PDB-6ckg: D-glycerate 3-kinase from Cryptococcus neoformans var. grubii ser...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ckg

タイトル

D-glycerate 3-kinase from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487)

要素

D-glycerate 3-kinase

キーワード

TRANSFERASE / Cryptococcus neoformans / D-glycerate 3-kinase / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

kinase activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / D-glycerate 3-kinase

機能・相同性情報

生物種

Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Horanyi, P.S. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: D-glycerate 3-kinase from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487)
著者: Horanyi, P.S. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ckg.cif.gz	257.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ckg.ent.gz	205.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ckg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ckg_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ckg_full_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示
XML形式データ	6ckg_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	6ckg_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6ckg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6ckg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1pwe-1 3b7n-d 3b7q-1 5evi-3 6lsv-2 6m4i-2 1pwe-6 6tto-d 1pwe-3 2r9l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: D-glycerate 3-kinase

B: D-glycerate 3-kinase

ヘテロ分子

74.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: D-glycerate 3-kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: D-glycerate 3-kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.740, 87.760, 103.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	D-glycerate 3-kinase 分子量: 37256.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類) 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_07779 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: J9VS00, glycerate 3-kinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.4 uL 20 mg/mL JCSG+ B4, CrneC.19325.a.B1.PW38244 + 0.4 uL 0.1 M HEPES, pH 7.5, 10% w/v PEG8000, 8% v/v ethylene glycol, cryoprotectant: 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月26日
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 53013 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 15.78
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

解像度: 2→38.52 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2251	1998	3.78 %
R_work	0.1787	-	-
obs	0.1805	52884	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4625	0	20	528	5173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4814
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.818	6525
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.607	2895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	698
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	854

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.3006	141	0.2471	3582	X-RAY DIFFRACTION	99
2.05-2.1054	0.2509	141	0.2161	3589	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1054-2.1674	0.2398	141	0.1974	3585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1674-2.2373	0.2376	141	0.1914	3614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2373-2.3173	0.237	141	0.1906	3588	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3173-2.4101	0.286	140	0.189	3603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4101-2.5197	0.2405	143	0.19	3610	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5197-2.6525	0.2837	141	0.19	3612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6525-2.8187	0.2299	143	0.1884	3631	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8187-3.0362	0.2391	143	0.1935	3650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0362-3.3416	0.225	144	0.186	3653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3416-3.8248	0.2044	144	0.1707	3676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8248-4.8174	0.1864	145	0.1443	3692	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8174-38.5269	0.2107	150	0.171	3801	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9293	0.2769	0.2198	1.419	0.0926	1.9643	0.0281	0.0336	0.0001	-0.0768	-0.0078	0.0233	-0.1147	0.0749	-0.0089	0.2222	0.0077	0.0167	0.1876	-0.0043	0.1923	2.6679	6.7284	23.7501
2	0.5877	0.0583	-0.1224	2.1007	0.0175	2.4081	0.0601	-0.0411	0.0074	0.0975	0.0076	-0.0893	-0.1528	0.3114	-0.0674	0.1689	-0.0393	0.0074	0.2394	-0.0027	0.2235	45.1279	8.8887	23.7972

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 9 through 314)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 9 through 314)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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