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万見
- PDB-6cz5: Crystal structure of small molecule AMP-acrylamide covalently bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cz5
タイトルCrystal structure of small molecule AMP-acrylamide covalently bound to DDX3 S228C
要素ATP-dependent RNA helicase DDX3X
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Inhibitor / DEAD-box protein / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CTPase activity / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to cytoplasmic stress granule / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA strand annealing activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / gamete generation / positive regulation of mitochondrial translation ...CTPase activity / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to cytoplasmic stress granule / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA strand annealing activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / gamete generation / positive regulation of mitochondrial translation / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / NLRP3 inflammasome complex / cellular response to arsenic-containing substance / poly(A) binding / gamma-tubulin binding / P granule / cellular response to osmotic stress / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / transcription factor binding / lipid homeostasis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cell leading edge / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of translational initiation / ribosomal small subunit binding / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / DNA helicase activity / translation initiation factor binding / signaling adaptor activity / stress granule assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interferon-beta production / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / protein serine/threonine kinase activator activity / cytosolic ribosome assembly / positive regulation of translation / chromosome segregation / translational initiation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cell growth / response to virus / cellular response to virus / Wnt signaling pathway / mRNA 5'-UTR binding / RNA stem-loop binding / cytoplasmic stress granule / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / lamellipodium / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / cell differentiation / RNA helicase activity / negative regulation of translation / intracellular signal transduction / RNA helicase / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / innate immune response / negative regulation of gene expression / GTPase activity / mRNA binding / centrosome / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FPJ / ATP-dependent RNA helicase DDX3X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Barkovich, K.J. / Moore, M.K. / Hu, Q. / Shokat, K.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F30 CA203522 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)RO1 CA190409 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Chemical genetic inhibition of DEAD-box proteins using covalent complementarity.
著者: Barkovich, K.J. / Moore, M.K. / Hu, Q. / Shokat, K.M.
履歴
登録2018年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.32018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DDX3X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5132
ポリマ－54,1101
非ポリマー4021
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.960, 101.090, 105.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DDX3X / DEAD box protein 3 / X-chromosomal / DEAD box / X isoform / Helicase-like protein 2 / HLP2


分子量: 54110.250 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 132-607 / 変異: S228C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX3X, DBX, DDX3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O00571, RNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-FPJ / 5'-O-[(R)-hydroxy(propanoylamino)phosphoryl]adenosine


分子量: 402.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N6O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 100 mM sodium citrate, 8% PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月28日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→73.054 Å / Num. obs: 12100 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 87.39 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.089 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.766 / Rpim(I) all: 0.5 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5E7J

5e7j


解像度: 3→73.054 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2667 566 4.68 %
Rwork0.2219 --
obs0.2242 12082 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 167.14 Å2 / Biso mean: 87.5497 Å2 / Biso min: 41.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→73.054 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3378 0 27 0 3405
Biso mean--107.2 --
残基数----427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5234692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004610
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6292122
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.0002-3.30210.35261410.321128082949
3.3021-3.77990.33291250.252328352960
3.7799-4.76220.25151430.203628743017
4.7622-73.07510.23921570.201429993156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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