PDB-6cl6: Structure of P. aeruginosa R2 pyocin fiber PA0620 comprising C-te...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cl6

タイトル

Structure of P. aeruginosa R2 pyocin fiber PA0620 comprising C-terminal residues 323-691

要素

Tail fiber protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / R-type pyocin / Pseudomonas aeruginosa / contractile injection system / receptor-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.898 Å

データ登録者

Buth, S.A. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.

資金援助

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Viruses / 年: 2018
タイトル: Structure and Analysis of R1 and R2 Pyocin Receptor-Binding Fibers.
著者: Buth, S.A. / Shneider, M.M. / Scholl, D. / Leiman, P.G.

履歴

登録	2018年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cl6.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cl6.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cl6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cl6_validation.pdf.gz	482.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cl6_full_validation.pdf.gz	492.7 KB	表示
XML形式データ	6cl6_validation.xml.gz	118.1 KB	表示
CIF形式データ	6cl6_validation.cif.gz	185.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/6cl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/6cl6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6cl5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cl5-2 6cl5-1 4otb-d 4pib-d 5hbb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tail fiber protein

B: Tail fiber protein

C: Tail fiber protein

D: Tail fiber protein

E: Tail fiber protein

F: Tail fiber protein

ヘテロ分子

240 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Tail fiber protein

B: Tail fiber protein

C: Tail fiber protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
120 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Tail fiber protein

E: Tail fiber protein

F: Tail fiber protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
120 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.320, 126.946, 432.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Tail fiber protein 分子量: 39709.871 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 323-691) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA0620 / プラスミド: pTSL (pET23 derivative) 詳細 (発現宿主): pET23 with cloned SlyD gene, N-terminal His-tag and a TEV recognition site 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: G3XD71

#1: タンパク質

Tail fiber protein

分子量: 39709.871 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 323-691) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA0620 / プラスミド: pTSL (pET23 derivative)
詳細 (発現宿主): pET23 with cloned SlyD gene, N-terminal His-tag and a TEV recognition site
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: G3XD71

-
非ポリマー , 5種, 4057分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4025 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 3-5% PEG6000, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 160-210 mM potassium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: vaporized nitrogen stream
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月17日 / 詳細: Dynamically bendable mirror and KB mirror pair
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.898→50 Å / Num. obs: 472358 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.1 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_rim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 8.77
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 75624 / CC_1/2: 0.797 / R_rim(I) all: 0.537 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_3042: ???)	精密化
XDS	September 26, 2012	データ削減
XDS	September 26, 2012	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: A SeMet derivative, not deposited

解像度: 1.898→49.961 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 19.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2082	7071	1.5 %
R_work	0.1597	-	-
obs	0.1604	472266	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.898→49.961 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16560	0	98	4025	20683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	17328
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.891	23701
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.397	9855
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	2477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3136

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8975-1.9191	0.2572	219	0.2298	14615	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9191-1.9417	0.2746	241	0.2257	15682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9417-1.9654	0.2539	237	0.2193	15320	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9654-1.9902	0.2769	242	0.215	15605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9902-2.0164	0.2525	237	0.2054	15663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0164-2.0441	0.237	230	0.2031	15398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0441-2.0733	0.2749	238	0.2016	15650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0733-2.1042	0.2531	232	0.1953	15478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1042-2.1371	0.2029	238	0.1851	15503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1371-2.1721	0.217	240	0.1755	15643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1721-2.2096	0.2069	233	0.1793	15404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2096-2.2498	0.239	235	0.1778	15612	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2498-2.293	0.2586	234	0.1745	15480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.293-2.3398	0.2279	242	0.1747	15536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3398-2.3907	0.2474	234	0.1658	15589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3907-2.4463	0.1979	236	0.1593	15570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4463-2.5075	0.218	236	0.162	15406	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5075-2.5753	0.2221	241	0.1583	15691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5753-2.6511	0.2223	231	0.1582	15481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6511-2.7366	0.1836	239	0.1578	15525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7366-2.8344	0.2331	233	0.1618	15645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8344-2.9479	0.1995	235	0.1585	15494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9479-3.0821	0.2132	236	0.1518	15519	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0821-3.2445	0.2045	235	0.15	15521	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2445-3.4478	0.1986	231	0.1459	15518	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4478-3.7139	0.194	238	0.1421	15571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7139-4.0875	0.1908	236	0.1305	15538	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0875-4.6786	0.17	236	0.1119	15519	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6786-5.893	0.1353	244	0.1176	15508	X-RAY DIFFRACTION	100
5.893-49.9782	0.1846	232	0.1751	15511	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0026	-0.002	0.0026	0.0016	-0.0003	0.0026	0	0.0243	0.0119	-0.0212	0.029	0.0233	0.0133	-0.0109	0	0.5487	0.0686	-0.068	0.4172	-0.1044	0.264	-4.9936	107.6623	-48.0197
2	0.1227	-0.087	-0.01	0.079	0.0266	0.0585	0.0209	0.0824	-0.0974	0.0218	-0.0235	0.0691	0.0582	-0.0508	-0.0178	0.1218	-0.0107	0.0128	0.0019	-0.0422	0.1688	-5.6071	101.7917	-13.4014
3	0.0076	0.0121	-0.0074	0.0102	-0.0011	0.0118	-0.0023	-0.0235	0.0177	-0.0569	0.0173	0.1038	-0.0498	-0.0675	0.0001	0.1301	0.0231	-0.023	0.0892	0.0037	0.1487	-7.2471	112.2179	16.597
4	0.3324	-0.0153	-0.0428	0.1606	-0.0433	0.374	-0.0075	-0.2596	0.0244	-0.0366	-0.0087	0.1052	0.0164	-0.0394	-0.0208	0.0211	0.0303	0.0316	0.1759	-0.0442	0.0704	-2.9131	110.2849	46.3934
5	0.0556	-0.0176	-0.0232	0.0066	0.0028	0.0187	-0.0493	0.1657	-0.0154	-0.0441	0.0464	-0.0119	-0.0047	-0.0141	-0.0194	0.2166	0.0288	-0.04	0.6114	-0.0233	0.0396	10.8382	116.3805	125.647
6	0.0025	-0.0025	-0.001	0.0054	0.0062	0.0055	0.0263	-0.0002	0.0139	-0.0089	0.0392	-0.0113	0.0253	0.0411	-0	0.2189	-0.0171	-0.0166	0.4802	0.0429	0.1732	15.864	117.6654	144.6305
7	0.102	-0.002	-0.0357	0.1087	0.0287	0.023	0.0227	0.1733	0.0297	0.0176	-0.0273	0.0118	-0.0235	0.3023	-0.0087	0.1519	-0.0404	-0.0156	0.3096	0.0461	0.1437	19.7305	118.5127	161.2991
8	0.021	0.0116	-0.011	0.0132	-0.0205	0.0359	0.0179	0.0119	-0.0022	-0.0349	0.021	0.0005	-0.0042	0.0077	0.0068	0.5009	0.0776	0.031	0.4174	0.0699	0.1135	-1.7958	115.4926	-49.1839
9	0.0346	-0.0538	0.0103	0.1121	-0.0502	0.0401	0.0012	-0.0207	0.0493	-0.0302	0.0185	0.0141	-0.0446	0.0121	0.0248	0.108	-0.0081	0.0072	0.0771	-0.0187	0.1545	-2.375	118.128	-12.4678
10	0.0503	0.0079	-0.018	0.0288	-0.0127	0.0221	0.0402	-0.0468	0.0484	-0.095	0.0324	-0.0259	-0.0518	0.0504	0.0002	0.1281	0.0055	-0.006	0.1288	-0.0348	0.1577	12.5963	114.5904	24.3742
11	0.2298	0.006	-0.0477	0.0818	0.0856	0.0898	0.0449	-0.3573	0.0454	0.053	0.088	-0.033	-0.0418	0.045	0.2503	0.1003	0.0641	-0.001	0.342	-0.0815	0.0303	4.0856	112.173	57.503
12	0.0166	-0.0148	0.0082	0.015	-0.005	0.0236	-0.025	0.0038	0.0036	-0.0319	0.0131	0.001	0.0563	0.0391	-0.002	0.3759	0.0288	-0.0269	0.7917	-0.0414	0.1487	9.0581	108.4062	114.611
13	0.0787	0.0447	-0.0511	0.0429	-0.0322	0.0347	0.0548	0.0932	-0.0098	-0.0199	0.028	0.0102	0.0498	-0.0476	0.0179	0.2233	0.0076	-0.0139	0.5212	-0.063	0.1453	4.719	110.0523	141.5395
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41	0.0248	0.0045	0.0145	0.0009	0.0024	0.0088	0.0065	0.0343	0.0033	-0.0068	-0.0057	0.0075	-0.0165	-0.0211	-0.0039	0.187	-0.0298	-0.0168	0.4535	0.1137	0.1403	16.0655	181.281	141.174
42	0.0987	-0.0705	0.12	0.0786	-0.0517	0.2856	0.1084	0.1692	0.1176	0.0407	-0.0371	0.0399	-0.2522	-0.0631	0.0568	0.1669	-0.021	0.0034	0.2724	0.0918	0.1709	19.2052	188.704	160.4638

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 328:338)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 339:437)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 438:469)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 470:569)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 570:609)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 610:622)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 623:691)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 328:337)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 338:440)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 441:514)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 515:567)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 568:592)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 593:618)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 619:691)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 329:354)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 355:438)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 439:526)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 527:556)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain C and resid 557:609)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain C and resid 610:621)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 622:691)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain D and resid 328:341)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain D and resid 342:439)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain D and resid 440:525)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain D and resid 526:563)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain D and resid 564:581)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain D and resid 582:632)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain D and resid 633:691)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain E and resid 329:335)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain E and resid 336:438)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain E and resid 439:535)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain E and resid 536:567)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain E and resid 568:616)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain E and resid 617:621)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain E and resid 622:691)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain F and resid 329:348)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain F and resid 349:438)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain F and resid 439:448)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain F and resid 449:567)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain F and resid 568:609)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain F and resid 610:618)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain F and resid 619:691)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)