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Yorodumi- PDB-6cpd: Crystal structure of PmoD soluble domain from Methylocystis sp. A... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6cpd | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of PmoD soluble domain from Methylocystis sp. ATCC 49242 (Rockwell) | ||||||||||||
Components | PmoD | ||||||||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / copper / cupredoxin / periplasm | ||||||||||||
Function / homology | COPPER (I) ION / PmoD Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Methylocystis sp. ATCC 49242 (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.903 Å | ||||||||||||
Authors | Fisher, O.S. / Rosenzweig, A.C. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2018 Title: Characterization of a long overlooked copper protein from methane- and ammonia-oxidizing bacteria. Authors: Fisher, O.S. / Kenney, G.E. / Ross, M.O. / Ro, S.Y. / Lemma, B.E. / Batelu, S. / Thomas, P.M. / Sosnowski, V.C. / DeHart, C.J. / Kelleher, N.L. / Stemmler, T.L. / Hoffman, B.M. / Rosenzweig, A.C. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6cpd.cif.gz | 115.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6cpd.ent.gz | 94.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6cpd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/6cpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/6cpd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14489.585 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methylocystis sp. ATCC 49242 (bacteria) Gene: Met49242_1452 / Plasmid: pSCG-His / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21* / References: UniProt: A0A452CSS7*PLUS #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Chemical | ChemComp-CU1 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 0.1 M sodium acetate, 0.2 M ammonium sulfate, 18% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.37716 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 12, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.37716 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 22042 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 27.5 % / Biso Wilson estimate: 31.2458860213 Å2 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.078 / Net I/σ(I): 37.16 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Num. unique obs: 1839 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.269 / Rrim(I) all: 0.873 / Χ2: 0.961 / % possible all: 82.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.903→35.906 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.18
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.903→35.906 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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