) (大腸菌)
株: S88 / ExPEC / 遺伝子: dapF, ECS88_4235 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MH73, diaminopimelate epimerase
#2: タンパク質 RNA pyrophosphohydrolase / (Di)nucleoside polyphosphate hydrolase


分子量: 20911.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC) (大腸菌)
株: S88 / ExPEC / 遺伝子: rppH, nudH, ECS88_3125 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B7MLH6, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.39 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 15% (v/v)PEG4,000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, and 0.2 M KI

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→77.25 Å / Num. obs: 13075 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 3.06→3.27 Å / Rmerge(I) obs: 1.076 / Num. unique obs: 2296

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IJZ

4ijz


解像度: 3.06→19.991 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 636 4.92 %
Rwork0.1866 --
obs0.1903 12933 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→19.991 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3440 0 14 8 3462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0744765
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.3092096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007627
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0602-3.29550.34321370.26162366X-RAY DIFFRACTION98
3.2955-3.62540.3141160.22752431X-RAY DIFFRACTION100
3.6254-4.14590.26091350.17372439X-RAY DIFFRACTION100
4.1459-5.20810.23131140.15192475X-RAY DIFFRACTION99
5.2081-19.99110.25671340.19472586X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.484 Å / Origin y: 46.4308 Å / Origin z: 65.8566 Å
111213212223313233
T0.4985 Å2-0.0099 Å2-0.0272 Å2-0.7542 Å20.0163 Å2--0.4843 Å2
L2.2176 °2-0.6436 °2-0.6667 °2-2.1086 °20.4029 °2--1.4001 °2
S-0.0742 Å °-0.7097 Å °-0.2633 Å °0.2021 Å °0.067 Å °-0.1223 Å °0.1092 Å °0.1968 Å °0.0293 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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