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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cx6 | |||||||||
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タイトル | The structure of an As(III) S-adenosylmethionine methyltransferase with As(III) and S-adenosyl-L-homocysteine (SAH) | |||||||||
![]() | Arsenic methyltransferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() arsenite methyltransferase activity / arsonoacetate metabolic process / : / toxin metabolic process / methylation / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Packianathan, C. / Kandavelu, P. / Rosen, B.P. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Structure of an As(III) S-Adenosylmethionine Methyltransferase with 3-Coordinately Bound As(III) Depicts the First Step in Catalysis. 著者: Packianathan, C. / Kandavelu, P. / Rosen, B.P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 954.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 970.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4fs8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41800.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: arsM / プラスミド: pET28(a) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.4 M potassium phosphate dibasic, 0.4 M sodium phosphate monobasic, 0.1 M imidazole, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月18日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.84→100 Å / Num. obs: 22216 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 18.7 % / Biso Wilson estimate: 50.2 Å2 / Rpim(I) all: 0.028 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 2.84→2.94 Å / 冗長度: 15.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2058 / Rpim(I) all: 0.16 / Rsym value: 0.69 / % possible all: 95.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4FS8 解像度: 2.84→48.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 17.346 / SU ML: 0.327 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 5.09 / ESU R Free: 0.421 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.888 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.84→48.87 Å
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拘束条件 |
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