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- PDB-6czi: Structure of a redesigned beta barrel, mFAP1, bound to DFHBI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6czi
タイトルStructure of a redesigned beta barrel, mFAP1, bound to DFHBI
要素mFAP1
キーワードDE NOVO PROTEIN / beta barrel / Rossetta / computational / de novo
機能・相同性Chem-38E
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Doyle, L.A. / Stoddard, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115545 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: De novo design of a fluorescence-activating beta-barrel.
著者: Dou, J. / Vorobieva, A.A. / Sheffler, W. / Doyle, L.A. / Park, H. / Bick, M.J. / Mao, B. / Foight, G.W. / Lee, M.Y. / Gagnon, L.A. / Carter, L. / Sankaran, B. / Ovchinnikov, S. / Marcos, E. / ...著者: Dou, J. / Vorobieva, A.A. / Sheffler, W. / Doyle, L.A. / Park, H. / Bick, M.J. / Mao, B. / Foight, G.W. / Lee, M.Y. / Gagnon, L.A. / Carter, L. / Sankaran, B. / Ovchinnikov, S. / Marcos, E. / Huang, P.S. / Vaughan, J.C. / Stoddard, B.L. / Baker, D.
履歴
登録2018年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mFAP1
B: mFAP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1374
ポリマ－24,6332
非ポリマー5042
水1,47782
1
A: mFAP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5692
ポリマ－12,3171
非ポリマー2521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: mFAP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5692
ポリマ－12,3171
非ポリマー2521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.142, 47.930, 52.843
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 5 or (resid 6...
21(chain B and (resid 2 through 78 or (resid 79...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERALAALA(chain A and (resid 2 through 5 or (resid 6...AA2 - 52 - 5
12GLNGLNLEULEU(chain A and (resid 2 through 5 or (resid 6...AA6 - 76 - 7
13SERSERARGARG(chain A and (resid 2 through 5 or (resid 6...AA2 - 1102 - 110
14SERSERARGARG(chain A and (resid 2 through 5 or (resid 6...AA2 - 1102 - 110
15SERSERARGARG(chain A and (resid 2 through 5 or (resid 6...AA2 - 1102 - 110
16SERSERARGARG(chain A and (resid 2 through 5 or (resid 6...AA2 - 1102 - 110
17SERSERARGARG(chain A and (resid 2 through 5 or (resid 6...AA2 - 1102 - 110
21SERSERILEILE(chain B and (resid 2 through 78 or (resid 79...BB2 - 782 - 78
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 2 through 78 or (resid 79...BB7979
23SERSERARGARG(chain B and (resid 2 through 78 or (resid 79...BB2 - 1102 - 110
24SERSERARGARG(chain B and (resid 2 through 78 or (resid 79...BB2 - 1102 - 110
25SERSERARGARG(chain B and (resid 2 through 78 or (resid 79...BB2 - 1102 - 110
26SERSERARGARG(chain B and (resid 2 through 78 or (resid 79...BB2 - 1102 - 110
27SERSERARGARG(chain B and (resid 2 through 78 or (resid 79...BB2 - 1102 - 110
28SERSERARGARG(chain B and (resid 2 through 78 or (resid 79...BB2 - 1102 - 110
29SERSERARGARG(chain B and (resid 2 through 78 or (resid 79...BB2 - 1102 - 110

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要素

#1: タンパク質 mFAP1


分子量: 12316.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-38E / (5Z)-5-(3,5-difluoro-4-hydroxybenzylidene)-2,3-dimethyl-3,5-dihydro-4H-imidazol-4-one / 4-[(Z)-3,5-ジフルオロ-4-ヒドロキシベンジリデン]-1,2-ジメチル-1H-イミダゾ-ル-5(4H)-オン


分子量: 252.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10F2N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 12% PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 8905 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.59 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.344.60.3063660.9210.1480.3420.48285.1
2.34-2.385.10.2764370.950.1260.3040.48193.2
2.38-2.435.50.2854090.9240.1280.3140.50793.2
2.43-2.4860.2814440.960.1210.3070.49798.4
2.48-2.536.60.2344490.9750.0970.2540.49497.4
2.53-2.596.80.2154290.980.0870.2320.49299.5
2.59-2.667.10.1734540.9880.0680.1860.53498.9
2.66-2.737.20.1694490.9860.0670.1820.56299.8
2.73-2.817.40.1524470.9890.060.1630.55299.3
2.81-2.97.30.144500.9920.0550.150.51699.6
2.9-37.50.0994410.9980.0390.1060.54699.8
3-3.127.40.0884650.9960.0340.0940.54999.6
3.12-3.267.50.0734340.9970.0290.0780.548100
3.26-3.447.40.0694670.9970.0270.0740.645100
3.44-3.657.50.054580.9980.0190.0530.691100
3.65-3.937.40.0474480.9980.0190.0510.805100
3.93-4.337.40.0394540.9990.0150.0420.601100
4.33-4.957.50.0344580.9990.0130.0370.675100
4.95-6.247.40.0394630.9990.0150.0420.639100
6.24-5070.0354830.9990.0140.0370.78699

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.27 Å31.56 Å
Translation4.27 Å31.56 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→31.56 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 881 9.91 %
Rwork0.1808 --
obs0.1846 8894 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 48.59 Å2 / Biso mean: 27.9727 Å2 / Biso min: 18.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→31.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1631 0 56 82 1769
Biso mean--24.26 31.1 -
残基数----218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091707
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1432340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.155974
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A945X-RAY DIFFRACTION6.877TORSIONAL
12B945X-RAY DIFFRACTION6.877TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.44330.28891280.23241218134691
2.4433-2.63190.28971510.21691333148498
2.6319-2.89660.26071470.21161351149899
2.8966-3.31530.26751440.199613591503100
3.3153-4.17540.17411520.15713571509100
4.1754-31.56350.18271590.154713951554100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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