PDB-6cmv: Crystal structure of Archaeal Biofilm Regulator (AbfR2) from Sulf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cmv

タイトル

Crystal structure of Archaeal Biofilm Regulator (AbfR2) from Sulfolobus acidocaldarius

要素

Transcriptional regulator Lrs14-like protein

キーワード

GENE REGULATION / wHTH / Archaea / biofilm

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Essen, L.-O. / Vogt, M.S. / Banerjee, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of an Lrs14-like archaeal biofilm regulator from Sulfolobus acidocaldarius.
著者: Marian S Vogt / Simon L Völpel / Sonja Verena Albers / Lars Oliver Essen / Ankan Banerjee /

要旨: The small winged helix-turn-helix (wHTH) proteins of the Lrs14 family are major transcriptional regulators and act as archaeal biofilm regulators (AbfRs) in the crenarchaeote Sulfolobus ...

履歴

登録	2018年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cmv.cif.gz	303 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cmv.ent.gz	249.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cmv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cmv_validation.pdf.gz	513.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cmv_full_validation.pdf.gz	529.2 KB	表示
XML形式データ	6cmv_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	6cmv_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/6cmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/6cmv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	SASDDH3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fpi-d 1bxx-d 3h85-d 5c7z-d 1hes-d 4oyh-1 5hts-3 5wa2-d 6jch-d 5wrk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator Lrs14-like protein

B: Transcriptional regulator Lrs14-like protein

C: Transcriptional regulator Lrs14-like protein

D: Transcriptional regulator Lrs14-like protein

E: Transcriptional regulator Lrs14-like protein

F: Transcriptional regulator Lrs14-like protein

ヘテロ分子

101 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Transcriptional regulator Lrs14-like protein

B: Transcriptional regulator Lrs14-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
33.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Transcriptional regulator Lrs14-like protein

D: Transcriptional regulator Lrs14-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Transcriptional regulator Lrs14-like protein

F: Transcriptional regulator Lrs14-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.859, 94.314, 78.909
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Transcriptional regulator Lrs14-like protein 分子量: 16536.510 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) 遺伝子: ATY89_00385, ATZ20_03430 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U3FE21, UniProt: Q4J9G1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: mother liquor: 45% (v/v) MPD, 0.1 M Bicine (pH 9) mixed 1:1 with 13.5 mg/mL protein in 300 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→47.16 Å / Num. obs: 36289 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 60 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.03478 / R_rim(I) all: 0.04919 / Net I/σ(I): 14.87
反射シェル	解像度: 2.45→2.538 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.3555 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3595 / CC_1/2: 0.647 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.45→47.157 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.1

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2166	1734	4.78 %	Random selection
R_work	0.1659	-	-	-
obs	0.1684	36287	99.41 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.157 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5588	0	130	159	5877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5766
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.123	7687
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.125	2302
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	855
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	942

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4501-2.5222	0.3404	143	0.2642	2862	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5222-2.6036	0.3019	127	0.2426	2855	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6036-2.6966	0.3036	148	0.236	2877	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6966-2.8046	0.2355	126	0.2186	2874	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8046-2.9322	0.2599	149	0.1982	2860	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9322-3.0868	0.2336	137	0.1746	2844	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0868-3.2801	0.233	145	0.1751	2904	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2801-3.5333	0.2029	128	0.1542	2868	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5333-3.8887	0.2045	172	0.151	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8887-4.451	0.2011	165	0.1402	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
4.451-5.6064	0.1865	139	0.1469	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6064-47.1657	0.2135	155	0.1674	2945	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5449	0.9446	-0.4385	0.5695	-0.3325	1.0013	-0.0891	-0.3335	0.2156	-0.2219	0.1362	1.1972	0.2868	-0.972	-0.0001	0.5123	-0.042	-0.0358	0.6037	-0.0044	0.7855	0.1547	44.9995	44.704
2	2.4822	0.2933	2.4363	2.2561	0.7553	2.452	-0.1763	-0.297	-0.3605	-0.0929	0.2135	0.4558	0.4006	-0.3969	0	0.5543	-0.0165	0.0881	0.5736	-0.0692	0.6307	11.7186	36.1665	41.7095
3	2.2213	-3.1864	0.1874	4.0397	-0.5017	0.0568	-0.1073	-0.2667	0.5908	0.1306	0.3538	-0.4768	0.1526	-0.1181	0.056	0.3453	-0.0231	0.0432	0.5475	-0.0483	0.617	10.8551	52.5661	45.2042
4	2.9812	4.2186	-1.5978	6.0337	-2.1406	1.0744	-0.6016	0.9801	0.4262	-1.4203	0.9865	-0.2603	-0.6903	-0.705	0.1719	0.7331	0.17	0.1252	0.917	-0.2421	0.9235	-6.2852	61.2543	36.617
5	0.638	-0.3012	0.8678	0.3565	-0.1719	1.4333	0.2979	0.9372	-0.2853	0.1632	-0.1603	-0.0789	0.0471	0.5495	0.0012	0.4102	-0.004	-0.0276	0.6327	0.0354	0.6939	-17.3332	66.5672	36.8816
6	1.4001	0.9205	0.6994	1.9011	1.4408	1.079	-0.0796	0.2322	-0.2825	-0.7211	0.0022	-0.5578	-0.3065	-0.1145	-0.0012	0.4657	-0.0396	0.074	0.4987	-0.0284	0.6509	-26.9805	63.3523	34.4392
7	0.4868	0.1587	-0.1815	1.1056	-1.0248	1.0648	-0.2776	-0.0271	0.3406	-0.303	0.2982	0.1843	0.1042	-0.2669	0	0.44	0.0217	0.0196	0.4387	0.0095	0.6084	-31.5458	70.7455	42.2108
8	2.4098	-3.1407	1.2107	4.0016	-1.711	1.1029	-0.5934	-0.8934	-0.0926	0.7445	0.9556	0.8926	0.0541	-0.5683	-0.0321	0.4877	0.0285	0.0868	0.6659	-0.0255	0.7518	-5.8927	59.3757	53.7162
9	0.8048	-0.3	-0.1655	0.7362	0.6719	0.5918	-0.1767	-0.5554	0.0148	-0.2215	-0.2945	1.3919	-0.8788	-2.0024	-0.0016	0.8926	0.0763	0.0131	0.9165	-0.0691	0.6884	32.6173	31.812	4.0849
10	1.4984	-1.2395	-0.4093	2.148	0.1402	2.6911	0.192	-0.2508	-0.3114	0.2742	-0.0935	0.1035	0.5125	0.133	-0	0.646	-0.0186	0.0288	0.4945	-0.0261	0.4596	41.2437	26.6864	-9.8607
11	1.0946	0.1862	-0.1707	0.4863	0.4494	1.0218	-0.1252	0.1155	0.0283	-0.3687	0.4682	-0.453	0.2877	0.6717	-0	0.8259	0.069	0.0863	0.6802	-0.0409	0.6866	44.3143	36.1481	18.492
12	2.084	-0.7574	-0.1692	1.8909	-0.6444	1.308	0.1008	0.637	0.3022	-1.3392	-0.2498	0.3669	-0.3638	0.0069	-0.0222	0.735	0.07	0.0373	0.56	-0.0074	0.4516	31.5493	49.6054	25.3196
13	1.7185	-1.2575	-0.7455	1.0321	0.2794	0.9012	0.0517	0.6084	0.0326	-1.1045	-0.2235	0.3222	-0.4067	-0.6529	-0.0092	0.6882	0.0505	-0.0777	0.4702	0.0472	0.5597	21.6601	56.0486	30.4933
14	0.994	-1.4279	-1.3276	2.5147	2.7053	2.5882	-0.3286	-0.0443	-0.1511	0.4937	0.0356	0.2301	0.4355	-0.0172	-0.0014	0.5746	-0.0211	0.0821	0.4555	-0.0039	0.4463	30.2262	41.0672	31.3937
15	9.2845	5.6181	-0.4849	4.964	-3.4019	6.1928	-0.0332	0.1202	-0.6614	-0.4168	-0.5115	-1.2377	1.0911	1.8884	-1.7936	0.6626	0.0593	-0.3286	0.6883	0.0477	0.494	41.0212	29.8367	70.3366
16	2.0928	-1.1852	0.845	0.7025	-0.8671	5.3705	-0.5868	-1.0015	1.1002	1.0233	0.5712	-1.5961	-0.9972	1.8747	0.5263	0.5101	0.0327	-0.1927	0.7964	-0.0566	0.891	38.804	32.7798	60.6464
17	2.7936	0.5639	-0.6304	1.1416	-0.234	0.8203	-0.7398	0.3829	1.4203	0.4261	0.0171	-0.3641	-0.3372	0.3568	-0.18	0.5656	0.0702	-0.073	0.628	-0.0064	0.8722	35.6673	36.6603	50.7541
18	0.3171	-0.2248	0.0155	0.5394	0.3685	0.3749	-0.1331	0.4148	-0.6431	-0.3393	-0.4254	-1.2014	1.6752	0.379	-0.0001	0.6763	0.0719	0.0085	0.6858	-0.0793	0.6656	37.1627	25.1346	53.056
19	0.6131	0.8113	0.0856	1.0575	0.0997	0.0274	0.1178	0.1343	0.2135	-0.082	-0.1023	-0.1665	0.9965	0.4305	-0	0.5516	0.0692	0.0039	0.5215	-0.1031	0.4769	26.8641	26.9942	53.9273
20	1.3837	0.608	0.3109	0.9764	1.5045	6.0363	0.4312	0.328	-0.576	0.4388	0.0632	0.1739	1.6929	-0.3036	0.0835	0.6368	0.0391	-0.0724	0.6295	-0.0948	0.6775	27.5446	28.2216	44.783
21	1.9552	1.6441	0.8254	2.3248	-0.8189	3.3651	0.5567	-0.5122	-0.3232	0.3149	0.393	-0.0789	0.2558	-0.4124	3.6516	0.6432	0.052	-0.2915	0.5424	-0.1026	0.4356	32.501	20.6109	77.8274
22	0.5048	0.0638	0.636	0.5165	0.4561	1.0656	0.4887	1.4985	-0.1284	-1.034	-0.4015	0.7991	0.0611	0.2553	0.0009	0.8363	0.147	-0.2284	0.8495	-0.0632	0.6581	49.9064	17.6635	80.2352
23	1.598	-0.4473	-1.8178	0.6543	0.2473	2.1799	0.0948	0.4355	-0.2293	-0.938	-0.2243	0.1192	0.6899	-0.2885	0	0.6918	-0.0089	-0.0499	0.6863	0.005	0.5232	61.4716	15.543	88.3817
24	0.8744	0.1934	-0.805	0.4149	-0.1593	0.7382	-0.3781	0.5775	1.049	0.108	-0.4805	-0.3079	0.3041	0.2895	-0.0001	0.575	0.0147	-0.1108	0.4696	0.0318	0.5285	56.6615	20.7746	96.7638
25	4.005	-3.2156	1.5239	2.5921	-1.027	3.6201	-0.527	0.5066	1.3998	0.287	-0.4081	-2.4931	-0.8625	1.093	-1.303	0.4332	-0.0133	0.0043	0.6104	0.0885	0.8298	72.3138	19.7006	102.5068
26	2.2445	-0.8352	1.5586	0.1413	-0.4528	0.8545	-0.334	-0.2963	-0.358	0.2107	0.2201	0.2355	-0.2072	-0.3172	-0.4994	0.474	0.0705	-0.0736	0.4578	-0.1265	0.4487	40.7164	26.6837	85.6105

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 68 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 122 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 11 through 20 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 21 through 44 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 45 through 68 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 69 through 93 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 94 through 123 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 12 through 38 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 39 through 93 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 94 through 123 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 12 through 44 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 45 through 68 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 69 through 122 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 12 through 23 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 24 through 37 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 38 through 55 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 56 through 68 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 69 through 78 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 79 through 93 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 94 through 122 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 12 through 37 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 38 through 68 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 69 through 78 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 79 through 86 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 87 through 122 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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