PDB-6cpb: Crystal structure of the heme domain of CooA from Carboxydothermu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cpb

タイトル

Crystal structure of the heme domain of CooA from Carboxydothermus hydrogenoformans

要素

Carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1

キーワード

TRANSCRIPTION / CO sensing transcription regulator / Heme binding protein / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.155 Å

データ登録者

Tripathi, S.M. / Poulos, T.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Testing the N-Terminal Velcro Model of CooA Carbon Monoxide Activation.
著者: Tripathi, S. / Poulos, T.L.

履歴

登録	2018年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cpb.cif.gz	190.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cpb.ent.gz	153.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cpb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cpb_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cpb_full_validation.pdf.gz	454.7 KB	表示
XML形式データ	6cpb_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	6cpb_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/6cpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/6cpb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4k8fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6yj9-d 6dgb-d 2z01-d 3u97-1 4qlr-d 2o16-3 1o50-1 3nqr-2 4qpv-2 6xnv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (9) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1

B: Carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1

ヘテロ分子

33.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.665, 65.820, 72.885
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1 分子量: 16468.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア) 遺伝子: cooA-1, CHY_1835 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3AB29
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月11日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→72.88 Å / Num. obs: 109455 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 5388 / CC_1/2: 0.89 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4K8F

4k8f

解像度: 1.155→38.978 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1469	5462	5 %
R_work	0.129	-	-
obs	0.1299	109323	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.155→38.978 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2196	0	33	301	2530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2378
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.913	3238
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.216	879
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	377
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	413

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1549-1.1681	0.2457	168	0.2177	3376	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1681-1.1818	0.228	180	0.1993	3422	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1818-1.1962	0.2144	179	0.1857	3434	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1962-1.2114	0.2088	173	0.1804	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2114-1.2273	0.1965	184	0.1763	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2273-1.2441	0.2028	190	0.169	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2441-1.2619	0.2084	176	0.1583	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2619-1.2807	0.1775	202	0.1552	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2807-1.3008	0.1834	175	0.1499	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3008-1.3221	0.1713	198	0.1414	3421	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3221-1.3449	0.1527	173	0.1321	3455	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3449-1.3693	0.1544	193	0.1329	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3693-1.3957	0.1552	171	0.126	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3957-1.4242	0.1523	178	0.1176	3449	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4242-1.4551	0.1464	167	0.1129	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4551-1.489	0.1164	156	0.1008	3495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.489-1.5262	0.1284	146	0.1011	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5262-1.5675	0.1199	207	0.0993	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5675-1.6136	0.1253	180	0.0991	3462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6136-1.6657	0.1274	167	0.0977	3442	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6657-1.7252	0.1177	196	0.0988	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7252-1.7943	0.1297	213	0.1023	3405	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7943-1.876	0.13	182	0.103	3490	X-RAY DIFFRACTION	100
1.876-1.9749	0.1274	174	0.107	3475	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9749-2.0986	0.124	185	0.1048	3512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0986-2.2606	0.1228	173	0.1101	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2606-2.4881	0.1182	201	0.114	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4881-2.848	0.1445	185	0.1315	3527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.848-3.5878	0.1592	176	0.1415	3581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5878-38.9998	0.1686	214	0.1629	3694	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)