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- PDB-6cwj: Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cwj
タイトルCrystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella thermoacetica complexed with 1,3-Acetone Dicarboxylic Acid
要素Cyanuric acid amidohydrolase
キーワードHYDROLASE / Cyanuric acid hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


cyanuric acid amidohydrolase / cyanuric acid amidohydrolase activity / atrazine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cyanuric acid hydrolase/Barbituras, RU C / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase, RU A / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase, repeating unit B / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase, repeating unit C / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase, repeating unit A / Amidohydrolase ring-opening protein (Amido_AtzD_TrzD) / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxopentanedioic acid / ACETATE ION / MALONATE ION / 1,3-PROPANDIOL / Cyanuric acid amidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.253 Å
データ登録者Shi, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095558 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1330760 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of Moorella thermoacetica cyanuric acid hydrolase reveal conformational flexibility and asymmetry important for catalysis.
著者: Shi, K. / Cho, S. / Aukema, K.G. / Lee, T. / Bera, A.K. / Seffernick, J.L. / Wackett, L.P. / Aihara, H.
履歴
登録2018年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanuric acid amidohydrolase
B: Cyanuric acid amidohydrolase
C: Cyanuric acid amidohydrolase
D: Cyanuric acid amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,95217
ポリマ－153,9394
非ポリマー1,01313
水10,665592
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12610 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area46390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.140, 88.840, 190.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 79 or (resid 80...
21(chain B and (resid 1 through 79 or (resid 80...
31(chain C and (resid 1 through 79 or (resid 80...
41(chain D and (resid 1 through 79 or (resid 80...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETALAALA(chain A and (resid 1 through 79 or (resid 80...AA1 - 792 - 80
12PHEPHEPHEPHE(chain A and (resid 1 through 79 or (resid 80...AA8081
13HISHISVALVAL(chain A and (resid 1 through 79 or (resid 80...AA0 - 3621 - 363
14HISHISVALVAL(chain A and (resid 1 through 79 or (resid 80...AA0 - 3621 - 363
15HISHISVALVAL(chain A and (resid 1 through 79 or (resid 80...AA0 - 3621 - 363
16HISHISVALVAL(chain A and (resid 1 through 79 or (resid 80...AA0 - 3621 - 363
17HISHISVALVAL(chain A and (resid 1 through 79 or (resid 80...AA0 - 3621 - 363
21METMETALAALA(chain B and (resid 1 through 79 or (resid 80...BB1 - 792 - 80
22PHEPHEPHEPHE(chain B and (resid 1 through 79 or (resid 80...BB8081
23HISHISVALVAL(chain B and (resid 1 through 79 or (resid 80...BB0 - 3621 - 363
24HISHISVALVAL(chain B and (resid 1 through 79 or (resid 80...BB0 - 3621 - 363
25HISHISVALVAL(chain B and (resid 1 through 79 or (resid 80...BB0 - 3621 - 363
26HISHISVALVAL(chain B and (resid 1 through 79 or (resid 80...BB0 - 3621 - 363
27HISHISVALVAL(chain B and (resid 1 through 79 or (resid 80...BB0 - 3621 - 363
31METMETALAALA(chain C and (resid 1 through 79 or (resid 80...CC1 - 792 - 80
32PHEPHEPHEPHE(chain C and (resid 1 through 79 or (resid 80...CC8081
33HISHISVALVAL(chain C and (resid 1 through 79 or (resid 80...CC0 - 3621 - 363
34HISHISVALVAL(chain C and (resid 1 through 79 or (resid 80...CC0 - 3621 - 363
35HISHISVALVAL(chain C and (resid 1 through 79 or (resid 80...CC0 - 3621 - 363
36HISHISVALVAL(chain C and (resid 1 through 79 or (resid 80...CC0 - 3621 - 363
37HISHISVALVAL(chain C and (resid 1 through 79 or (resid 80...CC0 - 3621 - 363
41METMETALAALA(chain D and (resid 1 through 79 or (resid 80...DD1 - 792 - 80
42PHEPHEPHEPHE(chain D and (resid 1 through 79 or (resid 80...DD8081
43HISHISVALVAL(chain D and (resid 1 through 79 or (resid 80...DD0 - 3621 - 363
44HISHISVALVAL(chain D and (resid 1 through 79 or (resid 80...DD0 - 3621 - 363
45HISHISVALVAL(chain D and (resid 1 through 79 or (resid 80...DD0 - 3621 - 363
46HISHISVALVAL(chain D and (resid 1 through 79 or (resid 80...DD0 - 3621 - 363
47HISHISVALVAL(chain D and (resid 1 through 79 or (resid 80...DD0 - 3621 - 363

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cyanuric acid amidohydrolase / CAH


分子量: 38484.652 Da / 分子数: 4 / 変異: Q103A, E104A, K107A, L279I, K280R, F281S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (バクテリア)
株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_2120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2RGM7, cyanuric acid amidohydrolase

-
非ポリマー , 6種, 605分子

#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-6JN / 3-oxopentanedioic acid / 3-オキソグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#6: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: Tascimate, pH5.0. PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→95.3 Å / Num. obs: 137972 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 32.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 1.22 / CC1/2: 0.525 / % possible all: 96.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_3082精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BUM

6bum


解像度: 2.253→95.255 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2236 6021 4.99 %
Rwork0.186 114735 -
obs0.1879 120756 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.95 Å2 / Biso mean: 43.3092 Å2 / Biso min: 13.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.253→95.255 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10764 0 62 592 11418
Biso mean--46.93 39.86 -
残基数----1452
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6645X-RAY DIFFRACTION6.185TORSIONAL
12B6645X-RAY DIFFRACTION6.185TORSIONAL
13C6645X-RAY DIFFRACTION6.185TORSIONAL
14D6645X-RAY DIFFRACTION6.185TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2532-2.27880.35461680.32763439360788
2.2788-2.30570.28821920.28938704062100
2.3057-2.33380.28992030.273639514154100
2.3338-2.36330.32952150.273637994014100
2.3633-2.39440.2912170.272539034120100
2.3944-2.42720.31632160.280338334049100
2.4272-2.46190.32151930.271639264119100
2.4619-2.49860.31181920.267338404032100
2.4986-2.53770.31031630.247939414104100
2.5377-2.57930.25311810.243639054086100
2.5793-2.62380.26171710.23738984069100
2.6238-2.67150.28321980.231138624060100
2.6715-2.72290.25152070.230138744081100
2.7229-2.77850.26992170.219938714088100
2.7785-2.83890.24312230.211338594082100
2.8389-2.90490.23792310.212938144045100
2.9049-2.97760.24752260.20463842406899
2.9776-3.05810.22332440.19433845408999
3.0581-3.14810.26291940.18933794398899
3.1481-3.24970.22421680.17823883405198
3.2497-3.36580.21691970.17583820401799
3.3658-3.50060.22681940.16413820401498
3.5006-3.65990.23192140.1613783399798
3.6599-3.85290.16651570.1473792394997
3.8529-4.09430.16551880.15663760394896
4.0943-4.41040.17852070.13963737394496
4.4104-4.85430.18752140.14263695390997
4.8543-5.55660.17982080.14963820402898
5.5566-7.00040.1771990.15423798399798
7.0004-95.34020.19262240.14443761398598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.65280.2385-0.85792.1278-0.47242.44580.0206-0.4046-0.08280.5414-0.0674-0.0625-0.05010.1694-0.0210.32-0.0318-0.01910.26880.00560.201312.27135.861257.7699
22.5391-0.74690.98911.4987-0.75623.0953-0.0324-0.17160.36940.29680.0066-0.2109-0.54950.29720.01570.3751-0.1147-0.00740.2923-0.06580.318422.674654.476550.9862
31.29070.1071-0.14291.0965-0.15393.25090.0585-0.1728-0.05410.1322-0.006-0.23130.10430.332-0.03530.2429-0.0168-0.04240.2977-0.0240.291128.715235.308146.1206
42.9782-0.7117-0.89240.94350.98742.92130.0039-0.1342-0.0440.1617-0.0890.3086-0.0505-0.21450.06470.2757-0.03330.02510.1866-0.01250.2869-10.411146.33644.3898
51.9155-0.6584-0.43353.06840.99483.4619-0.10840.0696-0.26230.18880.01640.3770.5407-0.29750.05150.2913-0.0721-0.00340.22860.00330.2928-16.435634.072530.969
63.15740.0849-1.05791.39430.33312.15690.06650.12220.2033-0.1288-0.01470.2051-0.0788-0.2619-0.05150.24510.0076-0.02050.22560.04170.2549-9.137648.602622.0473
71.8-0.0843-0.26981.7865-0.07621.49920.03830.3375-0.1062-0.2332-0.0525-0.06680.1183-0.00250.00560.30950.0050.01990.3377-0.0240.247925.912924.847310.7554
81.0901-0.2261-0.77841.27380.01281.8526-0.0441-0.0114-0.09870.0420.0196-0.12040.1840.16460.03330.30070.0186-0.02640.2465-0.00050.239127.095422.117126.1169
91.7242-0.777-0.24691.88240.16022.01720.2670.71780.503-0.7713-0.2481-0.4346-0.36750.02860.15140.67680.0750.19490.46590.17960.380216.210253.76340.4397
102.5401-0.17370.37321.5548-0.03052.17980.0270.30060.833-0.105-0.0049-0.6688-0.33450.54930.05550.5039-0.06680.10360.49890.10810.646722.585667.555716.5554
110.99950.3856-0.40891.893-0.67573.00520.08210.24730.331-0.3784-0.0975-0.0409-0.2351-0.00520.00670.39550.00880.04920.25630.08310.35213.35261.511414.2492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 118 )A0 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 119 through 239 )A119 - 239
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 240 through 362 )A240 - 362
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 92 )B0 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 93 through 266 )B93 - 266
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 267 through 362 )B267 - 362
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 0 through 216 )C0 - 216
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 217 through 362 )C217 - 362
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 0 through 110 )D0 - 110
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 111 through 239 )D111 - 239
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 240 through 362 )D240 - 362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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