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万見
- PDB-6cz9: The arsenate respiratory reductase (Arr) complex from Shewanella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cz9
タイトルThe arsenate respiratory reductase (Arr) complex from Shewanella sp. ANA-3 bound to arsenite
要素
  • 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein
  • ArrA
キーワードOXIDOREDUCTASE / arsenate / molybdoprotein / molybdopterin / arsenite
機能・相同性
機能・相同性情報


arsenate reductase (donor) / molybdopterin cofactor binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetrathionate reductase subunit A, MopB domain / : / : / : / 4Fe-4S binding domain / ADC-like domains / : / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain ...Tetrathionate reductase subunit A, MopB domain / : / : / : / 4Fe-4S binding domain / ADC-like domains / : / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / N-terminal domain of TfIIb / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Single Sheet / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARSENITE / FORMIC ACID / Chem-MGD / MOLYBDENUM ATOM / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / IRON/SULFUR CLUSTER / Arsenate respiratory reductase iron-sulfur subunit ArrB / Arsenate respiratory reductase molybdopterin-containing subunit ArrA
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Glasser, N.R. / Newman, D.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)5R01HL117328-03 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural and mechanistic analysis of the arsenate respiratory reductase provides insight into environmental arsenic transformations.
著者: Glasser, N.R. / Oyala, P.H. / Osborne, T.H. / Santini, J.M. / Newman, D.K.
履歴
登録2018年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ArrA
B: 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein
C: ArrA
D: 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,57333
ポリマ－233,8264
非ポリマー7,74729
水41,1822286
1
A: ArrA
B: 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,78017
ポリマ－116,9132
非ポリマー3,86715
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12750 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area32110 Å2
手法PISA
2
C: ArrA
D: 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,79416
ポリマ－116,9132
非ポリマー3,88114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12120 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area31750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)232.512, 86.306, 147.367
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 ArrA / Molybdopterin oxidoreductase


分子量: 91143.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella sp. (strain ANA-3) (バクテリア)
株: ANA-3 / 遺伝子: arrA, Shewana3_2341 / 発現宿主: Shewanella sp. ANA-3 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7WTU0
#2: タンパク質 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein / ArrB


分子量: 25769.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella sp. (strain ANA-3) (バクテリア)
株: ANA-3 / 遺伝子: arrB, Shewana3_2340 / 発現宿主: Shewanella sp. ANA-3 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7WTT9

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非ポリマー , 8種, 2315分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#5: 化合物 ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン


分子量: 95.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#6: 化合物 ChemComp-AST / ARSENITE / アルセナイト


分子量: 122.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AsO3
#7: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mg/ml protein, 15% PEG 2000 MME, 150 mM KSCN, 50 mM HEPES (adjusted to pH 7.5 with NaOH), microseeded; cryoprotected in 30% PEG 2000 MME, 100 mM KSCN, 1 M sodium formate, 50 mM HEPES (pH 7. ...詳細: 10 mg/ml protein, 15% PEG 2000 MME, 150 mM KSCN, 50 mM HEPES (adjusted to pH 7.5 with NaOH), microseeded; cryoprotected in 30% PEG 2000 MME, 100 mM KSCN, 1 M sodium formate, 50 mM HEPES (pH 7.5), 5 mM sodium arsenite

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.37 Å / Num. obs: 209823 / % possible obs: 98.35 % / 冗長度: 6.9 % / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 17.49
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 20962 / Rpim(I) all: 0.313 / % possible all: 98.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.8→39.369 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 17.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1694 5129 1.25 %
Rwork0.1422 --
obs0.1426 411525 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.369 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16227 0 333 2286 18846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00517140
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9923380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3926176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052983
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82050.27051910.250913589X-RAY DIFFRACTION99
1.8205-1.84190.21951660.232913734X-RAY DIFFRACTION99
1.8419-1.86430.23811660.225413529X-RAY DIFFRACTION99
1.8643-1.88790.23761850.218613691X-RAY DIFFRACTION98
1.8879-1.91280.21161700.213113597X-RAY DIFFRACTION98
1.9128-1.9390.21911650.206813528X-RAY DIFFRACTION98
1.939-1.96670.21111680.202513536X-RAY DIFFRACTION98
1.9667-1.9960.20281470.189413582X-RAY DIFFRACTION98
1.996-2.02720.24041700.191813449X-RAY DIFFRACTION98
2.0272-2.06050.22471840.183313498X-RAY DIFFRACTION97
2.0605-2.0960.21591690.179513207X-RAY DIFFRACTION95
2.096-2.13410.16481540.16813416X-RAY DIFFRACTION97
2.1341-2.17510.20661790.156913711X-RAY DIFFRACTION99
2.1751-2.21950.18231750.152613602X-RAY DIFFRACTION99
2.2195-2.26780.16591800.146113664X-RAY DIFFRACTION99
2.2678-2.32050.19371590.141113545X-RAY DIFFRACTION99
2.3205-2.37860.15881830.138113613X-RAY DIFFRACTION98
2.3786-2.44290.15881670.136213568X-RAY DIFFRACTION98
2.4429-2.51470.18111640.135713533X-RAY DIFFRACTION98
2.5147-2.59590.19121810.137613561X-RAY DIFFRACTION98
2.5959-2.68860.18081590.140413164X-RAY DIFFRACTION95
2.6886-2.79630.20191590.138513567X-RAY DIFFRACTION98
2.7963-2.92350.15171810.141613652X-RAY DIFFRACTION99
2.9235-3.07760.15881730.146513767X-RAY DIFFRACTION99
3.0776-3.27030.2231760.14713621X-RAY DIFFRACTION98
3.2703-3.52270.15161600.135813490X-RAY DIFFRACTION98
3.5227-3.87690.16551710.119913254X-RAY DIFFRACTION96
3.8769-4.43720.11391710.100213486X-RAY DIFFRACTION98
4.4372-5.58790.10181770.099713746X-RAY DIFFRACTION99
5.5879-39.37830.15671790.133913496X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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