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- PDB-6cuq: Crystal structure of Macrophage migration inhibitory factor-like ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cuq
タイトルCrystal structure of Macrophage migration inhibitory factor-like protein (EhMIF) from Entamoeba histolytica
要素Macrophage migration inhibitory factor-like protein
キーワードCYTOKINE / SSGCID / Structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Tautomerase/MIF superfamily / Macrophage migration inhibitory factor-like protein
機能・相同性情報
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Macrophage migration inhibitory factor-like protein (EhMIF) from Entamoeba histolytica
著者: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
B: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
C: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0984
ポリマ－40,0363
非ポリマー621
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7340 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area12110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.610, 100.060, 98.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 70 or (resid 71...
21(chain B and (resid 0 through 37 or (resid 38...
31(chain C and (resid 0 through 37 or (resid 38...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISGLYGLY(chain A and (resid 0 through 70 or (resid 71...AA0 - 708 - 78
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 0 through 70 or (resid 71...AA7179
13HISHISPHEPHE(chain A and (resid 0 through 70 or (resid 71...AA0 - 1138 - 121
14HISHISPHEPHE(chain A and (resid 0 through 70 or (resid 71...AA0 - 1138 - 121
15HISHISPHEPHE(chain A and (resid 0 through 70 or (resid 71...AA0 - 1138 - 121
16HISHISPHEPHE(chain A and (resid 0 through 70 or (resid 71...AA0 - 1138 - 121
21HISHISSERSER(chain B and (resid 0 through 37 or (resid 38...BB0 - 378 - 45
22TYRTYRTYRTYR(chain B and (resid 0 through 37 or (resid 38...BB3846
23HISHISPHEPHE(chain B and (resid 0 through 37 or (resid 38...BB-3 - 1135 - 121
24HISHISPHEPHE(chain B and (resid 0 through 37 or (resid 38...BB-3 - 1135 - 121
25HISHISPHEPHE(chain B and (resid 0 through 37 or (resid 38...BB-3 - 1135 - 121
31HISHISSERSER(chain C and (resid 0 through 37 or (resid 38...CC0 - 378 - 45
32TYRTYRTYRTYR(chain C and (resid 0 through 37 or (resid 38...CC3846
33HISHISPHEPHE(chain C and (resid 0 through 37 or (resid 38...CC-1 - 1137 - 121

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要素

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor-like protein


分子量: 13345.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: EHI_092370 / プラスミド: EnhiA.00834.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4LV00
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Microlytics MCSG1 screen, condition G9: 20% PEG 3350, 200mM sodium formate: EnhiA.00834.a.B1.PS38385 at 22.83mg/ml: cryo: 20% EG: tray 297191g9: puck gmt2-2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→38.376 Å / Num. obs: 14405 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.349 % / Biso Wilson estimate: 66.67 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rrim(I) all: 0.035 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 32.96
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.45-2.517.4980.5474.210480.9540.58799.9
2.51-2.587.5150.4015.4810150.980.43199.7
2.58-2.667.4870.2927.329990.9860.314100
2.66-2.747.5430.2528.449560.990.27100
2.74-2.837.4350.19110.539390.9920.205100
2.83-2.937.4940.13314.459170.9960.143100
2.93-3.047.4330.09918.478780.9970.10699.9
3.04-3.167.4410.06526.288580.9990.07100
3.16-3.37.3960.05232.467960.9990.056100
3.3-3.467.4010.04238.867880.9990.045100
3.46-3.657.3970.03149.8274410.033100
3.65-3.877.3680.02853.957030.9990.031100
3.87-4.147.2860.02660.316680.9990.028100
4.14-4.477.2340.02465.6762810.025100
4.47-4.97.2060.02368.8357310.025100
4.9-5.487.1960.02370.452110.025100
5.48-6.337.0740.02270.0747510.024100
6.33-7.756.9680.02172.5640110.02299.8
7.75-10.966.6030.0273.8931510.02299.7
10.96-38.3765.4750.02370.091830.9990.02694.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_3063)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3t5s, selected by MorDa

3t5s


解像度: 2.45→38.376 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2253 1443 10.04 %
Rwork0.1775 --
obs0.1822 14378 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 160.94 Å2 / Biso mean: 83.7065 Å2 / Biso min: 38.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→38.376 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2571 0 4 19 2594
Biso mean--92.35 66.39 -
残基数----346
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1530X-RAY DIFFRACTION8.116TORSIONAL
12B1530X-RAY DIFFRACTION8.116TORSIONAL
13C1530X-RAY DIFFRACTION8.116TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4501-2.53760.30441400.2521268140899
2.5376-2.63920.3131270.250412791406100
2.6392-2.75930.2991250.241713031428100
2.7593-2.90470.31041690.240312411410100
2.9047-3.08660.31941600.252912661426100
3.0866-3.32480.28791580.22512751433100
3.3248-3.65920.25411340.195112951429100
3.6592-4.18810.25321410.162913171458100
4.1881-5.27440.16631500.133213071457100
5.2744-38.38070.1731390.1561384152399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.16480.70440.82253.687-0.72544.228-0.4931-0.04251.0090.1683-0.0621-0.0279-1.03190.88790.4430.7031-0.1584-0.20870.56510.00450.7009-20.365415.2704-14.8696
23.32980.00960.76282.2478-0.00486.5895-0.05630.1924-0.19430.3020.0623-0.41420.70991.261-0.00460.54010.18760.0180.63540.04360.4623-19.6587-4.0004-18.2444
34.1618-1.07621.23473.71110.0274.6805-0.20130.96470.5738-0.491-0.0372-0.6635-0.18481.49010.20210.5782-0.13840.03320.99240.19310.626-18.10548.3565-33.4845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 0 through 113)A0 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid -3 through 113)B-3 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid -1 through 113)C-1 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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