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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cpd | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of PmoD soluble domain from Methylocystis sp. ATCC 49242 (Rockwell) | ||||||||||||
要素 | PmoD | ||||||||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / copper / cupredoxin / periplasm | ||||||||||||
機能・相同性 | COPPER (I) ION / PmoD 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Methylocystis sp. ATCC 49242 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.903 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Fisher, O.S. / Rosenzweig, A.C. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Characterization of a long overlooked copper protein from methane- and ammonia-oxidizing bacteria. 著者: Fisher, O.S. / Kenney, G.E. / Ross, M.O. / Ro, S.Y. / Lemma, B.E. / Batelu, S. / Thomas, P.M. / Sosnowski, V.C. / DeHart, C.J. / Kelleher, N.L. / Stemmler, T.L. / Hoffman, B.M. / Rosenzweig, A.C. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cpd.cif.gz | 115.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cpd.ent.gz | 94.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cpd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/6cpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/6cpd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14489.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methylocystis sp. ATCC 49242 (バクテリア) 遺伝子: Met49242_1452 / プラスミド: pSCG-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* / 参照: UniProt: A0A452CSS7*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 化合物 | ChemComp-CU1 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.2 M ammonium sulfate, 18% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.37716 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.37716 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 22042 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 27.5 % / Biso Wilson estimate: 31.2458860213 Å2 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.078 / Net I/σ(I): 37.16 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Num. unique obs: 1839 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.269 / Rrim(I) all: 0.873 / Χ2: 0.961 / % possible all: 82.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.903→35.906 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.18
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.903→35.906 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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