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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cw6 | |||||||||
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タイトル | Structure of alpha-GC[8,18] bound by CD1d and in complex with the Va14Vb8.2 TCR | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / antigen-presentation / TCR / MHC-fold | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive thymic T cell selection ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / positive regulation of interleukin-2 production / Neutrophil degranulation / response to bacterium / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / late endosome / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / lysosome / early endosome / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wang, J. / Zajonc, D. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A molecular switch in mouse CD1d modulates natural killer T cell activation by alpha-galactosylsphingamides. 著者: Wang, J. / Guillaume, J. / Janssens, J. / Remesh, S.G. / Ying, G. / Bitra, A. / Van Calenbergh, S. / Zajonc, D.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 136.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6c5mC ![]() 6c69C ![]() 6c6aC ![]() 6c6cC ![]() 6c6eC ![]() 6c6hC ![]() 6c6jC ![]() 6cw9C ![]() 6cwbC ![]() 6cx5C ![]() 6cx7C ![]() 6cx9C ![]() 6cxaC ![]() 6cxeC ![]() 6cxfC ![]() 6ojpC ![]() 2q7yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 32609.609 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 19-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P11609 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11660.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P01887 |
-Chimeric T cell antigen receptor ... , 2種, 2分子 CD
#3: タンパク質 | 分子量: 23055.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: Trav11, Trav11d, B2M, HDCMA22P / プラスミド: pBACpHp10 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: K7N5M3 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 27026.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: B2M, HDCMA22P 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: K7N5M4 |
-糖 , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#6: 糖 |
-非ポリマー , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/PBS.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
#7: 化合物 | ChemComp-PBS / ( |
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#8: 化合物 | ChemComp-PLM / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 8% Tacsimate pH 4.0 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.85→40 Å / Num. obs: 26851 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 1.258 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 121714 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2Q7Y 解像度: 2.85→39.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 15.007 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.364 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 107.46 Å2 / Biso mean: 39.953 Å2 / Biso min: 19.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.85→39.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.848→2.922 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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