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万見
- PDB-6cqi: 2.42A Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Topoisomera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cqi
タイトル2.42A Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Topoisomerase I in complex with an oligonucleotide MTS2-11
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*A)-3')
  • DNA topoisomerase 1
キーワードISOMERASE/DNA / Mycobacterium tuberculosis / Topoisomerase I / co-crystal / complex with oligonucleotide / Isomerase-DNA complex / ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ribonuclease activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / magnesium ion binding / DNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase C-terminal repeat / Topoisomerase C-terminal repeat / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 ...Topoisomerase C-terminal repeat / Topoisomerase C-terminal repeat / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / Topoisomerase I; domain 3 / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Distorted Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Cao, N. / Thirunavukkarasu, A. / Tan, K. / Tse-Dinh, Y.-C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM054226 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
TB Alliance 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Investigating mycobacterial topoisomerase I mechanism from the analysis of metal and DNA substrate interactions at the active site.
著者: Cao, N. / Tan, K. / Annamalai, T. / Joachimiak, A. / Tse-Dinh, Y.C.
履歴
登録2018年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 1
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5058
ポリマ－81,1442
非ポリマー3616
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area32000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.777, 44.977, 129.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 1 / DNA topoisomerase I / Omega-protein / Relaxing enzyme / Swivelase / Untwisting enzyme


分子量: 77843.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: topA, Rv3646c, MTCY15C10.06 / プラスミド: PET-HIS6-MOCR TEV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 EXPRESS CRYSTAL / 参照: UniProt: P9WG49, DNA topoisomerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*A)-3')


分子量: 3300.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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非ポリマー , 4種, 24分子

#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M ammonium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→47 Å / Num. obs: 29799 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 55.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.047 / Χ2: 1.25 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.42→2.46 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1268 / CC1/2: 0.818 / Rpim(I) all: 0.368 / Χ2: 0.642 / % possible all: 82.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UKT

5ukt
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.42→47 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 1484 5 %
Rwork0.2236 --
obs0.2259 29706 96.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5035 202 24 18 5279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6567360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5383183
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042845
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004936
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4204-2.49850.31371110.32842207X-RAY DIFFRACTION83
2.4985-2.58780.3891160.31182418X-RAY DIFFRACTION93
2.5878-2.69140.36431430.30982558X-RAY DIFFRACTION98
2.6914-2.81380.3751140.30572608X-RAY DIFFRACTION98
2.8138-2.96220.3141400.27812605X-RAY DIFFRACTION99
2.9622-3.14770.37451170.27782644X-RAY DIFFRACTION99
3.1477-3.39070.36511410.2612601X-RAY DIFFRACTION99
3.3907-3.73180.2961410.23012609X-RAY DIFFRACTION98
3.7318-4.27150.22551560.19162618X-RAY DIFFRACTION100
4.2715-5.38040.22381610.18932637X-RAY DIFFRACTION99
5.3804-46.85420.23361440.19432717X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0229-0.46660.30631.741-0.87434.7943-0.1017-0.2428-0.13630.18810.29890.2476-0.0059-0.7805-0.16770.43890.02160.02390.46790.02050.350822.54211.253754.8104
22.13150.8811-1.44531.5859-0.99355.7737-0.28350.4765-0.3483-0.60660.2040.15411.1629-1.78220.12490.8906-0.2602-0.03740.9649-0.00050.51119.3819-6.703520.6018
31.3379-0.33430.6323.2116-3.5247.74690.11820.23540.165-0.2481-0.209-0.3787-0.47150.82920.08470.7332-0.08310.14420.5119-0.14280.513736.540311.676528.3251
47.11023.58230.08935.9503-0.85314.2811.0713-0.57091.09821.2961-0.33351.1438-1.8433-1.7202-0.42460.8860.1530.25980.785-0.01850.489218.77769.113548.5601
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 211 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 212 through 573 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 574 through 704 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 11 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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