PDB-6cr2: Crystal structure of sterol 14-alpha demethylase (CYP51B) from As...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cr2

タイトル

Crystal structure of sterol 14-alpha demethylase (CYP51B) from Aspergillus fumigatus in complex with the VNI derivative N-(1-(2,4-dichlorophenyl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl)-4-(5-(2-fluoro-4-(2,2,2-trifluoroethoxy)phenyl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl)benzamide

要素

14-alpha sterol demethylase Cyp51B

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / sterol 14-alpha demethylase (CYP51) / cytochrome P450 fold / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ergosterol biosynthetic process / sterol 14alpha-demethylase / sterol 14-demethylase activity / methyltransferase activity / methylation / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Friggeri, L. / Hargrove, T.Y. / Wawrzak, Z. / Lepesheva, G.I.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Sterol 14 alpha-Demethylase Structure-Based Design of VNI (( R)- N-(1-(2,4-Dichlorophenyl)-2-(1 H-imidazol-1-yl)ethyl)-4-(5-phenyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)benzamide)) Derivatives To Target ...
著者: Friggeri, L. / Hargrove, T.Y. / Wawrzak, Z. / Blobaum, A.L. / Rachakonda, G. / Lindsley, C.W. / Villalta, F. / Nes, W.D. / Botta, M. / Guengerich, F.P. / Lepesheva, G.I.

履歴

登録	2018年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cr2.cif.gz	204.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cr2.ent.gz	162.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/6cr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/6cr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4uymS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fdw-1 3ebs-3 2v0m-3 4wnu-4 3ebs-2 3t3r-1 6csb-1 5frb-d 2fdy-4 6jvc-2 4uhl-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 14-alpha sterol demethylase Cyp51B

B: 14-alpha sterol demethylase Cyp51B

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 14-alpha sterol demethylase Cyp51B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 14-alpha sterol demethylase Cyp51B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.438, 108.438, 90.999
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	14-alpha sterol demethylase Cyp51B 分子量: 54133.848 Da / 分子数: 2 / 変異: E51T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UNP residues 51-518 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_7G03740 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 / 参照: UniProt: E9QY26, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-LFV / N-[(1R)-1-(2,4-dichlorophenyl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl]-4-{5-[2-fluoro-4-(2,2,2-trifluoroethoxy)phenyl]-1,3,4-oxadiazol-2-yl}benzamide 分子量: 620.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₁₉Cl₂F₄N₅O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.2 M lithium acetate, pH 7.4, 19% w/v PEG3350, 5 mM cyclohexylpentanoyl-N-hydroxyethylglucamide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月2日 / 詳細: Be lenses
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→93.91 Å / Num. obs: 44263 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 30.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 27.1
反射シェル	解像度: 2.38→2.42 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 64.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4UYM

4uym

解像度: 2.38→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 7.35 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	2282	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2154	-	-	-
obs	0.2162	44263	96.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	-0.02 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7486	0	170	106	7762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.001	0.019	7880
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	7198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.118	1.987	10730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.724	3.001	16688
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.49	5	936
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.933	23.237	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.19	15	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.989	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.34	3.885	3750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.336	3.884	3749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.611	5.82	4684
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.611	5.821	4685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.804	4.256	4130
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.804	4.257	4131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.188	6.208	6047
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.191	46.582	9337
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.191	46.578	9336
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.38→2.44 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	157	-
R_work	0.289	2152	-
obs	-	-	64.88 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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