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- PDB-6d0r: Structure of a DNA retention-prone PCNA variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d0r
タイトルStructure of a DNA retention-prone PCNA variant
要素Proliferating cell nuclear antigen
キーワードREPLICATION / Mutant / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / positive regulation of DNA metabolic process / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMOylation of DNA replication proteins / Translesion synthesis by REV1 ...Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / positive regulation of DNA metabolic process / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMOylation of DNA replication proteins / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Translesion Synthesis by POLH / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / Termination of translesion DNA synthesis / PCNA complex / lagging strand elongation / postreplication repair / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / Dual incision in TC-NER / translesion synthesis / subtelomeric heterochromatin formation / mismatch repair / positive regulation of DNA repair / replication fork / positive regulation of DNA replication / nucleotide-excision repair / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / DNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85856959127 Å
データ登録者Kelch, B.A. / Gaubitz, C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
American Cancer Society440685 米国
Swiss National Science Foundation168972 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Effective mismatch repair depends on timely control of PCNA retention on DNA by the Elg1 complex.
著者: Paul Solomon Devakumar, L.J. / Gaubitz, C. / Lundblad, V. / Kelch, B.A. / Kubota, T.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5401
ポリマ－29,5401
非ポリマー00
水00
1
A: Proliferating cell nuclear antigen

A: Proliferating cell nuclear antigen

A: Proliferating cell nuclear antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6193
ポリマ－88,6193
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area3800 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area36280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.716, 121.716, 121.716
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Space group name HallP2ac2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y+1/2,-z,x+1/2
#5: z+1/2,-x+1/2,-y
#6: -y,z+1/2,-x+1/2
#7: -z+1/2,-x,y+1/2
#8: -z,x+1/2,-y+1/2
#9: y+1/2,-z+1/2,-x
#10: x+1/2,-y+1/2,-z
#11: -x,y+1/2,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA


分子量: 29539.807 Da / 分子数: 1 / 変異: D17K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: POL30, YBR088C, YBR0811 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15873

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM sodium citrate pH 5.3 and 1.7 M (NH4)2SO4 / Temp details: RT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 14213 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.8 % / Biso Wilson estimate: 55.95 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 25.99
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 18.8 % / Rmerge(I) obs: 1.072 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 707 / CC1/2: 0.858 / Rpim(I) all: 0.256 / Rrim(I) all: 1.102 / Χ2: 0.866 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootv0.8.8モデル構築
PHENIX1.12-2829精密化
PHASER位相決定
HKL-3000データ削減
HKL-3000v703xデータスケーリング
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YHR

4yhr


解像度: 2.85856959127→38.4899787685 Å / SU ML: 0.351662319592 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33473444407 / 位相誤差: 31.202435993
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275881391497 689 5.06208213945 %Random selection
Rwork0.242032540516 ---
obs0.243790221328 13611 95.8993870218 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 59.5193499882 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85856959127→38.4899787685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2012 0 0 0 2012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006040310186332042
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.832652601192753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0485084592907325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491871153937352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.318388427691258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8586-3.07920.3733836721581380.3166155942692660X-RAY DIFFRACTION99.9285714286
3.0792-3.38890.3444031625081430.3049289889892603X-RAY DIFFRACTION97.792022792
3.3889-3.87890.3360804428321300.2785916020562396X-RAY DIFFRACTION89.5109851169
3.8789-4.88540.2260134620441290.2040053928982509X-RAY DIFFRACTION93.0183356841
4.8854-38.49340.2345946546781490.2121255092042754X-RAY DIFFRACTION99.1800478305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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