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- PDB-6cpr: Crystal structure of 4-1BBL/4-1BB complex in C2 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cpr
タイトルCrystal structure of 4-1BBL/4-1BB complex in C2 space group
要素(Tumor necrosis factor ...) x 2
キーワードCYTOKINE / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell proliferation / cytokine activity / cell-cell signaling / signaling receptor activity ...tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell proliferation / cytokine activity / cell-cell signaling / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / immune response / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / apoptotic process / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. ...Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Aruna, B. / Zajonc, D.M.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of the human 4-1BB receptor bound to its ligand 4-1BBL reveal covalent receptor dimerization as a potential signaling amplifier.
著者: Bitra, A. / Doukov, T. / Croft, M. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2018年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
F: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
E: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,76925
ポリマ－97,1426
非ポリマー1,62619
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.280, 66.504, 129.356
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.090, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C
14D
24F
15D
25E
16F
26E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPROPROAA90 - 24211 - 163
21GLYGLYPROPROBB90 - 24211 - 163
12GLYGLYVALVALAA90 - 24011 - 161
22GLYGLYVALVALCC90 - 24011 - 161
13GLYGLYVALVALBB90 - 24011 - 161
23GLYGLYVALVALCC90 - 24011 - 161
14PROPROVALVALDD27 - 1575 - 135
24PROPROVALVALFE27 - 1575 - 135
15PROPROCYSCYSDD27 - 1585 - 136
25PROPROCYSCYSEF27 - 1585 - 136
16ASPASPVALVALFE26 - 1574 - 135
26ASPASPVALVALEF26 - 1574 - 135

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.499954, -0.866048, -0.002489), (0.86605, -0.499956, 0.000445), (-0.00163, -0.001933, 0.999997)63.26992, -39.639462, 0.11075

-
要素

-
Tumor necrosis factor ... , 2種, 6分子 ABCDFE

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / 4-1BB ligand / 4-1BBL


分子量: 17488.945 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 80-244 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF9
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P41273
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 / 4-1BB ligand receptor / CDw137 / T-cell antigen 4-1BB homolog / T-cell antigen ILA


分子量: 14891.838 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 23-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF9, CD137, ILA
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q07011

-
糖 , 1種, 3分子

#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 164分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Na acetate pH 4.6 10% W/V PEG 4000 0.2M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→38 Å / Num. obs: 25892 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.744 % / Biso Wilson estimate: 61.482 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rrim(I) all: 0.156 / Χ2: 0.973 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 148726 / Scaling rejects: 362
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.7-2.775.0160.9211.959501198518940.8171.02295.4
2.77-2.855.2250.7952.359284183917770.8410.8896.6
2.85-2.935.8650.5883.2910797186418410.8810.64398.8
2.93-3.025.8480.4544.2210514180917980.920.49799.4
3.02-3.125.9540.4034.519985169816770.9430.4498.8
3.12-3.235.9480.3495.289690167216290.9510.38297.4
3.23-3.355.9260.2676.289446163815940.9690.29297.3
3.35-3.495.420.227.048304159215320.9730.24296.2
3.49-3.646.0640.1848.48854147714600.9850.20198.8
3.64-3.826.1630.1469.868801145514280.9860.1698.1
3.82-4.035.9940.1410.657906134313190.9860.15298.2
4.03-4.275.910.11711.67541129812760.9910.12898.3
4.27-4.565.3710.10412.196268121311670.990.11496.2
4.56-4.9360.112.936852115411420.9930.10999
4.93-5.46.0630.09813.716275104410350.9930.10699.1
5.4-6.045.8930.10212.9956639849610.990.11197.7
6.04-6.975.2950.10811.4740778137700.9930.1294.7
6.97-8.545.8580.09513.4642417287240.9930.10499.5
8.54-12.085.5110.09315.5230865665600.9930.10198.9
12.08-385.3280.07817.6316413293080.9940.08593.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2X29, 5WI8

2x29

5wi8


解像度: 2.7→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 18.138 / SU ML: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.392 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2796 1320 5.1 %RANDOM
Rwork0.2487 ---
obs0.2503 24498 97.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 177.84 Å2 / Biso mean: 61.638 Å2 / Biso min: 26.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.38 Å20 Å21.91 Å2
2---3.1 Å20 Å2
3---5.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6022 0 87 148 6257
Biso mean--102 53.72 -
残基数----848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0196252
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.968514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.942312505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0945837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95123.745235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.24915858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7761536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2973
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021264
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1263MEDIUM POSITIONAL0.010.5
1A883TIGHT THERMAL3.590.5
1A1263MEDIUM THERMAL3.992
2A1223MEDIUM POSITIONAL0.010.5
2A861TIGHT THERMAL3.40.5
2A1223MEDIUM THERMAL3.362
3B1255MEDIUM POSITIONAL0.010.5
3B855TIGHT THERMAL3.740.5
3B1255MEDIUM THERMAL3.862
4D788MEDIUM POSITIONAL0.020.5
4D754TIGHT THERMAL4.080.5
4D788MEDIUM THERMAL4.72
5D813MEDIUM POSITIONAL0.020.5
5D760TIGHT THERMAL4.560.5
5D813MEDIUM THERMAL4.422
6F795MEDIUM POSITIONAL0.020.5
6F760TIGHT THERMAL4.580.5
6F795MEDIUM THERMAL4.792
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.771 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 85 -
Rwork0.392 1729 -
all-1814 -
obs--91.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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