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- PDB-6d0t: De novo design of a fluorescence-activating beta barrel - BB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d0t
タイトルDe novo design of a fluorescence-activating beta barrel - BB1
要素BB1
キーワードDE NOVO PROTEIN / beta-barrel / design
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Dou, J. / Vorobieva, A.A. / Sheffler, W. / Doyle, L.A. / Park, H. / Bick, M.J. / Mao, B. / Foight, G.W. / Lee, M. / Carter, L. ...Dou, J. / Vorobieva, A.A. / Sheffler, W. / Doyle, L.A. / Park, H. / Bick, M.J. / Mao, B. / Foight, G.W. / Lee, M. / Carter, L. / Sankaran, B. / Ovchinnikov, S. / Marcos, E. / Huang, P. / Vaughan, J.C. / Stoddard, B.L. / Baker, D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1332907 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: De novo design of a fluorescence-activating beta-barrel.
著者: Dou, J. / Vorobieva, A.A. / Sheffler, W. / Doyle, L.A. / Park, H. / Bick, M.J. / Mao, B. / Foight, G.W. / Lee, M.Y. / Gagnon, L.A. / Carter, L. / Sankaran, B. / Ovchinnikov, S. / Marcos, E. / ...著者: Dou, J. / Vorobieva, A.A. / Sheffler, W. / Doyle, L.A. / Park, H. / Bick, M.J. / Mao, B. / Foight, G.W. / Lee, M.Y. / Gagnon, L.A. / Carter, L. / Sankaran, B. / Ovchinnikov, S. / Marcos, E. / Huang, P.S. / Vaughan, J.C. / Stoddard, B.L. / Baker, D.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BB1
B: BB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1312
ポリマ－28,1312
非ポリマー00
水1,820101
1
A: BB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0651
ポリマ－14,0651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0651
ポリマ－14,0651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.760, 32.270, 81.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 BB1


分子量: 14065.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.0, 2M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月13日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→27.81 Å / Num. obs: 36159 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 17.905 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
7.29-27.813.70.02435.54530.9980.0160.03198.6
1.63-1.674.10.6531.926480.6610.4330.88499.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
xia20.3.8.0データ削減
xia20.3.8.0データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Computationally Designed Model

解像度: 1.63→27.807 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.38
詳細: Iterative rounds of manual model building in Coot followed by refinement in Phenix with the addition of riding hydrogen atoms, optimization of the X-ray to stereochemical and ADP weights.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 1806 5 %Random selection
Rwork0.1515 ---
obs0.1531 36147 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→27.807 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1709 0 0 101 1810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0592639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.721188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.67410.26921370.21792612X-RAY DIFFRACTION100
1.6741-1.72340.25531360.19822585X-RAY DIFFRACTION99
1.7234-1.7790.26681300.17322653X-RAY DIFFRACTION100
1.779-1.84250.19791610.15942591X-RAY DIFFRACTION100
1.8425-1.91630.19151280.14182614X-RAY DIFFRACTION100
1.9163-2.00350.17331130.12562643X-RAY DIFFRACTION100
2.0035-2.10910.18261390.12232625X-RAY DIFFRACTION100
2.1091-2.24120.16731270.12922642X-RAY DIFFRACTION100
2.2412-2.41410.18291500.13342616X-RAY DIFFRACTION100
2.4141-2.65690.17811350.14692687X-RAY DIFFRACTION100
2.6569-3.0410.18211410.14532635X-RAY DIFFRACTION100
3.041-3.82970.16041500.14852673X-RAY DIFFRACTION100
3.8297-27.81110.18031590.17122765X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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