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万見
- PDB-6cut: Engineered Holo TrpB from Pyrococcus furiosus, PfTrpB7E6 with (2S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cut
タイトルEngineered Holo TrpB from Pyrococcus furiosus, PfTrpB7E6 with (2S,3S)-isopropylserine bound as the external aldimine
要素Tryptophan synthase beta chain 1
キーワードLYASE / external aldimine / (2S / 3S)-isopropylserine
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FEJ / Tryptophan synthase beta chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Boville, C.E. / Scheele, R.A. / Buller, A.R. / Arnold, F.H.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Engineered Biosynthesis of beta-Alkyl Tryptophan Analogues.
著者: Boville, C.E. / Scheele, R.A. / Koch, P. / Brinkmann-Chen, S. / Buller, A.R. / Arnold, F.H.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase beta chain 1
B: Tryptophan synthase beta chain 1
C: Tryptophan synthase beta chain 1
D: Tryptophan synthase beta chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,04312
ポリマ－169,4464
非ポリマー1,5978
水7,008389
1
A: Tryptophan synthase beta chain 1
B: Tryptophan synthase beta chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5216
ポリマ－84,7232
非ポリマー7994
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area24860 Å2
手法PISA
2
C: Tryptophan synthase beta chain 1
D: Tryptophan synthase beta chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5216
ポリマ－84,7232
非ポリマー7994
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.225, 107.434, 159.251
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Tryptophan synthase beta chain 1


分子量: 42361.449 Da / 分子数: 4
変異: I16V, E17G, L91P, F95L, L161A, V173E, F274L, T292S, V384A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: trpB1, PF1706 / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U093, tryptophan synthase
#2: 化合物
ChemComp-FEJ / (2S,3S)-3-hydroxy-2-[(E)-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)amino]-4-methylpentanoic acid (non-preferred name) / (2S,3S)-isopropylserine


分子量: 376.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21N2O8P
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.12 % / Mosaicity: 0.15 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.85 / 詳細: 14% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.195 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→40 Å / Num. obs: 137572 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 3.04 / Num. unique obs: 6747 / CC1/2: 0.452 / Rpim(I) all: 1.25 / Rrim(I) all: 3.291 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0218精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 8.634 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.123
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2248 6812 5 %RANDOM
Rwork0.1931 ---
obs0.1947 130162 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.39 Å2 / Biso mean: 42.335 Å2 / Biso min: 25.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.88 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----2.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11395 0 104 389 11888
Biso mean--37.67 45.48 -
残基数----1532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01911820
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0281.96916036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7293.00225235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.30951540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.93323.94467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.097151841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5281557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.21791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02113377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022368
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.816 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 483 -
Rwork0.395 9142 -
all-9625 -
obs--95.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8374-0.0207-0.66771.36870.03872.32520.0187-0.09050.03680.1789-0.00430.07180.0094-0.0646-0.01430.0518-0.0063-0.00130.1851-0.00440.14551.9319-34.968-12.0283
20.43630.02830.09581.19070.15111.82420.03580.00550.0008-0.1285-0.0090.09490.0481-0.2706-0.02670.0674-0.0554-0.00480.16710.01810.17450.9985-37.1183-46.1766
31.3969-0.32270.55290.7426-0.56112.7732-0.214-0.22060.12740.20380.0494-0.1521-0.29910.02120.16460.11790.0115-0.060.1034-0.0090.186638.6909-19.2593-33.3774
40.7408-0.2935-0.11481.1214-0.14071.86540.03870.13540.1216-0.1743-0.0417-0.13270.06270.15470.0030.1125-0.03430.00950.13770.03680.165740.9174-14.6521-67.3719
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 385
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 385
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 383
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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