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- PDB-6cxy: Crystal Structure of Human E-cadherin bound by mouse monoclonal a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cxy
タイトルCrystal Structure of Human E-cadherin bound by mouse monoclonal antibody Fab mAb-1_19A11
要素
  • Cadherin-1
  • Heavy chain
  • Light Chain
キーワードCELL ADHESION / SSGCID / Cadherin-1 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


response to heparin / desmosome assembly / response to Gram-positive bacterium / pituitary gland development / gamma-catenin binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / negative regulation of axon extension / desmosome / cellular response to indole-3-methanol / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules ...response to heparin / desmosome assembly / response to Gram-positive bacterium / pituitary gland development / gamma-catenin binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / negative regulation of axon extension / desmosome / cellular response to indole-3-methanol / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / flotillin complex / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / cell-cell adhesion mediated by cadherin / Formation of definitive endoderm / catenin complex / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / adherens junction organization / GTPase activating protein binding / cell-cell junction assembly / Adherens junctions interactions / ankyrin binding / negative regulation of cell-cell adhesion / apical junction complex / cellular response to lithium ion / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / lateral plasma membrane / Integrin cell surface interactions / RHO GTPases activate IQGAPs / synapse assembly / cell adhesion molecule binding / positive regulation of protein localization / Degradation of the extracellular matrix / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / protein tyrosine kinase binding / negative regulation of cell migration / protein localization to plasma membrane / adherens junction / trans-Golgi network / cell morphogenesis / beta-catenin binding / cell-cell adhesion / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of protein import into nucleus / response to toxic substance / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / neuron projection development / cell junction / cell migration / lamellipodium / actin cytoskeleton / regulation of gene expression / postsynapse / endosome / cadherin binding / response to xenobiotic stimulus / calcium ion binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. ...Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Human E-cadherin bound by mouse monoclonal antibody Fab mAb-1_19A11
著者: Dranow, D.M. / Phan, J.N. / Maker, A.Y. / Schecterson, L.C. / Mangio, R.S. / Gumbiner, B.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Cadherin-1
H: Heavy chain
L: Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,73225
ポリマ－72,3003
非ポリマー1,43222
水11,494638
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8760 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area29910 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)122.680, 77.470, 110.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.910, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-694-

HOH

21C-751-

HOH

31H-457-

HOH

41H-571-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#1: タンパク質 Cadherin-1 / CAM 120/80 / Epithelial cadherin / E-cadherin / Uvomorulin


分子量: 23595.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDH1, CDHE, UVO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12830

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Heavy chain


分子量: 24385.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ighg1 / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): Expi-293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light Chain


分子量: 24319.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: LC / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 660分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.22 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: HosaA.19747.a.KW2.PC00156 at 10.3 mg/ml in a buffer containing 50 mM Tris, pH = 8, 150 mM NaCl, and 3 mM CaCl2 was mixed 0.1 uL + 0.1 uL with Wizard 3/4 (h12): 15% (w/v) PEG-20,000, 0.1 M ...詳細: HosaA.19747.a.KW2.PC00156 at 10.3 mg/ml in a buffer containing 50 mM Tris, pH = 8, 150 mM NaCl, and 3 mM CaCl2 was mixed 0.1 uL + 0.1 uL with Wizard 3/4 (h12): 15% (w/v) PEG-20,000, 0.1 M HEPES/ NaOH, pH = 7.0. The crystal was cryoprotected with 20% ethylene glycol. Tray: 299140h12, puck: qxp2-3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月22日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40.091 Å / Num. obs: 52838 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.19 % / Biso Wilson estimate: 31.67 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 221388 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.264.2460.5872.616425387138680.7840.67299.9
2.26-2.324.2530.5113.0216093378637840.830.58499.9
2.32-2.394.2470.4193.6115557366536630.8690.4899.9
2.39-2.464.2540.3714.1115307360035980.8910.42499.9
2.46-2.544.2510.3114.8914722346034630.9230.356100
2.54-2.634.2620.2516.0314334336933630.9510.28799.8
2.63-2.734.2550.1997.5113812324732460.9690.227100
2.73-2.844.2340.169.2413282313931370.9780.18399.9
2.84-2.974.230.12211.8612602298029790.9870.14100
2.97-3.114.1980.10113.9212112288628850.990.116100
3.11-3.284.1670.07917.2911530276827670.9940.091100
3.28-3.484.1140.06420.5210594257525750.9960.073100
3.48-3.724.0750.05224.349817241124090.9970.0699.9
3.72-4.024.0550.04726.249237227822780.9970.054100
4.02-4.44.0460.0429.258367207020680.9980.04699.9
4.4-4.924.0930.03531.457772190018990.9980.0499.9
4.92-5.684.110.03530.826941169116890.9990.0499.9
5.68-6.964.140.036295937143514340.9990.04199.9
6.96-9.844.1070.02932.924542110711060.9990.03399.9
9.84-40.0913.8360.02536.4424056406270.9990.02998

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.2 Å40.09 Å
Translation2.2 Å40.09 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2o72, 4web

2o72

4web


解像度: 2.2→40.091 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 2648 5.01 %Random selection
Rwork0.1626 50185 --
obs0.1644 52833 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.39 Å2 / Biso mean: 36.399 Å2 / Biso min: 7.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→40.091 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4849 0 90 646 5585
Biso mean--58.25 43.61 -
残基数----640
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1999-2.23990.31021430.23725862729
2.2399-2.28290.27031250.222526632788
2.2829-2.32950.2781230.202926312754
2.3295-2.38020.23581310.198126242755
2.3802-2.43550.26781400.191926222762
2.4355-2.49640.26541420.196626532795
2.4964-2.56390.23111130.196326272740
2.5639-2.63940.23621320.180626392771
2.6394-2.72450.22551330.179326292762
2.7245-2.82190.23471440.178526352779
2.8219-2.93480.24281310.174626592790
2.9348-3.06840.22371680.19126152783
3.0684-3.23010.24561640.180526222786
3.2301-3.43230.24081330.176526432776
3.4323-3.69720.1791300.16126452775
3.6972-4.06890.17911270.148126882815
4.0689-4.65690.13671920.113425892781
4.6569-5.86430.1221410.113626812822
5.8643-40.09780.14661360.143927342870
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39410.17110.31071.27221.38862.4864-0.02160.0661-0.03270.11460.0375-0.0085-0.0355-0.025-0.03150.24780.0111-0.00650.2410.02870.2026-3.0961-3.502348.9508
24.0863-1.2354-1.3413.39830.78165.83660.09340.33880.0209-0.0481-0.0510.1989-0.1698-0.4139-0.03350.16770.0021-0.05020.2112-0.00370.1595-8.29760.901941.7784
33.4358-3.2011-0.79635.28110.9871.9416-0.0558-0.00330.28990.01680.1201-0.3877-0.03470.0516-0.06860.2067-0.0013-0.02240.23770.01410.1787-0.811.884942.4139
49.5065-2.5263-6.07791.73091.19385.1957-0.00510.6061-0.28160.0173-0.17650.19270.082-0.46020.14680.27350.0329-0.06530.3097-0.01740.292120.6598-18.481533.9689
57.4775-2.8438-0.53422.19550.1870.5620.04890.1196-0.0637-0.1142-0.04680.02350.17480.0815-0.00860.26330.0378-0.02650.22620.01780.18636.5926-25.469634.6459
62.3514-2.75131.1765.01730.34962.24860.3061.3445-0.0551-0.3686-0.321-0.35630.23990.1243-0.04790.33390.1146-0.04720.3784-0.00120.170638.5341-25.916226.7251
73.1958-2.4217-2.7732.59373.40964.90450.025-0.06640.5929-0.66630.2466-0.8649-0.22810.3973-0.12570.3146-0.0036-0.02230.3184-0.06990.3839-1.883-27.572815.5321
82.062-0.16240.18734.20971.87452.0049-0.01510.169-0.0483-0.05440.107-0.2985-0.08120.2019-0.09540.3024-0.02190.02150.295-0.040.2728-1.7167-22.537226.6253
92.8436-1.0593-0.27036.4823.11414.20180.02310.1548-0.0476-0.11430.0854-0.3325-0.18350.3243-0.08510.2619-0.00810.0080.3323-0.01740.2183-0.3964-27.126621.0304
101.2361-0.4345-0.55025.87245.26115.27750.0221-0.1122-0.06610.1575-0.17720.0935-0.3091-0.18030.21870.27380.0249-0.03940.2669-0.00950.2015-12.0697-16.632630.7305
110.58321.20930.08744.90913.90365.879-0.04290.09060.04790.10240.0935-0.10610.01380.1036-0.02260.23980.03740.02040.2372-0.02380.2994-3.3183-36.906210.3484
128.0177-4.1823-3.00585.90571.42064.6970.23491.0633-0.7668-0.4394-0.08390.2465-0.0626-0.3612-0.1570.3651-0.0195-0.02780.2420.05490.2455-22.3915-42.6426-1.1119
134.3104-3.97233.68474.8631-1.9895.2329-0.0469-0.3930.8767-0.09980.1587-0.3303-0.167-0.0886-0.10910.3467-0.0020.02120.24140.00480.3123-15.4246-34.69254.5985
145.5811-0.12373.15593.1941-1.76426.31430.1678-0.0295-0.3199-0.1262-0.00130.20480.05780.1124-0.13660.2723-0.04290.02620.2023-0.00350.2345-19.7891-41.10516.4183
152.4537-2.46672.32463.7083-0.80294.27740.18540.78620.4616-0.5293-0.11620.20750.14210.00760.0160.473-0.0185-0.01050.34210.06460.3575-19.665-35.335-4.4487
164.53882.50692.87832.79940.61973.59120.45-0.2261-0.19150.6199-0.40810.13360.6889-0.30860.03530.4486-0.07980.12450.3383-0.04580.3453-22.059-35.695737.626
172.99681.45141.28093.09722.03823.3270.0583-0.15570.01050.235-0.30960.34090.282-0.26070.27950.2548-0.03180.06040.281-0.0470.2516-19.7938-23.99837.0402
184.83151.36211.11943.01522.59314.32030.0240.0684-0.1412-0.0335-0.41210.34550.0019-0.35910.39580.27480.00590.03360.2758-0.04690.2892-24.1774-31.023430.1801
190.99561.08330.85351.86171.34771.3817-0.0225-0.043-0.0661-0.01980.0149-0.04980.03270.0388-0.06810.2889-0.00090.03790.20760.01460.2431-20.0591-39.726617.9788
201.47690.0358-0.44343.14642.1143.21370.04630.0899-0.21910.05290.05210.08450.2633-0.0481-0.05890.3403-0.029-0.00110.28630.00140.3089-27.311-52.19799.2657
213.63341.17660.193.98292.5114.58110.0294-0.1253-0.09490.47910.088-0.19070.30420.1924-0.20040.36510.01340.02430.25880.06480.2299-24.8571-50.318811.9678
228.24290.6384-2.12132.16353.84279.0167-0.2180.3578-0.53050.27230.3988-0.46360.88350.72840.00240.51270.02660.06420.2489-0.00430.3664-18.1029-57.2958-2.0582
234.5031-1.1294-3.94693.23331.66476.6876-0.4240.5517-0.48640.0601-0.12570.32020.7854-0.66980.60040.3582-0.12150.00240.3027-0.04780.3284-32.1325-57.29313.6862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 1 through 30 )C1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 31 through 62 )C31 - 62
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 63 through 99 )C63 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 100 through 111 )C100 - 111
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 112 through 201 )C112 - 201
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 202 through 213 )C202 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 1 through 17 )H1 - 17
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 18 through 72 )H18 - 72
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 73 through 98 )H73 - 98
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 99 through 109 )H99 - 109
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 110 through 125 )H110 - 125
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 126 through 151 )H126 - 151
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 152 through 163 )H152 - 163
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 164 through 190 )H164 - 190
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 191 through 219 )H191 - 219
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 1 through 25 )L1 - 25
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 26 through 81 )L26 - 81
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 82 through 96 )L82 - 96
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 97 through 134 )L97 - 134
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'L' and (resid 135 through 156 )L135 - 156
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'L' and (resid 157 through 180 )L157 - 180
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'L' and (resid 181 through 194 )L181 - 194
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'L' and (resid 195 through 217 )L195 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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