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- PDB-6cmv: Crystal structure of Archaeal Biofilm Regulator (AbfR2) from Sulf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cmv
タイトルCrystal structure of Archaeal Biofilm Regulator (AbfR2) from Sulfolobus acidocaldarius
要素Transcriptional regulator Lrs14-like protein
キーワードGENE REGULATION / wHTH / Archaea / biofilm
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator Lrs14-like protein / Transcriptional regulator Lrs14-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Essen, L.-O. / Vogt, M.S. / Banerjee, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Sonderforschungsbereich (SFB)987 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of an Lrs14-like archaeal biofilm regulator from Sulfolobus acidocaldarius.
著者: Marian S Vogt / Simon L Völpel / Sonja Verena Albers / Lars Oliver Essen / Ankan Banerjee /
要旨: The small winged helix-turn-helix (wHTH) proteins of the Lrs14 family are major transcriptional regulators and act as archaeal biofilm regulators (AbfRs) in the crenarchaeote Sulfolobus ...The small winged helix-turn-helix (wHTH) proteins of the Lrs14 family are major transcriptional regulators and act as archaeal biofilm regulators (AbfRs) in the crenarchaeote Sulfolobus acidocaldarius. Here, the first crystal structure of an AbfR ortholog, AbfR2, the deletion of which is known to impair biofilm formation, is presented. Like most other wHTH orthologs, AbfR2 is dimeric in solution as well as in its 2.45 Å resolution crystal structure. Given the presence of three independent AbfR2 dimers in the asymmetric unit, the crystal structure shows a considerable degree of conformational variation within the dimer, the antiparallel orientations of which are stabilized by coiled-coil interaction between H4 helices. Conserved anchor interactions between helices H0 and H4 of AbfR2 further contribute to dimer stabilization. The combined structural and bioinformatic analysis reveals cluster-specific structural differences between different members of the Lrs14 protein family.
履歴
登録2018年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator Lrs14-like protein
B: Transcriptional regulator Lrs14-like protein
C: Transcriptional regulator Lrs14-like protein
D: Transcriptional regulator Lrs14-like protein
E: Transcriptional regulator Lrs14-like protein
F: Transcriptional regulator Lrs14-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,16424
ポリマ－99,2196
非ポリマー1,94518
水2,864159
1
A: Transcriptional regulator Lrs14-like protein
B: Transcriptional regulator Lrs14-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8229
ポリマ－33,0732
非ポリマー7497
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator Lrs14-like protein
D: Transcriptional regulator Lrs14-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8229
ポリマ－33,0732
非ポリマー7497
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area13330 Å2
手法PISA
3
E: Transcriptional regulator Lrs14-like protein
F: Transcriptional regulator Lrs14-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5206
ポリマ－33,0732
非ポリマー4474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area13380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.859, 94.314, 78.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator Lrs14-like protein


分子量: 16536.510 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: ATY89_00385, ATZ20_03430 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U3FE21, UniProt: Q4J9G1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: mother liquor: 45% (v/v) MPD, 0.1 M Bicine (pH 9) mixed 1:1 with 13.5 mg/mL protein in 300 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→47.16 Å / Num. obs: 36289 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 60 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.03478 / Rrim(I) all: 0.04919 / Net I/σ(I): 14.87
反射 シェル解像度: 2.45→2.538 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3555 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3595 / CC1/2: 0.647 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→47.157 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2166 1734 4.78 %Random selection
Rwork0.1659 ---
obs0.1684 36287 99.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 60 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.157 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5588 0 130 159 5877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1237687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1252302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057855
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004942
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4501-2.52220.34041430.26422862X-RAY DIFFRACTION99
2.5222-2.60360.30191270.24262855X-RAY DIFFRACTION99
2.6036-2.69660.30361480.2362877X-RAY DIFFRACTION99
2.6966-2.80460.23551260.21862874X-RAY DIFFRACTION99
2.8046-2.93220.25991490.19822860X-RAY DIFFRACTION99
2.9322-3.08680.23361370.17462844X-RAY DIFFRACTION99
3.0868-3.28010.2331450.17512904X-RAY DIFFRACTION99
3.2801-3.53330.20291280.15422868X-RAY DIFFRACTION99
3.5333-3.88870.20451720.1512870X-RAY DIFFRACTION100
3.8887-4.4510.20111650.14022868X-RAY DIFFRACTION100
4.451-5.60640.18651390.14692926X-RAY DIFFRACTION100
5.6064-47.16570.21351550.16742945X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.54490.9446-0.43850.5695-0.33251.0013-0.0891-0.33350.2156-0.22190.13621.19720.2868-0.972-0.00010.5123-0.042-0.03580.6037-0.00440.78550.154744.999544.704
22.48220.29332.43632.25610.75532.452-0.1763-0.297-0.3605-0.09290.21350.45580.4006-0.396900.5543-0.01650.08810.5736-0.06920.630711.718636.166541.7095
32.2213-3.18640.18744.0397-0.50170.0568-0.1073-0.26670.59080.13060.3538-0.47680.1526-0.11810.0560.3453-0.02310.04320.5475-0.04830.61710.855152.566145.2042
42.98124.2186-1.59786.0337-2.14061.0744-0.60160.98010.4262-1.42030.9865-0.2603-0.6903-0.7050.17190.73310.170.12520.917-0.24210.9235-6.285261.254336.617
50.638-0.30120.86780.3565-0.17191.43330.29790.9372-0.28530.1632-0.1603-0.07890.04710.54950.00120.4102-0.004-0.02760.63270.03540.6939-17.333266.567236.8816
61.40010.92050.69941.90111.44081.079-0.07960.2322-0.2825-0.72110.0022-0.5578-0.3065-0.1145-0.00120.4657-0.03960.0740.4987-0.02840.6509-26.980563.352334.4392
70.48680.1587-0.18151.1056-1.02481.0648-0.2776-0.02710.3406-0.3030.29820.18430.1042-0.266900.440.02170.01960.43870.00950.6084-31.545870.745542.2108
82.4098-3.14071.21074.0016-1.7111.1029-0.5934-0.8934-0.09260.74450.95560.89260.0541-0.5683-0.03210.48770.02850.08680.6659-0.02550.7518-5.892759.375753.7162
90.8048-0.3-0.16550.73620.67190.5918-0.1767-0.55540.0148-0.2215-0.29451.3919-0.8788-2.0024-0.00160.89260.07630.01310.9165-0.06910.688432.617331.8124.0849
101.4984-1.2395-0.40932.1480.14022.69110.192-0.2508-0.31140.2742-0.09350.10350.51250.133-00.646-0.01860.02880.4945-0.02610.459641.243726.6864-9.8607
111.09460.1862-0.17070.48630.44941.0218-0.12520.11550.0283-0.36870.4682-0.4530.28770.6717-00.82590.0690.08630.6802-0.04090.686644.314336.148118.492
122.084-0.7574-0.16921.8909-0.64441.3080.10080.6370.3022-1.3392-0.24980.3669-0.36380.0069-0.02220.7350.070.03730.56-0.00740.451631.549349.605425.3196
131.7185-1.2575-0.74551.03210.27940.90120.05170.60840.0326-1.1045-0.22350.3222-0.4067-0.6529-0.00920.68820.0505-0.07770.47020.04720.559721.660156.048630.4933
140.994-1.4279-1.32762.51472.70532.5882-0.3286-0.0443-0.15110.49370.03560.23010.4355-0.0172-0.00140.5746-0.02110.08210.4555-0.00390.446330.226241.067231.3937
159.28455.6181-0.48494.964-3.40196.1928-0.03320.1202-0.6614-0.4168-0.5115-1.23771.09111.8884-1.79360.66260.0593-0.32860.68830.04770.49441.021229.836770.3366
162.0928-1.18520.8450.7025-0.86715.3705-0.5868-1.00151.10021.02330.5712-1.5961-0.99721.87470.52630.51010.0327-0.19270.7964-0.05660.89138.80432.779860.6464
172.79360.5639-0.63041.1416-0.2340.8203-0.73980.38291.42030.42610.0171-0.3641-0.33720.3568-0.180.56560.0702-0.0730.628-0.00640.872235.667336.660350.7541
180.3171-0.22480.01550.53940.36850.3749-0.13310.4148-0.6431-0.3393-0.4254-1.20141.67520.379-0.00010.67630.07190.00850.6858-0.07930.665637.162725.134653.056
190.61310.81130.08561.05750.09970.02740.11780.13430.2135-0.082-0.1023-0.16650.99650.4305-00.55160.06920.00390.5215-0.10310.476926.864126.994253.9273
201.38370.6080.31090.97641.50456.03630.43120.328-0.5760.43880.06320.17391.6929-0.30360.08350.63680.0391-0.07240.6295-0.09480.677527.544628.221644.783
211.95521.64410.82542.3248-0.81893.36510.5567-0.5122-0.32320.31490.393-0.07890.2558-0.41243.65160.64320.052-0.29150.5424-0.10260.435632.50120.610977.8274
220.50480.06380.6360.51650.45611.06560.48871.4985-0.1284-1.034-0.40150.79910.06110.25530.00090.83630.147-0.22840.8495-0.06320.658149.906417.663580.2352
231.598-0.4473-1.81780.65430.24732.17990.09480.4355-0.2293-0.938-0.22430.11920.6899-0.288500.6918-0.0089-0.04990.68630.0050.523261.471615.54388.3817
240.87440.1934-0.8050.4149-0.15930.7382-0.37810.57751.0490.108-0.4805-0.30790.30410.2895-0.00010.5750.0147-0.11080.46960.03180.528556.661520.774696.7638
254.005-3.21561.52392.5921-1.0273.6201-0.5270.50661.39980.287-0.4081-2.4931-0.86251.093-1.3030.4332-0.01330.00430.61040.08850.829872.313819.7006102.5068
262.2445-0.83521.55860.1413-0.45280.8545-0.334-0.2963-0.3580.21070.22010.2355-0.2072-0.3172-0.49940.4740.0705-0.07360.4578-0.12650.448740.716426.683785.6105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
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17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 38 through 55 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 56 through 68 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 69 through 78 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 79 through 93 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 94 through 122 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 12 through 37 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 38 through 68 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 69 through 78 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 79 through 86 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 87 through 122 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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