PDB-6cpd: Crystal structure of PmoD soluble domain from Methylocystis sp. A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cpd

タイトル

Crystal structure of PmoD soluble domain from Methylocystis sp. ATCC 49242 (Rockwell)

要素

PmoD

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / copper / cupredoxin / periplasm

機能・相同性

metal ion binding / COPPER (I) ION / PmoD

機能・相同性情報

生物種

Methylocystis sp. ATCC 49242 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.903 Å

データ登録者

Fisher, O.S. / Rosenzweig, A.C.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-SC0016284	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118035	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM119191	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Characterization of a long overlooked copper protein from methane- and ammonia-oxidizing bacteria.
著者: Fisher, O.S. / Kenney, G.E. / Ross, M.O. / Ro, S.Y. / Lemma, B.E. / Batelu, S. / Thomas, P.M. / Sosnowski, V.C. / DeHart, C.J. / Kelleher, N.L. / Stemmler, T.L. / Hoffman, B.M. / Rosenzweig, A.C.

履歴

登録	2018年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cpd.cif.gz	119.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cpd.ent.gz	92.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cpd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/6cpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/6cpd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ia7-d 5m51-d 6yrc-2 1irk-d 1lft-d 5m57-d 5ack-d 6yrc-5 1gxo-d 3a0g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PmoD

B: PmoD

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.255, 83.255, 70.963
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	PmoD 分子量: 14489.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylocystis sp. ATCC 49242 (バクテリア) 遺伝子: Met49242_1452 / プラスミド: pSCG-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* / 参照: UniProt: A0A452CSS7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.2 M ammonium sulfate, 18% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.37716 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.37716 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 22042 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 27.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.2458860213 Å² / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 1.078 / Net I/σ(I): 37.16
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Num. unique obs: 1839 / CC_1/2: 0.82 / R_pim(I) all: 0.269 / R_rim(I) all: 0.873 / Χ²: 0.961 / % possible all: 82.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.3_1479	精密化
HKL-2000	2.3.10	データ削減
HKL-2000	2.3.10	データスケーリング
PHENIX	1.8.3_1479	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.903→35.906 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2089	3792	9.03 %
R_work	0.1719	-	-
obs	0.1754	22019	97.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.903→35.906 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2006	0	6	126	2138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2058
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.261	2780
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.026	772
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	305
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	363

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9032-1.9273	0.3263	115	0.3288	1145	X-RAY DIFFRACTION	78
1.9273-1.9526	0.3036	116	0.2741	1236	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9526-1.9794	0.2856	134	0.2478	1299	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9794-2.0076	0.301	122	0.2212	1302	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0076-2.0376	0.2969	132	0.2131	1379	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0376-2.0694	0.2842	148	0.2149	1355	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0694-2.1034	0.2097	135	0.2088	1478	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1034-2.1396	0.2606	146	0.1964	1404	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1396-2.1785	0.2883	138	0.2077	1426	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1785-2.2204	0.2583	150	0.2036	1455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2204-2.2658	0.2656	144	0.2064	1451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2658-2.315	0.2523	152	0.1958	1460	X-RAY DIFFRACTION	100
2.315-2.3689	0.2394	146	0.1898	1416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3689-2.4281	0.2648	138	0.2011	1485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4281-2.4937	0.2425	142	0.1961	1441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4937-2.5671	0.2127	140	0.197	1454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5671-2.6499	0.2428	143	0.1831	1449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6499-2.7446	0.2094	144	0.1816	1469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7446-2.8544	0.2501	144	0.1836	1457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8544-2.9843	0.2062	146	0.1938	1442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9843-3.1415	0.2131	140	0.1881	1462	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1415-3.3382	0.2068	148	0.1571	1464	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3382-3.5958	0.1899	144	0.1557	1440	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5958-3.9572	0.1608	144	0.1512	1461	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9572-4.5289	0.1503	148	0.1299	1453	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5289-5.7022	0.1821	154	0.1295	1444	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7022-35.912	0.1889	139	0.162	1465	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7823	-0.8613	-2.1766	4.066	-0.5722	8.3084	0.2945	0.2077	-0.0174	-0.2371	-0.2273	-0.2817	0.6686	1.1242	-0.0681	0.2207	0.0683	0.0224	0.3528	-0.0006	0.2246	11.9285	33.4362	12.0078
2	6.1217	-2.3486	2.3432	6.4776	-1.4983	2.7725	0.0572	-0.1008	-0.2219	0.1871	0.0935	-0.2558	-0.0464	0.4073	-0.1637	0.1945	0.0239	0.0246	0.2851	-0.0138	0.2155	11.2962	28.0353	12.9244
3	6.2633	0.3128	0.6619	2.7911	1.7847	3.9179	-0.029	0.0255	-0.565	0.4151	-0.1677	0.1399	0.6067	-0.295	0.1967	0.3449	-0.0025	0.0242	0.2263	-0.0459	0.2871	0.6836	22.2985	12.9323
4	7.5996	-1.0984	2.1533	4.6137	-0.2282	8.4078	-0.0744	-0.5247	-0.3053	0.7494	-0.2132	0.1346	0.2573	-0.3148	0.2533	0.2781	-0.0166	0.0471	0.2512	-0.0355	0.248	2.0871	26.5999	19.0736
5	5.837	2.3472	-3.1587	8.0447	-4.7072	3.3225	0.2144	0.0913	0.19	0.0085	0.0846	0.3273	0.0437	-0.2121	-0.302	0.1923	0.03	0.0452	0.2187	0.0119	0.2625	6.6232	42.2678	18.6018
6	5.3093	-2.392	6.2202	5.9059	-4.1072	7.5273	0.2201	0.8291	0.419	-0.6443	-0.2005	0.1859	0.1731	0.1478	-0.1337	0.3093	0.061	0.0467	0.4491	0.1529	0.282	9.3104	45.7026	1.1704
7	5.0737	-0.8268	-3.3207	2.769	1.18	8.2811	0.1085	0.1334	0.5574	0.0997	0.083	0.2457	0.051	0.0079	-0.2272	0.1847	0.0224	0.0547	0.2537	0.0477	0.3053	7.7245	48.62	14.7756
8	4.1186	0.1064	-2.3337	2.9731	1.0359	3.0591	0.241	-0.4521	1.4099	0.3201	0.0322	-0.0547	-0.3381	0.1955	-0.2941	0.2826	-0.0073	0.0949	0.2898	-0.069	0.5001	18.4146	55.3469	20.6669
9	3.6703	-3.287	-3.5343	5.5378	2.3398	5.4645	-0.0703	0.6504	0.7179	0.1786	-0.0323	-0.1754	-0.2982	0.2726	-0.1287	0.2527	-0.0053	0.0674	0.4095	0.1385	0.4082	14.2401	53.8194	8.4786
10	4.7322	-1.3387	-0.9334	8.4644	2.2461	4.826	-0.1018	-0.5372	0.3746	0.9549	-0.0286	0.0891	0.2121	0.3654	-0.0512	0.2182	-0.0225	0.016	0.3552	-0.0408	0.3272	15.9854	49.3793	22.4714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 38 through 65 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 87 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 88 through 137 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 138 through 163 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 37 through 55 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 56 through 65 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 66 through 87 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 88 through 126 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 127 through 137 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 138 through 163 )

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