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万見
- PDB-6crl: HusA haemophore from Porphyromonas gingivalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6crl
タイトルHusA haemophore from Porphyromonas gingivalis
要素hypothetical protein PG_2227
キーワードMETAL TRANSPORT / haem binding protein
機能・相同性TPR domain protein
機能・相同性情報
生物種Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Gell, D.A. / Kwan, A.H. / Horne, J. / Hugrass, B.M. / Collins, D.A.T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural properties of a haemophore facilitate targeted elimination of the pathogen Porphyromonas gingivalis.
著者: Gao, J.L. / Kwan, A.H. / Yammine, A. / Zhou, X. / Trewhella, J. / Hugrass, B.M. / Collins, D.A.T. / Horne, J. / Ye, P. / Harty, D. / Nguyen, K.A. / Gell, D.A. / Hunter, N.
履歴
登録2018年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein PG_2227


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7461
ポリマ－21,7461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11140 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein PG_2227


分子量: 21745.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
株: ATCC BAA-308 / W83 / 遺伝子: PG_2227 / プラスミド: pet24d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): strain B / 参照: UniProt: Q7MSY3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D NOESY
121isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
133isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
141isotropic23D 1H-15N NOESY
151isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
163isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
194isotropic22D NOESY
281isotropic23D HNCA
271isotropic13D HN(CA)CB
2111isotropic13D CBCA(CO)NH
2131isotropic13D HNCO
2121isotropic13D HBHA(CO)NH
2101isotropic13D H(CCO)NH
2161isotropic13D C(CO)NH
2151isotropic13D (HB)CB(CGCD)HD
2141isotropic13D HBCBCGCDHDCEHE
1192isotropic12D 1H-1H TOCSY
1182isotropic12D 1H-1H COSY
2171isotropic13D 1H-15N NOESY
1213isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1203isotropic23D CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.5 mM [U-13C; U-15N] HusA, 95% H2O/5% D2Osample_195% H2O/5% D2O
solution21 mM NA HusA, 100% D2Osample_2100% D2O
solution31.5 mM [U-13C; U-15N] HusA, 100% D2Osample_3100% D2O
solution41 mM NA HusA, 95% H2O/5% D2Osample_495% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMHusA[U-13C; U-15N]1
1 mMHusANA2
1.5 mMHusA[U-13C; U-15N]3
1 mMHusANA4
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
10.01 Mconditions_16.91 atm308 K
20.01 Mconditions_26.91 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II8002
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6001

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3Bruker Biospincollection
TopSpin3Bruker Biospin解析
Sparky3.115Goddardchemical shift assignment
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
X-PLOR NIH2.45Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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