[日本語] English
万見
- PDB-6cwx: Crystal structure of human ribonuclease P/MRP proteins Rpp20/Rpp25 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cwx
タイトルCrystal structure of human ribonuclease P/MRP proteins Rpp20/Rpp25
要素
  • Ribonuclease P protein subunit p20
  • Ribonuclease P protein subunit p25
キーワードHYDROLASE / endonuclease / ribonuclease P / ribonuclease P complex / ribonuclease MRP / ribonuclease MRP complex / tRNA processing / rRNA processing / nucleic acid binding / RNA binding / protein binding / protein heterodimer / heterodimer / dimer / nucleus / nucleolus
機能・相同性
機能・相同性情報


multimeric ribonuclease P complex / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing in the nucleus / tRNA processing / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / centriolar satellite ...multimeric ribonuclease P complex / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA processing in the nucleus / tRNA processing / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / centriolar satellite / rRNA processing / intracellular membrane-bounded organelle / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribonucleases P/MRP protein subunit Rpp20/Pop7 / Rpp20 subunit of nuclear RNase MRP and P / DNA/RNA-binding protein Alba-like / Alba / Alba-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Ribonuclease P protein subunit p20 / Ribonuclease P protein subunit p25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Chan, C.W. / Kiesel, B.R. / Mondragon, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM058443 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)4T32 GM008152 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32 GM008382 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of Human Rpp20/Rpp25 Reveals Quaternary Level Adaptation of the Alba Scaffold as Structural Basis for Single-stranded RNA Binding.
著者: Chan, C.W. / Kiesel, B.R. / Mondragon, A.
履歴
登録2018年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease P protein subunit p20
B: Ribonuclease P protein subunit p25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2356
ポリマ－36,9512
非ポリマー2844
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area13770 Å2
手法PISA
2
A: Ribonuclease P protein subunit p20
B: Ribonuclease P protein subunit p25
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)893,645144
ポリマ－886,82548
非ポリマー6,82096
水86548
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
crystal symmetry operation5_654z+1,x,y-11
crystal symmetry operation6_676z+1,-x+2,-y+11
crystal symmetry operation7_674-z+1,-x+2,y-11
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_564y,z+1,x-11
crystal symmetry operation10_766-y+2,z+1,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_764-y+2,-z+1,x-11
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_775-y+2,-x+2,-z1
crystal symmetry operation15_575y,-x+2,z1
crystal symmetry operation16_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation17_566x,z+1,-y+11
crystal symmetry operation18_764-x+2,z+1,y-11
crystal symmetry operation19_766-x+2,-z+1,-y+11
crystal symmetry operation20_564x,-z+1,y-11
crystal symmetry operation21_656z+1,y,-x+11
crystal symmetry operation22_674z+1,-y+2,x-11
crystal symmetry operation23_654-z+1,y,x-11
crystal symmetry operation24_676-z+1,-y+2,-x+11
Buried area121590 Å2
ΔGint-1370 kcal/mol
Surface area262750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.190, 182.190, 182.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432

-
要素

#1: タンパク質 Ribonuclease P protein subunit p20 / RNaseP protein p20 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 homolog / hPOP7


分子量: 16020.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POP7, RPP20 / プラスミド: pHTT7K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O75817, ribonuclease P
#2: タンパク質 Ribonuclease P protein subunit p25 / RNase P protein subunit p25


分子量: 20930.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPP25 / プラスミド: pHTT7K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9BUL9, ribonuclease P
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.93 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM potassium formate, pH 7.5, 300 mM magnesium sulfate, 4.5% PEG 300, 4.5% PEG 400, 4.5% PEG 1000, 4.5% PEG 4000, and 4.5% PEG 8000
PH範囲: 7.0 - 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.69 Å / Num. obs: 24742 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 2265 / CC1/2: 0.924 / Rpim(I) all: 0.165 / Rrim(I) all: 0.523 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
iMOSFLM7.2.1データ削減
Aimless0.5.29データスケーリング
autoSHARP3.10.1位相決定
BUCCANEER1.5モデル構築
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.25→48.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 8.799 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2322 1211 4.9 %RANDOM
Rwork0.2134 ---
obs0.2143 23502 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 135.26 Å2 / Biso mean: 54.096 Å2 / Biso min: 15.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→48.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1746 0 16 100 1862
Biso mean--71.43 43.65 -
残基数----226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191785
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3841.9922405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86634001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4775221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.77922.43274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.03215304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9251520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02350
LS精密化 シェル解像度: 2.251→2.309 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 76 -
Rwork0.272 1720 -
all-1796 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3461-0.7537-0.32812.82340.53620.4970.09310.06060.2128-0.23190.078-0.202-0.06650.1548-0.17110.1584-0.03080.04710.14320.00960.1093240.4611164.022636.1985
20.5458-0.3401-0.03181.82890.53010.99740.05220.09160.1079-0.12860.020.5029-0.1010.0764-0.07230.14160.01410.00830.02470.03020.2952220.9172164.510239.6873
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2B22 - 157

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る