PDB-6d0h: ParT: Prs ADP-ribosylating toxin bound to cognate antitoxin ParS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d0h

タイトル

ParT: Prs ADP-ribosylating toxin bound to cognate antitoxin ParS

要素

ParS: COG5642 (DUF2384) antitoxin
ParT: COG5654 (RES domain) toxin

キーワード

TOXIN / ADP-ribosyltransferase / toxin-antitoxin complex / ParST

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobium sp. YBL2 (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 1.5 Å

Model details

SeMet-substituted L48M toxin in complex with C-terminal antitoxin fragment

データ登録者

Piscotta, F.J. / Jeffrey, P.D. / Link, A.J.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: ParST is a widespread toxin-antitoxin module that targets nucleotide metabolism.
著者: Piscotta, F.J. / Jeffrey, P.D. / Link, A.J.

履歴

登録	2018年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d0h.cif.gz	119.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d0h.ent.gz	90.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6d0h_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6d0h_full_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示
XML形式データ	6d0h_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	6d0h_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/6d0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/6d0h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6d0iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nqn-d 6qwe-d 1ts4-2 6d0i-2 6cyq-4 2qil-2 6d0i-1 5twe-d 6v83-d 6gth-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ParT: COG5654 (RES domain) toxin

B: ParS: COG5642 (DUF2384) antitoxin

C: ParT: COG5654 (RES domain) toxin

D: ParS: COG5642 (DUF2384) antitoxin

ヘテロ分子

50 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ParT: COG5654 (RES domain) toxin

B: ParS: COG5642 (DUF2384) antitoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ParT: COG5654 (RES domain) toxin

D: ParS: COG5642 (DUF2384) antitoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.867, 51.342, 57.797
Angle α, β, γ (deg.)	84.310, 73.930, 84.780
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ParT: COG5654 (RES domain) toxin 分子量: 17291.643 Da / 分子数: 2 / 断片: RES domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium sp. YBL2 (バクテリア) 遺伝子: TZ53_17660 / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0C5XL88
#2: タンパク質	ParS: COG5642 (DUF2384) antitoxin 分子量: 7612.536 Da / 分子数: 2 / 断片: DUF2384 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium sp. YBL2 (バクテリア) 遺伝子: TZ53_17665 / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0C5XKJ0
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 742 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.31 % / Mosaicity: 0.815 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 10% MPD, 100 mM sodium acetate trihydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→40 Å / Num. obs: 76745 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 10.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 1.32 / Net I/σ(I): 19.3 / Num. measured all: 220685

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.45-1.48	1.2	0.202	1965	0.878	0.196	0.282	0.943	48.1
1.48-1.5	1.3	0.175	2970	0.912	0.167	0.242	0.928	72.4
1.5-1.53	1.5	0.155	3737	0.924	0.148	0.214	0.926	92.6
1.53-1.56	1.6	0.131	3823	0.952	0.123	0.18	0.842	93.6
1.56-1.6	1.6	0.112	3863	0.967	0.105	0.154	0.803	94.6
1.6-1.63	1.7	0.105	3861	0.967	0.098	0.144	0.845	95.7
1.63-1.67	1.8	0.096	3968	0.975	0.085	0.129	1.11	96.5
1.67-1.72	2	0.102	3936	0.974	0.083	0.133	1.604	97.1
1.72-1.77	2.3	0.108	4008	0.969	0.083	0.137	1.815	97.8
1.77-1.83	2.6	0.104	4019	0.976	0.074	0.129	1.878	98.6
1.83-1.89	3	0.1	4024	0.978	0.067	0.121	1.76	98.8
1.89-1.97	3.5	0.099	4047	0.979	0.061	0.117	1.976	99.1
1.97-2.06	4	0.089	4062	0.987	0.052	0.103	1.905	99.7
2.06-2.17	4	0.069	4044	0.992	0.039	0.079	1.466	99.7
2.17-2.3	4	0.059	4077	0.985	0.034	0.068	1.208	99.6
2.3-2.48	4.1	0.047	4058	0.996	0.027	0.054	0.925	99.8
2.48-2.73	4.1	0.044	4072	0.994	0.025	0.05	0.911	99.9
2.73-3.12	4	0.041	4073	0.997	0.023	0.047	0.941	100
3.12-3.93	4	0.039	4086	0.997	0.022	0.045	1.226	99.9
3.93-40	3.7	0.032	4052	0.998	0.019	0.038	1.007	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
DENZO		データ削減
MERLOT		位相決定

精密化

解像度: 1.5→24.625 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 16.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.175	3521	5.02 %
R_work	0.1476	66580	-
obs	0.149	70101	95.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.71 Å² / B_iso mean: 16.129 Å² / B_iso min: 4.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→24.625 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3490	0	12	742	4244
B_iso mean	-	-	17.37	28.27	-
残基数	-	-	-	-	462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3659
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1	5013
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	579
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	652
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.917	1349

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5-1.5205	0.2145	139	0.1716	2379	2518	87
1.5205-1.5423	0.2091	128	0.1671	2461	2589	88
1.5423-1.5653	0.1803	127	0.1582	2502	2629	89
1.5653-1.5897	0.2007	140	0.1542	2478	2618	90
1.5897-1.6158	0.1673	137	0.1522	2584	2721	91
1.6158-1.6437	0.1872	125	0.1486	2554	2679	92
1.6437-1.6735	0.1771	132	0.1493	2607	2739	93
1.6735-1.7057	0.1799	137	0.1484	2656	2793	93
1.7057-1.7405	0.1959	129	0.1547	2552	2681	94
1.7405-1.7784	0.2054	132	0.1561	2641	2773	95
1.7784-1.8197	0.1856	144	0.1571	2716	2860	95
1.8197-1.8652	0.1938	155	0.151	2648	2803	96
1.8652-1.9156	0.2033	146	0.1495	2677	2823	96
1.9156-1.972	0.1928	145	0.1526	2703	2848	97
1.972-2.0356	0.2155	147	0.1549	2750	2897	99
2.0356-2.1083	0.1728	134	0.1447	2763	2897	99
2.1083-2.1927	0.1511	149	0.1401	2777	2926	99
2.1927-2.2924	0.1599	137	0.1444	2782	2919	99
2.2924-2.4132	0.1815	135	0.1482	2741	2876	98
2.4132-2.5642	0.173	147	0.1544	2783	2930	99
2.5642-2.7619	0.1844	149	0.1538	2743	2892	99
2.7619-3.0394	0.1739	151	0.1507	2765	2916	98
3.0394-3.4782	0.1624	170	0.1407	2748	2918	99
3.4782-4.3781	0.146	145	0.1253	2788	2933	100
4.3781-24.6282	0.1616	141	0.1518	2782	2923	100

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