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- PDB-6cro: CRYSTAL STRUCTURE OF LAMBDA-CRO BOUND TO A CONSENSUS OPERATOR AT ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cro
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF LAMBDA-CRO BOUND TO A CONSENSUS OPERATOR AT 3.0 ANGSTROM RESOLUTION
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*G)-3')
  • LAMBDA CRO REPRESSOR
キーワードGENE REGULATION/DNA / COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION-DNA) / CRO / BACTERIOPHAGE LAMBDA / CONFORMATIONAL CHANGE / REPRESSOR / HELIX-TURN-HELIX / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


latency-replication decision / release from viral latency / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of viral transcription / core promoter sequence-specific DNA binding / response to UV / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
CRO Repressor / Regulatory protein cro superfamily / Cro / Regulatory protein cro / CRO Repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Regulatory protein cro
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / 多重同系置換, WITH SUBSEQUENT MOLECULAR REPLACEMENT / 解像度: 3 Å
データ登録者Albright, R.A. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of lambda-Cro bound to a consensus operator at 3.0 A resolution.
著者: Albright, R.A. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of an Engineered Cro Monomer Bound Nonspecifically to DNA: Possible Implications for Nonspecific Binding by the Wild-Type Protein
著者: Albright, R.A. / Mossing, M.C. / Matthews, B.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Refined Structure of Cro Repressor Protein from Bacteriophage Lambda Suggests Both Flexibility and Plasticity
著者: Ohlendorf, D.H. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: How Cro and Lambda-Repressor Distinguish between Operators: The Structural Basis Underlying a Genetic Switch
著者: Albright, R.A. / Matthews, B.W.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1990
タイトル: Protein-DNA Conformational Changes in the Crystal Structure of a Lambda Cro- Operator Complex
著者: Brennan, R.G. / Roderick, S.L. / Takeda, Y. / Matthews, B.W.
履歴
登録1998年4月22日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conf / struct_conf_type
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*C)-3')
U: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*G)-3')
A: LAMBDA CRO REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0784
ポリマ－18,9823
非ポリマー961
水1267
1
R: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*C)-3')
U: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*G)-3')
A: LAMBDA CRO REPRESSOR
ヘテロ分子

R: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*C)-3')
U: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*G)-3')
A: LAMBDA CRO REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1558
ポリマ－37,9636
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_566x,-y+1,-z+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)102.970, 102.970, 102.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Cell settingcubic
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-400-

SO4

21A-400-

SO4

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*C)-3')


分子量: 6118.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*G)-3')


分子量: 6149.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 LAMBDA CRO REPRESSOR / LAMBDA CRO REPRESSOR


分子量: 6712.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03040
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS ENTRY CONTAINS THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT. THE PROTEIN CHAIN IS PRESENTED AS CHAIN A WITH ...THIS ENTRY CONTAINS THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT. THE PROTEIN CHAIN IS PRESENTED AS CHAIN A WITH OCCUPANCY 1.0. THE 10-RESIDUE LONG DNA DUPLEX IS DISORDERED WITH EACH CONFORMATION HAVING OCCUPANCY 0.5. RESIDUES 1-10 OF BOTH DNA CHAINS R AND U PRESENT ONE CONFORMATION AND RESIDUES 11-20 OF BOTH DNA CHAINS PRESENT THE OTHER CONFORMATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: CRO PROTEIN WAS SUSPENDED IN 20MM SODIUM CACODYLATE PH6.9 THEN MIXED WITH A 30% EXCESS OF THE 19BP DNA FRAGMENT. THE COMPLEX WAS THEN MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF PRECIPITANT SOLUTION (70MM ...詳細: CRO PROTEIN WAS SUSPENDED IN 20MM SODIUM CACODYLATE PH6.9 THEN MIXED WITH A 30% EXCESS OF THE 19BP DNA FRAGMENT. THE COMPLEX WAS THEN MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF PRECIPITANT SOLUTION (70MM AMMONIUM SULFATE, 13% PEG3350) AND ALLOWED TO EQUILIBRATE VIA THE HANGING DROP METHOD AT ROOM TEMPERATURE. COCRYSTALS TYPICALLY TAKE 3-4 MONTHS TO APPEAR., vapor diffusion - hanging drop, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM CACODYLATE11
2(NH4)2SO411
3PEG 335011
4(NH4)2SO412
5PEG 335012
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17.0 mg/mlprotein complex1drop
250-80 mMammonium sulfate1drop
311-14 %PEG33501drop
4100-160 mMammonium sulfate1reservoir
522-28 %PEG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年2月15日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 3758 / Num. obs: 3758 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2 / Rsym value: 0.072
反射 シェル最高解像度: 3 Å
反射
*PLUS
Num. all: 3760 / Num. measured all: 132786 / Rmerge(I) obs: 0.072

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
VERIFY(RODERICK)モデル構築
EDPDB(ZHANG)モデル構築
TNT5EB精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
VERIFY(RODERICK)位相決定
EDPDB(ZHANG)位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, WITH SUBSEQUENT MOLECULAR REPLACEMENT
開始モデル: TRUNCATED VERSION OF THE PREVIOUS LOW-RESOLUTION COMPLEX STRUCTURE

解像度: 3→20 Å / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO & NUCLGEO ISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS: TNT BCORREL (MODIFIED TO INCLUDE DNA)
詳細: THIS MODEL UNDERWENT ONE FINAL ROUND OF REFINEMENT AFTER THE MANUSCRIPT WAS SUBMITTED. THE PSEUDO-DYAD OF THE COMPLEX IS COINCIDENT WITH A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS, SUCH THAT THE ...詳細: THIS MODEL UNDERWENT ONE FINAL ROUND OF REFINEMENT AFTER THE MANUSCRIPT WAS SUBMITTED. THE PSEUDO-DYAD OF THE COMPLEX IS COINCIDENT WITH A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS, SUCH THAT THE COMPLEX IS EVENLY-DISTRIBUTED BETWEEN TWO ORIENTATIONS RELATED BY A 180-DEGREE ROTATION. THE SPACE GROUP IS I 21 3 WITH A SINGLE CRO SUBUNIT AND AN "AVERAGED" DNA HALF-FRAGMENT PER ASU. THIS AVERAGING AFFECTED ONLY THOSE BP IDENTITIES WHERE THE SEQUENCE PALINDROME BREAKS DOWN, WHICH OCCURS ONLY IN REGIONS NOT CONTACTED BY CRO. THE PROTEIN, DNA BACKBONE, AND THOSE BPS DIRECTLY CONTACTED BY CRO ARE EVERYWHERE "NORMAL". THE AVERAGED BASES CONSISTED OF THE TWO COMPONENT BASES AT A GIVEN POSITION, EACH BONDED TO THE SAME RIBOSE, BUT ALLOWED TO IGNORE THE PRESENCE OF EACH OTHER DURING REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.194 --
all-3758 -
obs-3758 99.9 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET / Bsol: 160 Å2 / ksol: 0.5 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数472 814 5 7 1298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01410061.6
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.58714562.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d23.2445310.2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.011122.2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.016956.6
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.811105834
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0335110
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5EB / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg23.2440.2
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0112.2
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0166.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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