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- PDB-6ckz: Human caspase-3 in complex with Ac-DW3-KE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ckz
タイトルHuman caspase-3 in complex with Ac-DW3-KE
要素
  • ACE-1MH-ASP-B3L-PHE-1U8
  • Caspase-3 subunit p12
  • Caspase-3 subunit p17
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / caspase-3 / inhibitor / APOPTOSIS / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-3 / Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / phospholipase A2 activator activity / anterior neural tube closure / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / leukocyte apoptotic process / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / glial cell apoptotic process / NADE modulates death signalling / luteolysis ...caspase-3 / Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / phospholipase A2 activator activity / anterior neural tube closure / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / leukocyte apoptotic process / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / glial cell apoptotic process / NADE modulates death signalling / luteolysis / response to cobalt ion / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / death-inducing signaling complex / cellular response to staurosporine / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Apoptosis induced DNA fragmentation / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / death receptor binding / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / axonal fasciculation / Signaling by Hippo / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / fibroblast apoptotic process / negative regulation of cytokine production / epithelial cell apoptotic process / platelet formation / execution phase of apoptosis / Other interleukin signaling / positive regulation of amyloid-beta formation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / pyroptotic inflammatory response / negative regulation of B cell proliferation / T cell homeostasis / negative regulation of activated T cell proliferation / B cell homeostasis / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / protein maturation / negative regulation of cell cycle / response to X-ray / response to amino acid / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / cell fate commitment / regulation of macroautophagy / response to tumor necrosis factor / Pyroptosis / response to glucose / response to UV / response to glucocorticoid / keratinocyte differentiation / enzyme activator activity / striated muscle cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / intrinsic apoptotic signaling pathway / erythrocyte differentiation / hippocampus development / apoptotic signaling pathway / sensory perception of sound / response to nicotine / regulation of protein stability / protein catabolic process / response to hydrogen peroxide / neuron differentiation / protein processing / response to wounding / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / heart development / peptidase activity / protease binding / neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / learning or memory / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activity / neuronal cell body / DNA damage response / protein-containing complex binding / apoptotic process / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues ...Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(ACE)(1MH)D(B3L)F(1U8) / Caspase-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Solania, A.T. / Gonzalez-Paez, G.E. / Wolan, D.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R21AI112796 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM118382 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Selective and Rapid Cell-Permeable Inhibitor of Human Caspase-3.
著者: Solania, A. / Gonzalez-Paez, G.E. / Wolan, D.W.
履歴
登録2018年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02020年9月30日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_molecule_features ...atom_site / pdbx_molecule_features / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_keywords / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num ..._atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-3 subunit p17
B: Caspase-3 subunit p12
C: ACE-1MH-ASP-B3L-PHE-1U8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5843
ポリマ－33,5843
非ポリマー00
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: previously determined
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.095, 83.892, 95.863
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Caspase-3 subunit p17 / CASP-3


分子量: 19759.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP3, CPP32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42574, caspase-3
#2: タンパク質 Caspase-3 subunit p12 / CASP-3


分子量: 12981.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP3, CPP32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42574, caspase-3
#3: タンパク質・ペプチド ACE-1MH-ASP-B3L-PHE-1U8


タイプ: Peptide-like / クラス: CASPASE inhibitor / 分子量: 842.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: (ACE)(1MH)D(B3L)F(1U8)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 1:1 dilution with 0.10 M sodium citrate, pH 5.4, 15.2 % PEG6000, 0.010 M DTT, 0.02% NaN3.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 41773 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 16.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.063 / Net I/av σ(I): 18.2 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1635 / CC1/2: 0.889 / Rpim(I) all: 0.228 / Rrim(I) all: 0.509 / Rsym value: 0.452 / % possible all: 75.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2747: ???)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JJE

4jje


解像度: 1.5→41.946 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1714 2101 5.03 %
Rwork0.1531 --
obs0.1541 41762 95.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 0 206 2176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072056
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9852771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.1841682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5001-1.5350.25481140.21222074X-RAY DIFFRACTION76
1.535-1.57330.21681310.19482375X-RAY DIFFRACTION88
1.5733-1.61590.2091310.17462662X-RAY DIFFRACTION97
1.6159-1.66340.18971270.1692675X-RAY DIFFRACTION98
1.6634-1.71710.19371520.1632730X-RAY DIFFRACTION99
1.7171-1.77850.16421280.15552673X-RAY DIFFRACTION98
1.7785-1.84970.13771380.14912644X-RAY DIFFRACTION96
1.8497-1.93390.18691430.15692691X-RAY DIFFRACTION99
1.9339-2.03590.18691610.14282699X-RAY DIFFRACTION99
2.0359-2.16340.1791250.14752689X-RAY DIFFRACTION97
2.1634-2.33040.17211330.14372716X-RAY DIFFRACTION98
2.3304-2.56490.17161530.15192723X-RAY DIFFRACTION99
2.5649-2.9360.16211570.15942698X-RAY DIFFRACTION97
2.936-3.69870.15871440.14862786X-RAY DIFFRACTION99
3.6987-41.96240.16631640.14852826X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90970.1424-0.25013.135-1.39612.11080.05210.09960.0804-0.07090.16740.3258-0.1192-0.2362-0.22060.13650.00630.01360.17340.01920.190617.833631.305651.4785
21.5037-0.22490.20862.2774-0.44481.3250.0817-0.1572-0.13770.20490.05340.14490.0964-0.0752-0.14110.2135-0.02730.02010.17510.02890.13823.375416.693569.1338
35.6376-4.7883.84085.1577-5.24546.22950.31070.0397-0.3377-0.2514-0.01780.61710.3297-0.2034-0.27280.2539-0.0745-0.01370.21550.03260.280413.18939.583259.2743
41.0854-0.26280.12471.5134-0.38531.60080.05710.0703-0.1588-0.03880.01520.19430.1846-0.1499-0.07510.1581-0.0273-0.00220.15410.0140.196318.548814.492654.5803
53.8468-0.95781.45951.255-0.28071.80910.09520.1346-0.05840.0468-0.012-0.0540.11230.1435-0.09980.1396-0.0067-0.01240.0865-0.00290.120732.541515.715252.5333
62.0306-0.385-0.01881.3947-0.30240.88840.1202-0.1577-0.13340.1273-0.0362-0.03530.11470.0813-0.06130.1696-0.0183-0.02080.1614-0.00090.159334.304415.619260.3063
72.2666-0.68280.30061.6836-0.93671.94420.0833-0.01650.08640.117-0.038-0.0162-0.1720.069-0.03330.1764-0.02390.00330.1557-0.00930.139935.35728.840659.7036
81.1743-0.63811.00930.9878-0.89591.31360.0722-0.0129-0.05980.09510.00670.0235-0.00520.0055-0.08580.1574-0.0113-0.00650.15300.149536.332321.068458.3273
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 29:51 )A29 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 52:92 )A52 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 93:105 )A93 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 106:154 )A106 - 154
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 155:174 )A155 - 174
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 201:213 )A201 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 214:246 )A214 - 246
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 247:278 )A247 - 278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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