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- PDB-6cll: 1.02 A MicroED structure of GSNQNNF at 1.2 e- / A^2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cll
タイトル1.02 A MicroED structure of GSNQNNF at 1.2 e- / A^2
要素GSNQNNF
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid fibril / prion / zinc binding
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.02 Å
データ登録者Hattne, J. / Shi, D. / Glynn, C. / Zee, C.-T. / Gallagher-Jones, M. / Martynowycz, M.W. / Rodriguez, J.A. / Gonen, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Analysis of Global and Site-Specific Radiation Damage in Cryo-EM.
著者: Johan Hattne / Dan Shi / Calina Glynn / Chih-Te Zee / Marcus Gallagher-Jones / Michael W Martynowycz / Jose A Rodriguez / Tamir Gonen /
要旨: Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron ...Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron microscopy (cryo-EM). It has been used to solve structures of a diverse set of biomolecules and materials, in some cases to sub-atomic resolution. However, little is known about the damaging effects of the electron beam on samples during such measurements. We assess global and site-specific damage from electron radiation on nanocrystals of proteinase K and of a prion hepta-peptide and find that the dynamics of electron-induced damage follow well-established trends observed in X-ray crystallography. Metal ions are perturbed, disulfide bonds are broken, and acidic side chains are decarboxylated while the diffracted intensities decay exponentially with increasing exposure. A better understanding of radiation damage in MicroED improves our assessment and processing of all types of cryo-EM data.
履歴
登録2018年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GSNQNNF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9043
ポリマ－7801
非ポリマー1242
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)4.840, 14.090, 17.380
Angle α, β, γ (deg.)83.80, 85.34, 82.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GSNQNNF


分子量: 779.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Synthetic proto-filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.000899141 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.1 MMESC6H13NO4S1
210 %MPDC6H14O21
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 30 %
結晶化詳細: 2017-08-01

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影平均露光時間: 2.1 sec. / 電子線照射量: 0.00357 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
Num. of diffraction images: 920 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 920
画像スキャンサンプリングサイズ: 31.2 µm / 横: 2048 / 縦: 2048
EM回折カメラ長: 730 mm
EM回折 シェル解像度: 1.02→1.05 Å / フーリエ空間範囲: 72.11 % / 多重度: 5.2 / 構造因子数: 106 / 位相残差: 42.61 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 72.5 % / 再高解像度: 1.02 Å / 測定した強度の数: 13109 / 構造因子数: 1770 / 位相誤差: 39.15 ° / 位相残差: 39.15 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.337 / Rsym: 0.337

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0194精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EM-Menu4.0.9.75画像取得
13REFMAC5.8.0194モデル精密化
EM 3D crystal entity∠α: 83.804 ° / ∠β: 85.343 ° / ∠γ: 82.939 ° / A: 4.84 Å / B: 14.09 Å / C: 17.38 Å / 空間群名: P1 / 空間群番号: 1
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 1.02 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築B value: 5.22 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / 詳細: Electron scattering factors
精密化解像度: 1.02→11.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 0.939 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27985 151 9 %RANDOM
Rwork0.24636 ---
obs0.24917 1526 73.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 5.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å2-0 Å2-0.2 Å2
2---0.23 Å2-0.37 Å2
3---0.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 63
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0190.0258
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_other_d00.0239
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg1.371.88676
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_other_deg1.022392
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg4.62256
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg60.967285
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg8.715157
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.0880.26
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0080.0273
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_other0.0010.0211
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_metal_ion_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_metal_ion_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_it0.5550.47828
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_other0.4920.44626
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_it0.9040.6829
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_other0.910.68630
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_it0.5890.52930
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_other0.5790.54631
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_it
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_other0.8840.78844
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_long_range_B_refined2.5215.5648
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_long_range_B_other2.55.64448
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_rigid_bond_restr
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_sphericity_free
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.021→1.047 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 8 -
Rwork0.322 98 -
obs--72.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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