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- PDB-6cxh: Crystal structure of particulate methane monooxygenase from Methy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cxh
タイトルCrystal structure of particulate methane monooxygenase from Methylomicrobium alcaliphilum 20Z
要素
  • Particulate methane monooxygenase, A subunit
  • Particulate methane monooxygenase, B subunit
  • Particulate methane monooxygenase, C subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / copper dependent methane monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


methane monooxygenase (soluble) / : / : / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / particulate methane monooxygenase, chain B / Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A / Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 3 / Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 1 / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit A / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit C / Ammonia/methane monooxygenase, subunit B, hairpin domain superfamily / Ammonia/methane monooxygenase, subunit B, C-terminal / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit C domain superfamily ...Helix hairpin bin / particulate methane monooxygenase, chain B / Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A / Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 3 / Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 1 / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit A / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit C / Ammonia/methane monooxygenase, subunit B, hairpin domain superfamily / Ammonia/methane monooxygenase, subunit B, C-terminal / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit C domain superfamily / Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A superfamily / Ammonia monooxygenase / Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit B / Ammonia/methane monooxygenase, subunitB, N-terminal / Monooxygenase subunit B protein / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Particulate methane monooxygenase, C subunit / Particulate methane monooxygenase, A subunit / Particulate methane monooxygenase, B subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Methylomicrobium alcaliphilum 20Z (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.704 Å
データ登録者Ro, S.Y. / Rosenzweig, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM118035 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)5T32GM008382 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: From micelles to bicelles: Effect of the membrane on particulate methane monooxygenase activity.
著者: Ro, S.Y. / Ross, M.O. / Deng, Y.W. / Batelu, S. / Lawton, T.J. / Hurley, J.D. / Stemmler, T.L. / Hoffman, B.M. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2018年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Particulate methane monooxygenase, B subunit
B: Particulate methane monooxygenase, A subunit
C: Particulate methane monooxygenase, C subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,8076
ポリマ－102,7543
非ポリマー1,0533
水00
1
A: Particulate methane monooxygenase, B subunit
B: Particulate methane monooxygenase, A subunit
C: Particulate methane monooxygenase, C subunit
ヘテロ分子

A: Particulate methane monooxygenase, B subunit
B: Particulate methane monooxygenase, A subunit
C: Particulate methane monooxygenase, C subunit
ヘテロ分子

A: Particulate methane monooxygenase, B subunit
B: Particulate methane monooxygenase, A subunit
C: Particulate methane monooxygenase, C subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,42118
ポリマ－308,2639
非ポリマー3,1589
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_245-y-3,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_325-x+y-2,-x-3,z1
Buried area51620 Å2
ΔGint-427 kcal/mol
Surface area78870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.840, 143.840, 146.152
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Particulate methane monooxygenase, B subunit


分子量: 45602.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylomicrobium alcaliphilum 20Z (バクテリア)
株: DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z / 参照: UniProt: G4SZ64, methane monooxygenase (soluble)
#2: タンパク質 Particulate methane monooxygenase, A subunit


分子量: 28277.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylomicrobium alcaliphilum 20Z (バクテリア)
株: DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z / 参照: UniProt: G4SZ63, methane monooxygenase (soluble)
#3: タンパク質 Particulate methane monooxygenase, C subunit


分子量: 28874.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylomicrobium alcaliphilum 20Z (バクテリア)
株: DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z / 参照: UniProt: G4SZ62, methane monooxygenase (soluble)
#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物 ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5 / 5-シクロヘキシルペンチルβ-マルトシド


分子量: 494.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.8 M AmSO4, 0.2 M MES, pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.033288, 1.377602
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0332881
21.3776021
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 46989 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 40.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 11.2 / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.22 / Rrim(I) all: 0.588 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-20002.3.10データ削減
HKL-20002.3.10データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RGB

3rgb


解像度: 2.704→39.579 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2678 2339 5.06 %
Rwork0.2133 --
obs0.2161 35187 99.151 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.704→39.579 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5738 0 69 0 5807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3138156
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4373387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065908
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081002
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.704-2.77710.42330.2833158X-RAY DIFFRACTION4
2.7771-2.85880.2908160.3032481X-RAY DIFFRACTION14
2.8588-2.9510.3048360.2606908X-RAY DIFFRACTION26
2.951-3.05640.3692770.25411592X-RAY DIFFRACTION46
3.0564-3.17880.3831520.26522868X-RAY DIFFRACTION85
3.1788-3.32340.29871730.24853441X-RAY DIFFRACTION100
3.3234-3.49850.26722030.23183391X-RAY DIFFRACTION100
3.4985-3.71750.2581880.21253405X-RAY DIFFRACTION100
3.7175-4.00430.24991680.19373431X-RAY DIFFRACTION100
4.0043-4.40680.261950.18143405X-RAY DIFFRACTION100
4.4068-5.04330.22561850.17583443X-RAY DIFFRACTION100
5.0433-6.34980.25791880.21543433X-RAY DIFFRACTION100
6.3498-39.58320.26151970.2253450X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -168.5951 Å / Origin y: -171.7598 Å / Origin z: 8.9381 Å
111213212223313233
T0.0701 Å2-0.2034 Å2-0.0151 Å2-0.0705 Å20.0439 Å2--0.0385 Å2
L0.029 °20.0458 °20.0067 °2-0.0392 °20.0044 °2--0.009 °2
S0.0408 Å °0.0329 Å °0.0044 Å °0.0166 Å °-0.0643 Å °0.0298 Å °-0.004 Å °-0.0521 Å °-0.0195 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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