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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ckp
タイトルCrystal structure of a thioredoxin domain 2 from Brucella melitensis at 1.15 Angstrom resolution
要素Thioredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / SSGCID / Brucella melitensis / Thioredoxin / domain-2 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Brucella melitensis (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a thioredoxin domain 2 from Brucella melitensis at 1.15 Angstrom resolution
著者: Mayclin, S.J. / Dranow, D.M. / Buchko, G.W. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7201
ポリマ－13,7201
非ポリマー00
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.240, 40.240, 63.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 13719.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌)
株: abortus 2308 / 遺伝子: BK187_10725 / プラスミド: BrabA.00029.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Z1ZP61, UniProt: Q2YQX0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.4 mg/mL BrabA.00029.a.A1.PB00087 with Emerald Biostructures Primary Precipitant #18 (2 M lithium sulfate, 2% PEG400, 100 mM Tris base, pH 8.5), dc, lbx1-3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月8日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 36050 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.07 % / Biso Wilson estimate: 11.05 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 15.15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.15-1.185.9560.5692.7826620.8230.625100
1.18-1.215.9680.4873.3225770.8760.533100
1.21-1.255.9830.4034.0825220.910.442100
1.25-1.296.0070.3394.8424430.9320.371100
1.29-1.336.0390.2785.8723860.9580.304100
1.33-1.376.0850.2287.122830.970.249100
1.37-1.436.1310.1928.4722360.9780.21100
1.43-1.486.1410.14411.121370.9870.158100
1.48-1.556.0790.11613.9320600.9920.12799.9
1.55-1.636.1730.09416.3819280.9940.103100
1.63-1.716.2230.08119.318700.9950.088100
1.71-1.826.1870.06722.8317630.9960.074100
1.82-1.946.1660.05626.4816510.9980.061100
1.94-2.16.0670.0529.9715510.9980.055100
2.1-2.36.0570.04532.2214250.9980.05100
2.3-2.576.0730.04133.5212820.9990.04599.9
2.57-2.976.1180.0435.4411400.9990.04399.9
2.97-3.646.0140.03836.719620.9990.04299.9
3.64-5.146.0150.03537.547530.9980.038100
5.14-40.245.8160.03636.824190.9970.0499.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
Coot3.24モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2YJ7

2yj7


解像度: 1.15→50 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1612 2096 5.81 %
Rwork0.1405 --
obs0.1417 36050 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 58.84 Å2 / Biso mean: 16.6848 Å2 / Biso min: 7.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数875 0 0 163 1038
Biso mean---27.98 -
残基数----119
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.15-1.17680.20261460.18162248
1.1768-1.20620.20231230.16552261
1.2062-1.23880.19261220.15532294
1.2388-1.27530.19371210.14932240
1.2753-1.31640.15971290.14222294
1.3164-1.36350.1721470.13012232
1.3635-1.41810.15561560.12352243
1.4181-1.48260.13381660.11462256
1.4826-1.56080.15881150.1162259
1.5608-1.65860.15851680.11972226
1.6586-1.78670.1521890.12422224
1.7867-1.96640.1491300.12772283
1.9664-2.2510.13491250.12892297
2.251-2.83590.1721370.1582278
2.8359-500.16731220.15052319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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