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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cpb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the heme domain of CooA from Carboxydothermus hydrogenoformans | ||||||
![]() | Carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / CO sensing transcription regulator / Heme binding protein / DNA binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tripathi, S.M. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Testing the N-Terminal Velcro Model of CooA Carbon Monoxide Activation. 著者: Tripathi, S. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 153.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4k8fS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16468.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: cooA-1, CHY_1835 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月11日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→72.88 Å / Num. obs: 109455 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 5388 / CC1/2: 0.89 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4K8F 解像度: 1.155→38.978 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.8
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.155→38.978 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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