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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cum | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a C-terminal proteolytic fragment of a protein annotated as an LAO/AO transport system ATPase but likely MeaB and MMAA-like GTPase from Mycobacterium smegmatis | ||||||
要素 | LAO/AO transport system ATPase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / SSGCID / proteolytic fragment / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 転移酵素; リンを含む基を移すもの / transferase activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018 タイトル: Ab initio structure solution of a proteolytic fragment using ARCIMBOLDO. 著者: Abendroth, J. / Sankaran, B. / Myler, P.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cum.cif.gz | 43.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cum.ent.gz | 25.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cum.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6cum_validation.pdf.gz | 426.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6cum_full_validation.pdf.gz | 426.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6cum_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6cum_validation.cif.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cum | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32667.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_4869 / プラスミド: MysmA.00200.a.A1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0R1T8, 転移酵素; リンを含む基を移すもの | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition G7: 15% PEG 3350, 100mM succinic acid / NaOH pH 7.0: MysmA.00200.a.A1.PS00535 at 60.5mg/ml: cryo: 25% EG: tray: 215267 G7: puck DZB0-10: no protease was intentionally added |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→19.622 Å / Num. obs: 10171 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.624 % / Biso Wilson estimate: 22.03 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rrim(I) all: 0.037 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 24.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2x 10-residue helices via Acrimboldo 解像度: 1.6→19.622 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.9
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.11 Å2 / Biso mean: 32.4202 Å2 / Biso min: 18.98 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→19.622 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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