PDB-6cyp: Crystal structure analysis of the H75I mutant of Superoxide Dismu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cyp

タイトル

Crystal structure analysis of the H75I mutant of Superoxide Dismutase from Trichoderma reesei

要素

Superoxide dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / enzymatic activity

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hypocrea jecorina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Mendoza Rengifo, E. / Ferreira Jr., J.R.S. / Garratt, R.C.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Mn Superoxide Dismutase double mutant (G74Q+Q149G) from Trichoderma reesei
著者: Mendoza Rengifo, E. / Garratt, R.C. / Ferreira Jr., J.R.S.

履歴

登録	2018年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cyp.cif.gz	721.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cyp.ent.gz	613.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cyp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cyp_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cyp_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	6cyp_validation.xml.gz	54.4 KB	表示
CIF形式データ	6cyp_validation.cif.gz	79.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cyp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cylC 5tir C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dqy-3 6dqy-2 5tir-d 6dqy-4 6dqy-1 6cyx-1 3dc6-1 6cyx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase

B: Superoxide dismutase

C: Superoxide dismutase

D: Superoxide dismutase

E: Superoxide dismutase

F: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

139 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Superoxide dismutase

D: Superoxide dismutase

E: Superoxide dismutase

F: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.6 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Superoxide dismutase

C: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

B: Superoxide dismutase

C: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.6 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.430, 75.130, 241.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 2 - 212 / Label seq-ID: 1 - 211

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B
3	chain C	C	C
4	chain D	D	D
5	chain E	E	E
6	chain F	F	F

#1: タンパク質	Superoxide dismutase 分子量: 23104.104 Da / 分子数: 6 / 断片: H75I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (strain QM6a) (菌類) 株: QM6a / 遺伝子: TRIREDRAFT_66345 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RQS7, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 mM Bis-Tris, pH 6.0 PH範囲: 5.5-7.4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→63.81 Å / Num. obs: 91261 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 22.46 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.082 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 17

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2-2.11	6.4	0.258	13110	0.963	0.013	0.035	0.032	99.5
6.32-63.81	6.6	0.032	3141	0.999	0.021	0.058	0.054	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→47.095 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.05

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1892	4644	5.09 %
R_work	0.1587	-	-
obs	0.1602	91166	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.97 Å² / B_iso mean: 30.5394 Å² / B_iso min: 11.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→47.095 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9792	0	6	1157	10955
B_iso mean	-	-	27.84	35.42	-
残基数	-	-	-	-	1266

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10056
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.584	13686
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1746
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.964	5868

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	7597	X-RAY DIFFRACTION	3.839	TORSIONAL
1	2	B	7597	X-RAY DIFFRACTION	3.839	TORSIONAL
1	3	C	7597	X-RAY DIFFRACTION	3.839	TORSIONAL
1	4	D	7597	X-RAY DIFFRACTION	3.839	TORSIONAL
1	5	E	7597	X-RAY DIFFRACTION	3.839	TORSIONAL
1	6	F	7597	X-RAY DIFFRACTION	3.839	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.2448	159	0.1988	2848	3007	99
2.0227-2.0465	0.2255	158	0.1935	2826	2984	99
2.0465-2.0715	0.2075	160	0.1919	2790	2950	99
2.0715-2.0977	0.2146	178	0.1811	2879	3057	100
2.0977-2.1253	0.2202	149	0.1778	2782	2931	100
2.1253-2.1544	0.1912	147	0.1771	2893	3040	100
2.1544-2.1852	0.2029	154	0.1772	2814	2968	100
2.1852-2.2178	0.2185	132	0.1649	2910	3042	100
2.2178-2.2525	0.2038	131	0.1571	2831	2962	100
2.2525-2.2894	0.2208	162	0.1667	2886	3048	100
2.2894-2.3289	0.2083	168	0.1637	2817	2985	100
2.3289-2.3712	0.1959	165	0.1609	2854	3019	100
2.3712-2.4168	0.2183	171	0.1611	2835	3006	100
2.4168-2.4662	0.1885	147	0.1567	2857	3004	100
2.4662-2.5198	0.1865	149	0.1512	2894	3043	100
2.5198-2.5784	0.2124	156	0.1548	2852	3008	100
2.5784-2.6429	0.1953	166	0.1631	2860	3026	100
2.6429-2.7143	0.2016	129	0.1662	2909	3038	100
2.7143-2.7942	0.1952	168	0.1704	2871	3039	100
2.7942-2.8844	0.1852	145	0.1673	2887	3032	100
2.8844-2.9874	0.1922	147	0.1663	2892	3039	100
2.9874-3.107	0.2065	157	0.1661	2893	3050	100
3.107-3.2484	0.1965	134	0.1753	2912	3046	100
3.2484-3.4196	0.2029	148	0.1642	2917	3065	100
3.4196-3.6338	0.1857	140	0.1619	2929	3069	100
3.6338-3.9142	0.1941	160	0.1435	2908	3068	100
3.9142-4.3079	0.153	159	0.1271	2944	3103	100
4.3079-4.9307	0.1464	170	0.1237	2946	3116	100
4.9307-6.2099	0.1669	156	0.1469	3005	3161	100
6.2099-47.1082	0.1665	179	0.1655	3081	3260	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7516	-0.4588	0.1859	1.5408	1.0512	1.1229	-0.1858	0.0431	0.0101	-0.2009	0.0504	0.2037	0.116	-0.2047	0.1088	0.4008	-0.1512	0.0334	0.2326	-0.0588	0.3368	-8.4086	28.346	268.7444
2	1.1188	0.4444	0.3644	3.0857	1.1863	1.2043	-0.1528	-0.0823	-0.0564	-0.0743	0.0063	0.3413	0.2382	-0.2226	0.1452	0.2404	-0.063	0.0741	0.1846	-0.0217	0.2016	-5.1782	35.0608	279.7084
3	0.9593	-0.0256	0.0474	1.0095	0.5131	1.3275	-0.1643	0.1306	-0.0353	-0.2961	0.0864	0.1265	0.1546	-0.1012	0.0614	0.3135	-0.0752	0.0433	0.1547	-0.011	0.1636	0.5585	36.3097	270.7822
4	6.4067	-0.8385	0.8594	1.9754	-0.5387	3.9677	0.0228	0.5354	0.3049	-0.3616	-0.0158	-0.1649	-0.1292	0.2229	0.0044	0.652	-0.0744	0.1897	0.3694	0.0126	0.2643	12.7498	32.7676	249.6882
5	0.9628	0.4923	0.1665	1.2802	-0.6103	1.796	-0.1283	0.3953	-0.2407	-0.305	-0.0128	-0.1315	0.3768	0.3371	0.0724	0.5446	0.0154	0.19	0.2675	-0.0303	0.3034	14.8041	24.4903	259.5556
6	2.2348	-0.6228	0.658	2.1056	-1.0306	3.2471	-0.1274	0.1274	0.2133	-0.0354	-0.0253	-0.1849	-0.2924	0.1317	0.1397	0.3382	-0.0142	0.1083	0.1462	-0.0126	0.2198	12.2001	34.2536	265.6891
7	0.8279	-0.4228	0.5526	0.6591	0.0482	0.6311	-0.1174	0.0869	-0.027	-0.1021	-0.0513	-0.0728	0.3102	0.0332	0.1221	0.4069	-0.0418	0.1113	0.1516	-0.0256	0.1982	6.0881	27.1766	270.5388
8	1.1245	-1.6887	0.3422	2.6031	-0.7473	0.8918	0.0217	0.1344	-0.2111	-0.1969	-0.0016	-0.0161	0.1089	-0.0041	-0.131	0.5877	-0.1085	0.1488	0.1442	-0.0925	0.2686	6.2241	19.3172	262.58
9	2.2948	1.9297	-0.2815	5.5884	0.1763	2.2877	-0.1309	0.4361	0.2467	-0.4427	-0.0549	0.1169	0.1896	-0.1848	0.1486	0.4207	-0.1067	0.0068	0.2731	0.0321	0.2087	1.5469	35.5343	254.729
10	7.5296	0.7566	-3.9479	0.0799	-0.3039	5.3881	0.1193	0.1552	0.7005	-0.0417	-0.0816	0.0064	-0.4019	-0.1866	-0.0478	0.3705	-0.0301	-0.0645	0.1995	0.0198	0.383	-3.5706	43.4054	265.029
11	0.9269	0.1592	0.3695	0.8177	-0.044	1.2717	0.0539	-0.1049	-0.163	0.2988	0.0909	-0.1428	0.3074	0.1291	-0.1541	0.2829	0.0454	-0.1013	0.1763	0.0035	0.1932	-7.6802	61.4436	267.8824
12	1.0018	0.7617	1.2762	1.8984	1.7776	4.1244	0.061	-0.0819	-0.0574	0.2108	-0.0062	0.1126	0.2825	-0.1352	-0.0931	0.1862	0.0117	-0.03	0.1312	0.0155	0.1624	-17.588	59.0715	259.3322
13	0.9655	-0.0977	-0.1199	0.968	-0.2214	1.0259	-0.0287	-0.0769	-0.0871	0.1	0.14	-0.1744	0.1125	0.3099	-0.0776	0.1311	0.0455	-0.0575	0.1621	-0.0425	0.1693	-8.3191	62.9734	255.8465
14	2.0157	-0.1986	0.362	1.2011	-0.3921	0.373	0.0483	0.0439	-0.0739	-0.0364	0.0081	-0.3852	-0.0262	0.2915	0.1213	0.1214	-0.1508	0.0645	0.7555	-0.2069	0.5032	12.9038	74.9555	253.1258
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 23 )	A	2 - 23
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3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 98 )	A	55 - 98
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 99 through 111 )	A	99 - 111
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 112 through 125 )	A	112 - 125
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7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 148 through 176 )	A	148 - 176
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 177 through 187 )	A	177 - 187
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 188 through 200 )	A	188 - 200
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 201 through 212 )	A	201 - 212
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2 through 23 )	B	2 - 23
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 24 through 54 )	B	24 - 54
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 55 through 98 )	B	55 - 98
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 99 through 111 )	B	99 - 111
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 112 through 125 )	B	112 - 125
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 126 through 147 )	B	126 - 147
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 148 through 176 )	B	148 - 176
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 177 through 187 )	B	177 - 187
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 188 through 200 )	B	188 - 200
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 201 through 212 )	B	201 - 212
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 2 through 54 )	C	2 - 54
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 55 through 98 )	C	55 - 98
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 99 through 137 )	C	99 - 137
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 138 through 147 )	C	138 - 147
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 148 through 187 )	C	148 - 187
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 188 through 212 )	C	188 - 212
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 2 through 54 )	D	2 - 54
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 55 through 98 )	D	55 - 98
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 99 through 111 )	D	99 - 111
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 112 through 125 )	D	112 - 125
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 126 through 147 )	D	126 - 147
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 148 through 187 )	D	148 - 187
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 188 through 212 )	D	188 - 212
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 2 through 54 )	E	2 - 54
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 55 through 98 )	E	55 - 98
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 99 through 111 )	E	99 - 111
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 112 through 125 )	E	112 - 125
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 126 through 147 )	E	126 - 147
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 148 through 176 )	E	148 - 176
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 177 through 187 )	E	177 - 187
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 188 through 200 )	E	188 - 200
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 201 through 212 )	E	201 - 212
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 2 through 54 )	F	2 - 54
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 55 through 84 )	F	55 - 84
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 85 through 111 )	F	85 - 111
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 112 through 125 )	F	112 - 125
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48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 138 through 147 )	F	138 - 147
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 148 through 187 )	F	148 - 187
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 188 through 200 )	F	188 - 200
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 201 through 212 )	F	201 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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