PDB-6cyj: Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulator

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cyj

タイトル

Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulator

要素

HTH-type transcriptional regulator PrpR

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcriptional Regulator / DNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

propionate metabolic process, methylcitrate cycle / response to host immune response / cholesterol metabolic process / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.699 Å

データ登録者

Tang, S. / Sacchettini, J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional insight into the Mycobacterium tuberculosis protein PrpR reveals a novel type of transcription factor.
著者: Tang, S. / Hicks, N.D. / Cheng, Y.S. / Silva, A. / Fortune, S.M. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2018年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年11月6日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6cyj.ent.gz	228.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cyj_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cyj_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6cyj_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	6cyj_validation.cif.gz	32.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cyj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6cyyC 6cz6SC 6d2sC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cyy-1 6cz6-d 5bys-d 3dva-2 4zwe-5 5oe2-d 4xdc-d 5e7o-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator PrpR

B: HTH-type transcriptional regulator PrpR

ヘテロ分子

97.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HTH-type transcriptional regulator PrpR

B: HTH-type transcriptional regulator PrpR

ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator PrpR

B: HTH-type transcriptional regulator PrpR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
196 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.485, 144.485, 96.187
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 152 - 480 / Label seq-ID: 95 - 423

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator PrpR / Propionate regulator / PRPR 分子量: 47664.613 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 81-486 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: prpR, Rv1129c, RVBD_1129c, P425_01178 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O06581
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-SCA / SUCCINYL-COENZYME A / スクシニルCoA 分子量: 867.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₀N₇O₁₉P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: Bicine pH9.5, Sodium Acetate, Zwittergent 3-14 / PH範囲: 7.5-9.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 27986 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 17 % / B_iso Wilson estimate: 78.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.08 / Χ²: 1.123 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 475646

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.75	17.1	1.052	1414	0.928	0.258	1.083	0.458	100
2.75-2.8	17.4	0.86	1385	0.946	0.21	0.885	0.449	100
2.8-2.85	17.4	0.723	1410	0.957	0.177	0.745	0.46	100
2.85-2.91	16.8	0.581	1404	0.974	0.144	0.599	0.468	100
2.91-2.97	16.6	0.479	1397	0.986	0.12	0.495	0.491	100
2.97-3.04	16.9	0.359	1409	0.986	0.089	0.37	0.526	100
3.04-3.12	18	0.302	1402	0.989	0.072	0.31	0.551	100
3.12-3.2	18.1	0.23	1418	0.994	0.055	0.237	0.599	100
3.2-3.3	17.9	0.183	1411	0.995	0.044	0.188	0.714	100
3.3-3.4	17.6	0.153	1402	0.996	0.037	0.158	0.836	100
3.4-3.52	17.1	0.141	1426	0.997	0.035	0.145	0.937	100
3.52-3.66	15.3	0.134	1185	0.997	0.034	0.138	1.146	84
3.66-3.83	16.5	0.106	1078	0.997	0.026	0.11	1.242	75.2
3.83-4.03	17	0.097	1426	0.997	0.024	0.1	1.727	99.4
4.03-4.29	17.5	0.079	1411	0.998	0.019	0.081	1.926	99.4
4.29-4.62	16.8	0.072	1436	0.998	0.018	0.074	2.081	99.2
4.62-5.08	16.2	0.066	1438	0.998	0.017	0.068	2.091	99.6
5.08-5.81	17.7	0.06	1457	0.999	0.014	0.062	1.865	99.8
5.81-7.32	16.2	0.054	1488	0.999	0.014	0.056	1.902	100
7.32-50	15.7	0.044	1589	0.999	0.011	0.045	2.038	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13rc1_2954	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6CZ6

6cz6

解像度: 2.699→45.69 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2184	1998	7.16 %
R_work	0.1845	25897	-
obs	0.187	27895	97.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 168.14 Å² / B_iso mean: 86.1711 Å² / B_iso min: 55.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.699→45.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5158	0	196	2	5356
B_iso mean	-	-	89.4	69.6	-
残基数	-	-	-	-	658

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3147	X-RAY DIFFRACTION	6.667	TORSIONAL
1	2	B	3147	X-RAY DIFFRACTION	6.667	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6991-2.7666	0.3801	144	0.2876	1860	2004	100
2.7666-2.8413	0.3368	142	0.2634	1849	1991	100
2.8413-2.9249	0.2719	144	0.2547	1863	2007	100
2.9249-3.0193	0.3023	144	0.2556	1871	2015	100
3.0193-3.1272	0.2523	142	0.2369	1845	1987	100
3.1272-3.2524	0.3078	144	0.2269	1862	2006	100
3.2524-3.4004	0.3138	145	0.2353	1877	2022	100
3.4004-3.5796	0.2768	146	0.2239	1889	2035	100
3.5796-3.8038	0.2545	104	0.2179	1334	1438	71
3.8038-4.0973	0.2431	143	0.1867	1856	1999	99
4.0973-4.5093	0.2025	146	0.1558	1891	2037	99
4.5093-5.161	0.1621	146	0.1472	1908	2054	100
5.161-6.4993	0.1923	151	0.1699	1942	2093	100
6.4993-45.6967	0.1706	157	0.1556	2050	2207	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2272	-0.3434	0.5943	2.1366	-0.2024	1.9166	0.0747	-0.1537	0.3844	-0.0892	-0.096	0.1596	-0.5406	-0.0984	-0.1587	0.8543	-0.0183	-0.0368	0.7814	-0.1395	0.8992	-18.9579	66.5995	-11.7273
2	2.9724	0.4103	-0.2316	1.2456	-0.2222	1.8769	0.0309	-0.2329	0.2146	0.1168	-0.1574	0.0844	-0.2472	0.12	0.0951	0.7353	0.0239	-0.0286	0.6964	-0.0618	0.8432	-18.9084	61.7396	-14.4014
3	3.6382	0.3552	0.5112	2.9186	-0.9567	1.3858	0.275	-0.4319	-0.0253	0.4918	-0.2212	0.5922	0.1469	-0.2429	0.111	0.7324	0.0932	-0.0139	0.8474	-0.086	0.9023	-37.0842	48.3835	-9.8502
4	0.8231	-0.5246	0.7579	3.8573	1.008	1.2329	-0.2289	-0.5861	0.1163	-0.3589	0.4453	0.145	0.3746	0.6844	0.084	0.9117	0.1526	-0.009	0.8463	0.0041	0.9022	-27.7638	44.8277	-18.3998
5	1.2911	1.9591	-0.4815	3.001	-1.1877	2.2254	0.0172	0.347	0.1874	0.0202	-0.0522	0.9945	-0.1078	-0.2476	-0.0975	0.7516	0.1119	-0.0029	0.9013	-0.1662	1.2185	-44.8778	53.8173	-15.4709
6	2.0236	2.4227	-0.0452	2.8856	0.0037	0.0704	0.3169	-0.7544	0.2922	0.4989	-0.2893	0.0063	0.0466	-0.4315	0.1142	1.1343	-0.0545	0.1441	1.2875	-0.2086	1.1578	-49.7784	34.3658	2.1607
7	2.4496	0.8679	1.0253	3.1672	1.1877	2.2848	0.2578	-0.6609	-0.4872	0.6001	-0.2788	-0.3667	0.0575	0.1881	-0.0172	1.013	0.0235	-0.038	1.2415	0.207	0.9365	-40.6895	13.6858	5.16
8	3.4548	1.0419	-0.1805	2.7131	0.2268	3.1721	-0.0193	-0.2554	-0.083	0.2702	-0.0722	0.4347	0.2583	-0.412	0.1039	0.8561	-0.0244	0.0481	1.0325	0.0502	0.9102	-61.3657	14.3228	-5.2486
9	2.4495	1.1079	0.0576	2.0404	-0.9633	2.3376	0.2848	-0.8544	-0.0778	0.3215	-0.3719	-0.09	-0.0091	-0.2382	-0.2422	0.7258	-0.0342	0.0014	0.9342	0.1288	0.7477	-49.7684	14.6687	5.5927
10	4.1162	0.075	-1.3832	1.6454	0.5747	2.7384	-0.0541	-0.5443	-0.7088	0.3086	-0.1328	-0.1859	0.436	0.3204	0.1702	0.7692	0.0359	-0.0263	0.7324	0.1457	0.8862	-39.9397	11.4505	-5.7482
11	2.9498	1.3386	-0.6817	3.942	-0.4884	1.4889	-0.0047	-0.9425	-0.1164	0.9926	-0.0865	-0.551	-0.509	0.4741	0.1296	0.881	0.0789	-0.0756	1.0143	0.1016	0.9191	-32.9666	26.5874	-2.279
12	2.6803	1.0721	-1.3336	3.0607	0.4609	1.0183	0.1438	-0.1252	-0.1065	0.0764	-0.2361	-0.6202	-0.1395	0.4591	-0.0794	0.7467	0.1002	-0.0098	0.8574	0.1033	0.9581	-27.2322	28.5991	-12.8447
13	0.0737	0.1549	-0.296	3.2429	-1.1936	1.5435	-0.1614	-0.5878	0.1201	-0.4895	-0.0928	-0.0863	-0.2513	-0.6885	0.063	0.8333	0.1974	-0.1103	1.0152	-0.0599	1.0169	-41.3396	29.0452	-13.9862
14	0.8169	1.3146	-0.1883	2.3766	0.2476	1.2977	-0.1552	-0.2262	0.1382	-0.0165	0.1043	-0.5946	-0.1165	0.3241	0.0876	0.7289	0.1701	-0.0017	0.9043	0.1472	0.9734	-23.7912	20.5068	-13.6594
15	1.6923	2.2019	-0.8587	2.8719	-1.314	0.7133	0.2614	-0.5422	-0.2227	0.4514	-0.3434	-0.5702	-0.2755	0.1928	0.1483	1.0942	-0.1249	-0.0978	1.3732	0.157	1.1303	-15.0871	44.2239	-4.4287

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 152 through 202 )	A	152 - 202
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 203 through 334 )	A	203 - 334
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 335 through 389 )	A	335 - 389
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 390 through 410 )	A	390 - 410
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 411 through 446 )	A	411 - 446
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 447 through 480 )	A	447 - 480
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 152 through 182 )	B	152 - 182
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 183 through 234 )	B	183 - 234
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 235 through 266 )	B	235 - 266
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 267 through 334 )	B	267 - 334
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 335 through 360 )	B	335 - 360
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 361 through 389 )	B	361 - 389
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 390 through 410 )	B	390 - 410
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 411 through 446 )	B	411 - 446
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 447 through 480 )	B	447 - 480

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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