PDB-6clv: Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6clv

タイトル

Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure

要素

Dihydropteroate synthase

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic resistance mutations / sulfonamide resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / response to antibiotic / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Gajewski, S. / Griffith, E.C. / Wu, Y. / White, S.W.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI070721-08	米国
St. Jude Children's Research Hospital (ALSAC)		米国
Department of Energy (DOE, United States)	W-31-109-Eng-38	米国

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2018
タイトル: The Structural and Functional Basis for Recurring Sulfa Drug Resistance Mutations inStaphylococcus aureusDihydropteroate Synthase.
著者: Griffith, E.C. / Wallace, M.J. / Wu, Y. / Kumar, G. / Gajewski, S. / Jackson, P. / Phelps, G.A. / Zheng, Z. / Rock, C.O. / Lee, R.E. / White, S.W.

履歴

登録	2018年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6clv.cif.gz	380.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6clv.ent.gz	311.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6clv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6clv_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6clv_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6clv_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	6clv_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/6clv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/6clv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cluC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y5j-d 2xms-d 2xmq-3 5cpa-d 4bgf-3 2iwc-d 5ep9-4 4ie2-3 2pj2-3 5v79-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydropteroate synthase

B: Dihydropteroate synthase

C: Dihydropteroate synthase

D: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
32.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Dihydropteroate synthase

登録者が定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Dihydropteroate synthase

D: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
65.3 kDa, 2 ポリマー
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6

B: Dihydropteroate synthase

C: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
65.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.750, 79.750, 175.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Dihydropteroate synthase / DHPS / Dihydropteroate pyrophosphorylase 分子量: 32406.936 Da / 分子数: 4 / 変異: F17L, E208K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: folP, dpsA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05701, dihydropteroate synthase
#2: 化合物	ChemComp-6MB / 4-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-6-yl)methyl]amino}-N-(3,4-dimethyl-1,2-oxazol-5-yl)benzene-1-sulfonamide 分子量: 442.452 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈N₈O₄S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.64
反射	解像度: 2.3→47.432 Å / Num. obs: 201103 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.3444 Å

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→47.432 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 52.06 / 位相誤差: 33.57 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	2546	5.25 %
R_work	0.1907	-	-
obs	0.2119	48470	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.432 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7350	0	93	99	7542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7557
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.604	10279
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.638	4534
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1241
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1313

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3001-2.3444	0.3092	136	0.2855	2568	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3444-2.3922	0.2914	136	0.2812	2491	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3922-2.4442	0.2867	148	0.2801	2559	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4442-2.5011	0.3169	147	0.2817	2550	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5011-2.5636	0.2739	123	0.2646	2544	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5636-2.6329	0.2983	138	0.2658	2549	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6329-2.7103	0.2604	129	0.2549	2544	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7103-2.7977	0.2661	147	0.2437	2537	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7977-2.8977	0.2678	163	0.244	2520	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8977-3.0136	0.2683	131	0.2389	2575	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0136-3.1507	0.2532	142	0.2256	2536	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1507-3.3166	0.2326	130	0.2286	2596	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3166-3.5242	0.2656	117	0.2243	2538	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5242-3.7959	0.2521	164	0.2086	2554	X-RAY DIFFRACTION	94
3.7959-4.1773	0.2186	162	0.1943	2540	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1773-4.7802	0.1808	164	0.1753	2504	X-RAY DIFFRACTION	94
4.7802-6.0165	0.194	113	0.16	2604	X-RAY DIFFRACTION	96
6.0165-32.9462	0.2179	156	0.187	2573	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2985	-0.0136	-0.2974	1.7044	0.4326	0.6149	0.0319	0.1146	0.2814	-0.1776	-0.1937	-0.307	0.0927	0.4181	-0.0107	0.3395	-0.0044	0.0015	0.5945	0.1413	0.2837	91.7748	130.6155	8.5791
2	2.3677	-0.2353	-0.1705	1.1444	0.4789	0.5768	0.2346	0.3082	0.2739	0.0985	-0.1878	-0.1538	-0.2676	-0.026	0.2146	0.3003	0.038	-0.0248	0.3666	0.0105	0.1617	78.7323	133.3785	16.3874
3	0.259	-0.1417	-0.0797	0.5017	-0.0473	0.9522	0.1125	0.1167	0.0364	-0.1536	-0.0976	0.0103	0.2233	0.15	0.1998	0.3363	0.0941	-0.0154	0.425	0.022	0.1216	78.0433	117.3369	11.5553
4	4.7685	-0.3328	2.1262	1.1885	-0.662	3.4912	0.0675	-0.2034	-0.6771	0.1363	0.0295	-0.0079	0.2549	0.0727	-0.0788	0.421	0.0335	0.0723	0.326	0.0442	0.3875	109.4052	115.2948	-19.8716
5	2.1374	-0.7419	-0.276	2.4175	-0.2826	1.089	-0.0716	-0.2227	-0.1598	-0.1748	0.0401	-0.1529	0.0016	0.3036	0.1315	0.3244	-0.0103	0.0342	0.3731	0.0116	0.1962	114.2517	129.9562	-21.5056
6	1.5076	0.2019	0.3666	1.1069	0.4027	0.8353	-0.0397	0.054	-0.115	0.0018	0.0376	-0.0688	-0.0624	-0.1776	0.0002	0.3246	-0.0265	0.0535	0.3216	-0.0137	0.1607	96.2097	128.0206	-25.4132
7	2.9408	0.7093	0.4355	2.0927	-0.0434	0.3476	0.0306	-0.032	-0.3554	0.0847	-0.0302	0.163	0.1756	-0.2503	-0.0178	0.3653	-0.057	0.0625	0.4654	0.0424	0.2745	62.6514	113.3967	-31.3389
8	1.2911	-0.3836	-0.031	0.8692	-0.0236	0.8424	-0.0146	0.0918	-0.0516	-0.0085	0.0422	0.0578	-0.0723	-0.052	-0.0315	0.3044	-0.0423	0.0254	0.3679	0.0148	0.1384	72.729	125.3738	-38.547
9	0.2036	0.2374	-0.0238	0.2521	-0.0114	-0.0028	-0.137	-0.1144	-0.35	-0.0778	-0.0093	-0.2697	0.0614	0.3361	0.0174	0.6049	0.2863	0.0565	0.5421	0.0511	0.4355	92.1371	84.4865	-0.3575
10	0.4014	-0.2487	0.0193	0.2073	-0.1888	0.3905	-0.1799	-0.1759	-0.5657	-0.1121	-0.291	0.0831	0.7207	0.1601	-0.5039	1.0593	0.5269	0.0406	0.1626	-0.1029	0.2587	79.3753	78.9499	-3.8479
11	0.234	-0.2614	0.2839	0.354	-0.2942	0.8904	0.1207	0.1086	-0.0726	-0.5576	-0.1158	0.2205	0.3822	-0.0107	0.1247	0.7681	0.1259	-0.1446	0.4724	-0.0645	0.3994	69.0826	89.9866	-5.4083
12	0.6215	0.0577	-0.1654	0.2165	0.0159	0.2983	0.1291	0.0445	-0.0625	-0.1855	0.0601	0.0155	0.0289	0.0343	0.4652	0.9492	0.4966	-0.1678	0.5077	-0.0663	0.2864	77.6267	93.3706	-2.3496
13	2.5181	0.7914	1.0665	0.5081	-0.2146	2.3275	-0.0172	0.3973	0.0998	-0.3405	-0.0447	-0.0418	-0.2189	0.387	0.0882	0.715	0.1853	0.0439	0.4631	0.0588	0.1434	84.5925	106.318	-11.7775
14	0.2094	0.0668	0.3417	0.8037	0.1698	0.6623	0.0197	-0.0215	-0.1359	-0.1255	-0.11	0.2347	0.2653	0.1118	-0.0176	0.5753	0.1475	-0.0635	0.4511	0.0082	0.205	80.6477	101.3211	5.3025

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 97 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 98 through 138 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 139 through 263 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 74 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 75 through 157 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 158 through 263 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 2 through 97 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 98 through 264 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 2 through 74 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 75 through 138 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 139 through 192 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 193 through 203 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 204 through 215 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 216 through 264 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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位相決定

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)