PDB-6cyx: Crystal structure analysis of the L80F mutant of Superoxide Dismu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cyx

タイトル

Crystal structure analysis of the L80F mutant of Superoxide Dismutase from Trichoderma reesei

要素

Superoxide dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / enzymatic activity

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hypocrea jecorina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Mendoza Rengifo, E. / Ferreira Jr., J.R.S. / Garratt, R.C.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure analysis of the L80F mutant of Superoxide Dismutase from Trichoderma reesei
著者: Mendoza Rengifo, E. / Ferreira Jr., J.R.S. / Garratt, R.C.

履歴

登録	2018年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cyx.cif.gz	502.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cyx.ent.gz	417.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cyx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cyx_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cyx_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	6cyx_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	6cyx_validation.cif.gz	57.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cyx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tir
類似構造データ	6cyp-2 6dqy-2 6dqy-1 5tir-d 6dqy-6 6dqy-3 6dqy-5 6dqy-4 6cyp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase

B: Superoxide dismutase

C: Superoxide dismutase

D: Superoxide dismutase

E: Superoxide dismutase

F: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

139 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

A: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

D: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

D: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Superoxide dismutase

C: Superoxide dismutase

E: Superoxide dismutase

F: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.420, 75.340, 242.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 4 through 209)
2	1	(chain B and resid 4 through 209)
3	1	chain C
4	1	(chain D and resid 4 through 209)
5	1	(chain E and resid 4 through 209)
6	1	(chain F and resid 4 through 209)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 4 - 209 / Label seq-ID: 3 - 208

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	(chain A and resid 4 through 209)	A	A
2	(chain B and resid 4 through 209)	B	B
3	chain C	C	C
4	(chain D and resid 4 through 209)	D	D
5	(chain E and resid 4 through 209)	E	E
6	(chain F and resid 4 through 209)	F	F

#1: タンパク質	Superoxide dismutase 分子量: 23163.109 Da / 分子数: 6 / 変異: L80F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (strain QM6a) (菌類) 株: QM6a / 遺伝子: TRIREDRAFT_66345 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RQS7, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 100mM Bis-Tris pH 6.8, 25% PEG3350 / PH範囲: 6.5-6.9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→75.34 Å / Num. all: 40915 / Num. obs: 40915 / % possible obs: 68.2 % / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.27 Å² / CC_1/2: 0.958 / R_merge(I) obs: 0.168 / R_pim(I) all: 0.109 / R_rim(I) all: 0.203 / R_sym value: 0.168 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 99493

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2.3-2.42	2.1	0.721	6118	0.313	0.051	0.106	0.092	70.5
7.27-75.34	3.9	0.092	1444	0.948	0.069	0.15	0.132	69.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→73.42 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.05

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2915	2140	5.23 %
R_work	0.2414	-	-
obs	0.244	40879	67.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.39 Å² / B_iso mean: 51.6524 Å² / B_iso min: 15.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→73.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9768	0	6	107	9881
B_iso mean	-	-	62.44	33.25	-
残基数	-	-	-	-	1258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	10044
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.486	13666
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1464
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1750
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.604	5834

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5860	X-RAY DIFFRACTION	8.102	TORSIONAL
1	2	B	5860	X-RAY DIFFRACTION	8.102	TORSIONAL
1	3	C	5860	X-RAY DIFFRACTION	8.102	TORSIONAL
1	4	D	5860	X-RAY DIFFRACTION	8.102	TORSIONAL
1	5	E	5860	X-RAY DIFFRACTION	8.102	TORSIONAL
1	6	F	5860	X-RAY DIFFRACTION	8.102	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.3535	0.3595	134	0.3356	2662	2796	70
2.3535-2.4124	0.3847	141	0.3374	2588	2729	69
2.4124-2.4776	0.3531	155	0.3236	2585	2740	69
2.4776-2.5505	0.3751	141	0.3145	2571	2712	68
2.5505-2.6328	0.3942	150	0.3171	2513	2663	66
2.6328-2.727	0.332	110	0.3158	2500	2610	65
2.727-2.8361	0.358	140	0.3084	2455	2595	64
2.8361-2.9652	0.3919	150	0.3101	2363	2513	63
2.9652-3.1216	0.3622	132	0.2885	2444	2576	64
3.1216-3.3171	0.3497	163	0.2876	2420	2583	64
3.3171-3.5732	0.3491	125	0.265	2548	2673	66
3.5732-3.9328	0.2989	167	0.2248	2585	2752	68
3.9328-4.5018	0.1951	129	0.1842	2824	2953	72
4.5018-5.6715	0.1999	140	0.1763	2853	2993	72
5.6715-73.4574	0.2093	163	0.1691	2828	2991	69

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8722	0.4062	0.508	0.6756	0.8174	1.2429	0.2148	-0.1599	0.0596	0.447	-0.0589	-0.3675	0.6137	-0.0975	-0.1062	0.7273	-0.0971	-0.2152	0.3811	0.0664	0.3898	-12.7275	-14.8876	21.5017
2	3.6092	-0.1488	0.6411	1.8352	-0.4063	2.3587	0.3965	-0.0621	-0.131	-0.2293	0.1133	-0.2751	0.5715	0.0782	-0.4218	0.3281	-0.0741	0.0309	0.2208	-0.0384	0.4877	-14.6773	-14.718	9.3516
3	2.3188	-0.3089	0.7013	0.6637	-0.3597	0.4363	0.0358	0.3284	-0.443	0.1043	0.2529	-0.9009	0.1613	0.6438	0.0052	0.1625	0.0517	-0.356	0.8031	-0.4526	1.0756	8.6158	0.1393	17.184
4	2.1689	1.704	0.1856	1.6616	0.1947	2.3463	-0.2439	0.1083	-0.4322	0.108	0.4308	-0.4873	0.149	0.733	-0.2602	0.2707	0.0377	-0.1147	0.2911	-0.0364	0.485	-5.1037	-1.0979	11.4221
5	1.8653	1.3601	2.583	6.1585	0.5512	4.0891	0.0098	0.1859	0.0427	0.5128	0.6757	-0.9093	0.1568	0.3663	-0.5481	0.4629	0.0937	-0.1369	0.3256	-0.0402	0.4999	-2.1462	-5.0713	8.2667
6	0.5401	0.3302	-0.2311	0.3611	-0.467	0.9905	0.2267	-0.0604	-0.2151	-0.0475	0.0844	-0.3968	-0.1039	-0.0697	-0.3082	0.3744	0.1025	-0.0632	0.434	0.0235	0.3588	-11.9985	3.148	24.4115
7	2.1337	-1.2654	-0.3395	0.7832	0.0603	0.7983	0.0016	-0.0757	0.126	0.1977	0.2207	-0.309	0.041	0.6192	-0.293	0.0516	-0.0247	-0.0744	0.49	-0.1954	1.1769	-0.9376	4.0002	24.0317
8	0.0086	0.0039	-0.0243	0.0145	-0.0348	0.1011	-0.0955	-0.0048	-0.0527	-0.1314	0.079	-0.0806	0.2631	0.3247	-0.332	-0.014	0.352	-0.6838	0.715	-0.1741	1.3726	8.5687	-10.3391	16.1306
9	2.7468	0.8489	-2.5208	0.3737	-0.9714	2.6891	0.4624	0.2854	-0.8218	0.0188	0.1876	-0.0512	0.2125	-0.128	-0.5008	0.5242	0.1837	-0.1971	0.618	-0.1751	0.5383	-1.1828	-20.2539	12.7515
10	1.7884	-0.2584	0.002	3.0452	0.0362	2.7949	0.3323	0.1098	-0.4338	-1.0366	-0.5185	0.779	-0.3262	-0.6647	-0.0029	0.4932	-0.0271	-0.0966	0.4696	-0.0856	0.459	-5.4565	-42.4371	33.3864
11	1.0344	0.7162	0.246	2.6314	2.0668	3.8806	-0.0281	0.0253	0.1319	-0.6429	0.0434	0.3589	-0.311	-0.0908	0.0283	0.5274	0.072	0.0277	0.347	0.029	0.1876	2.606	-34.4079	36.3571
12	0.6143	0.0656	-0.3395	1.1206	-0.2105	0.2157	-0.0342	1.1989	-0.2663	-1.0044	0.1133	0.3511	0.7194	-0.5417	-0.0962	1.1314	-0.0473	-0.3269	0.6571	-0.0506	0.4699	-0.2898	-49.4662	11.3304
13	1.2716	1.5687	-1.4446	3.6019	-0.1042	3.3255	-0.2995	0.1976	-0.0348	-0.9425	-0.1358	-0.1593	0.3297	0.0632	0.3375	0.8808	-0.0102	0.0467	0.4531	0.0494	0.71	14.5642	-42.3873	8.0064
14	2.3612	0.0997	-0.1961	1.3158	-0.4509	1.3178	-0.1315	0.4106	-0.3928	-0.7494	-0.0951	-0.1563	0.4164	0.0105	-0.0968	0.8766	0.0638	-0.0329	0.203	-0.3387	0.7214	16.7315	-50.5906	17.7007
15	3.105	-0.3094	0.2077	0.602	-1.5299	3.9352	-0.1527	0.1318	0.6117	-0.6834	-0.46	-0.2333	-0.1312	-0.0009	0.4241	0.5828	0.0894	-0.0196	0.2437	0.051	0.3876	13.7875	-40.8355	24.1686
16	1.3758	-0.5883	0.5701	0.2472	-0.1761	3.3798	0.1297	0.158	0.1034	0.0598	-0.2126	0.2884	-0.1131	0.2581	0.0533	0.3995	0.0278	0.062	0.239	-0.0222	0.4233	7.415	-47.8445	28.8069
17	1.4526	0.2368	0.4082	1.1498	1.1021	2.2683	-0.166	0.41	-0.142	-0.516	0.0029	0.1203	-0.1204	-0.1099	0.2514	0.8979	0.155	-0.195	0.4263	-0.3507	0.6513	8.102	-55.8835	20.9205
18	3.9613	0.6194	1.3253	0.7236	0.7921	1.2886	0.3156	1.0361	-0.0128	-0.9102	-0.2745	0.1453	0.0612	-0.1584	-0.1002	0.9771	0.2032	-0.1114	0.6631	-0.0616	0.3761	3.0553	-41.0121	12.3116
19	2.7958	-0.0799	-3.7215	3.061	-2.3104	8.4873	-0.0559	0.4554	0.4712	-0.4517	-0.2906	0.3629	-0.7207	-0.6761	0.1896	0.8083	0.2453	-0.3128	0.5744	-0.1503	0.4268	-0.9931	-31.2821	21.3347
20	0.9105	0.0082	-0.5138	1.0213	-0.3207	0.7615	0.2582	-0.3731	0.0403	-0.5082	-0.0912	-0.3193	-0.1591	0.9215	0.081	0.3914	-0.2503	0.1666	0.7273	0.026	0.2895	39.8932	-30.0248	32.3086
21	2.8369	0.7833	-0.9658	2.5007	-0.0696	2.7255	-0.1462	-0.228	0.0603	-0.4924	-0.1129	-0.2457	-0.0668	0.0745	-0.1884	0.4088	-0.2239	0.3689	0.2067	-0.0108	0.5818	25.9716	-25.6483	24.5267
22	1.8627	-0.2966	-0.6084	2.5699	0.7379	1.5296	0.2615	-0.1796	0.7166	-0.3624	0.0083	-0.5597	-0.2501	0.0967	-0.2066	0.442	-0.2125	0.064	0.4487	-0.013	0.4355	35.134	-25.3252	26.9495
23	2.5095	1.2903	-0.7997	4.0955	-0.906	2.1515	-0.1402	0.0118	0.2946	-0.02	0.3351	-0.1475	-0.0466	-0.0528	-0.2312	0.3665	0.0424	0.1162	0.4138	-0.0292	0.4833	45.8946	17.5384	23.9246
24	0.4712	-0.1954	-0.7081	1.0527	-0.3706	4.13	0.2326	-0.0398	0.0771	-0.0754	0.0349	-0.2565	-0.886	0.1837	-0.0159	0.2871	-0.0838	0.0404	0.2823	-0.0084	0.4692	56.2177	18.8576	14.7929
25	0.2636	-0.3591	0.195	1.0611	0.5937	2.1263	-0.008	-0.002	-0.282	-0.0286	-0.2155	0.3505	-0.2386	-0.5936	0.105	0.2471	-0.0943	0.0839	0.3463	-0.0521	0.4126	40.6563	8.1076	12.6429
26	5.1168	-2.6322	-1.0954	4.5591	-0.7634	1.4432	0.1897	0.9985	-0.0998	-0.2452	0.1344	0.2526	0.1539	-0.2905	-0.3291	0.2938	-0.0689	0.0755	0.2897	-0.0401	0.1829	41.9421	2.992	8.0785
27	0.6596	-0.0767	0.2913	2.2095	0.0179	0.7915	0.2245	-0.1109	0.0161	0.0289	-0.165	0.0367	0.2079	-0.2391	0.0865	0.2674	-0.0771	0.04	0.3973	-0.0255	0.4213	45.503	3.4284	18.8767
28	0.2456	0.2265	-0.372	0.4133	0.1781	1.9948	0.1244	0.0315	0.1351	-0.116	-0.3444	0.5437	-0.4228	-0.5905	0.2527	0.282	0.0225	0.0167	0.4565	-0.3685	0.857	30.7671	12.1509	15.1229
29	4.8731	0.0107	0.9518	2.2129	-0.5316	3.6791	0.1445	-0.1146	0.5612	-0.3206	-0.3878	0.4994	-0.5645	-0.2359	0.2332	0.3523	0.171	0.059	0.4787	0.0446	0.3757	38.3654	20.4662	7.6471
30	0.4069	-0.0285	-0.4777	0.149	0.1957	0.7386	-0.0918	-0.2529	-0.2135	-0.2982	-0.2555	0.0232	0.3356	0.4517	0.3541	0.5727	0.1907	0.2166	0.4171	0.1215	0.5624	16.5499	-67.3323	46.6805
31	3.3868	1.0953	-1.2005	1.9619	-0.9484	1.7979	-0.2989	0.1606	-0.6735	-0.156	0.0814	-0.4048	0.2195	0.3527	0.1873	0.4344	0.0991	0.0507	0.3723	-0.0256	0.3085	25.1206	-56.3584	39.3035
32	0.5537	0.1118	-0.1059	0.2801	-0.9568	3.4473	-0.0891	-0.3889	-0.2278	0.4411	0.0006	0.0688	0.0219	-0.1983	-0.1452	0.8001	0.3234	0.1456	0.4628	0.2742	0.4146	9.6037	-65.0475	61.699
33	1.6337	-0.7764	-1.479	1.8357	-1.5097	6.2668	-0.4208	-0.7054	-0.1304	0.5125	0.1455	0.1312	0.5638	0.5043	0.0857	0.2961	0.1136	0.0787	0.4308	0.0665	0.4724	10.9735	-47.8842	58.9157
34	3.4493	0.3289	1.1778	1.1245	-1.4863	4.1821	0.0835	-0.0095	-0.0671	0.0091	0.3913	-0.3553	-0.0059	0.5972	-0.285	0.5002	0.0982	0.1854	0.4994	-0.0555	0.4593	19.0351	-50.456	51.5002
35	2.1304	-0.0057	-0.8937	1.9205	-0.291	1.8485	-0.4191	-0.6382	-0.379	-0.1315	0.0532	0.0174	0.641	0.0605	0.0493	0.4495	0.0927	0.1728	0.3961	0.1082	0.315	8.3124	-57.3609	52.1998
36	1.0016	-1.4867	0.0904	2.3538	-0.2159	0.0588	-0.1529	-1.2091	0.4645	0.2321	0.4737	-0.4994	0.2001	0.6378	-0.3525	0.3346	-0.0305	-0.0785	0.8079	0.2348	0.6451	29.0101	-59.2098	54.1642
37	3.0401	-0.6097	-0.8193	1.1634	0.0864	1.6756	0.5921	-0.4519	0.4151	-0.2698	-0.2914	-0.0375	-0.8502	0.3933	-0.2968	0.9931	-0.1482	0.1934	0.335	-0.0552	0.2819	16.7038	-11.6169	46.7982
38	1.4256	0.2346	0.0937	1.6541	1.3221	3.433	0.0211	-0.2452	0.2726	-0.1939	-0.1475	0.0407	-0.8632	0.3469	0.0547	0.6515	-0.1126	0.2097	0.3527	-0.0525	0.1903	11.6276	-21.8919	43.6474
39	2.7818	0.1823	-0.1359	1.1374	0.8036	1.7396	0.2661	-1.095	-0.1697	0.1435	0.091	-0.1924	-0.2172	0.516	-0.1957	0.3072	-0.2621	-0.023	1.2983	-0.061	0.5938	23.7049	-23.0379	70.3313
40	1.212	0.1023	0.164	0.9591	0.6532	4.3505	-0.1525	-0.6911	0.1001	0.2976	-0.3476	-0.5925	0.0629	1.174	0.3343	0.4356	-0.1608	0.0049	0.8219	-0.0147	0.3307	31.1471	-30.2664	62.1903
41	2.1447	0.8641	-0.447	1.6035	-0.1398	1.4169	0.001	-0.4649	-0.256	-0.2282	0.3664	-0.2961	-0.1441	0.2685	-0.1652	0.2671	-0.1516	0.2035	0.4697	0.0304	0.6039	22.4023	-28.8064	53.8828
42	1.8375	0.8382	-0.3042	2.0652	-0.6934	1.312	-0.114	-0.533	-0.0757	0.0093	0.4115	-0.1615	0.1718	0.1143	-0.3531	-0.0059	-0.0946	-0.1611	0.7791	0.1182	0.4907	19.4935	-32.9116	57.8603
43	3.4743	-0.1921	1.2873	1.154	1.5416	3.2625	0.0601	-0.3973	0.006	-0.0409	-0.024	-0.4426	-0.047	0.7323	0.0541	0.3374	-0.1815	0.0108	0.3974	0.0032	0.3213	17.4615	-26.0867	54.0617
44	2.222	0.8106	0.6123	0.2985	0.2158	0.1937	-0.0134	-0.5263	0.4305	-0.3683	0.1749	-0.2352	-0.3178	0.1551	-0.0773	0.5048	-0.2761	0.1089	0.7571	-0.0872	0.7964	33.8274	-18.3735	48.2059
45	0.5937	-0.8362	-0.5433	1.1977	0.7637	0.5055	-0.2777	-0.3898	0.1885	0.0302	0.0853	-0.1344	-0.3884	1.0739	0.1449	0.8913	-0.4686	0.0587	1.227	-0.1557	0.4178	33.4569	-20.2999	59.2295
46	0.5352	-0.0833	0.9375	1.2054	0.5874	4.5078	0.0179	-0.4257	0.0541	-0.0292	0.2463	-0.2116	-0.4556	0.5126	0.026	0.6661	0.0474	0.0507	0.9664	-0.1603	0.1203	16.6872	-21.1505	67.2803
47	0.7645	0.1402	0.2686	0.318	0.1176	0.1106	0.1112	-0.6015	0.1273	0.0382	-0.1196	0.052	-0.3004	-0.0333	-0.0952	0.6808	0.0445	0.0937	0.4481	-0.0025	0.1156	7.2291	-18.0808	57.3776

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 54 )	A	2 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 83 )	A	55 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 124 )	A	84 - 124
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 136 )	A	125 - 136
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 137 through 163 )	A	137 - 163
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 164 through 176 )	A	164 - 176
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 177 through 187 )	A	177 - 187
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 188 through 200 )	A	188 - 200
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 201 through 212 )	A	201 - 212
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 2 through 55 )	B	2 - 55
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 56 through 83 )	B	56 - 83
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 84 through 98 )	B	84 - 98
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 99 through 111 )	B	99 - 111
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 112 through 124 )	B	112 - 124
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 125 through 147 )	B	125 - 147
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 148 through 176 )	B	148 - 176
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 177 through 187 )	B	177 - 187
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 188 through 198 )	B	188 - 198
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 199 through 211 )	B	199 - 211
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 4 through 111 )	C	4 - 111
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 112 through 147 )	C	112 - 147
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 148 through 209 )	C	148 - 209
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 2 through 23 )	D	2 - 23
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 24 through 55 )	D	24 - 55
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 56 through 124 )	D	56 - 124
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 125 through 147 )	D	125 - 147
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 148 through 187 )	D	148 - 187
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 188 through 198 )	D	188 - 198
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 199 through 210 )	D	199 - 210
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 2 through 23 )	E	2 - 23
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 24 through 83 )	E	24 - 83
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 84 through 98 )	E	84 - 98
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 99 through 147 )	E	99 - 147
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 148 through 163 )	E	148 - 163
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 164 through 200 )	E	164 - 200
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 201 through 212 )	E	201 - 212
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 2 through 55 )	F	2 - 55
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 56 through 83 )	F	56 - 83
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 84 through 111 )	F	84 - 111
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 112 through 124 )	F	112 - 124
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 125 through 137 )	F	125 - 137
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 138 through 147 )	F	138 - 147
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 148 through 163 )	F	148 - 163
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 164 through 176 )	F	164 - 176
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 177 through 187 )	F	177 - 187
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 188 through 200 )	F	188 - 200
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 201 through 212 )	F	201 - 212

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)