PDB-6ck7: Crystal structure of a peptide deformylase from Legionella pneumo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ck7

タイトル

Crystal structure of a peptide deformylase from Legionella pneumophila bound to actinonin

要素

Peptide deformylase

キーワード

HYDROLASE/ANTIBIOTIC / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / structural genomics / Legionnaires' disease / formyl-L-methionyl peptide / formate / methionyl peptide / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a peptide deformylase from Legionella pneumophila bound to actinonin
著者: Edwards, T.E. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D.

履歴

登録	2018年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ck7.cif.gz	307.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ck7.ent.gz	248.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ck7_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ck7_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6ck7_validation.xml.gz	34.5 KB	表示
CIF形式データ	6ck7_validation.cif.gz	49.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6ck7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6ck7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6cazS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mww-d 4lt5-d 2zb4-d 5xkt-d 2nud-2 2aqp-d 3bdr-1 2qtp-2 1ub4-d 5ky7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: LepnA.00882.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptide deformylase

B: Peptide deformylase

C: Peptide deformylase

D: Peptide deformylase

ヘテロ分子

83.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Peptide deformylase

B: Peptide deformylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Peptide deformylase

D: Peptide deformylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.650, 132.060, 90.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.640, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Peptide deformylase / PDF / Polypeptide deformylase 分子量: 20288.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: def_2, def, def_1, def_3, A1D14_13265, A9P85_13750, ERS240541_01674, ERS240560_02189, ERS253249_00325, lpymg_02824 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A128NM93, UniProt: Q5ZSC4*PLUS, peptide deformylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-BB2 / ACTINONIN / 2-[(FORMYL-HYDROXY-AMINO)-METHYL]-HEPTANOIC ACID [1-(2-HYDROXYMETHYL-PYRROLIDINE-1-CARBONYL)-2-METHYL-PROPYL]-AMIDE / (-)-アクチノニン分子量: 385.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₅N₃O₅ / コメント: 抗腫瘍剤, 抗生剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 16.2 mg/mL LepnA.00882.a.B1.PW38390 + 2 mM actinonin against Wiz III/IV screen condition C6 (25.5% PEG4000, 0.17 M ammonium, 15% glycerol), cryoprotection: direct, crystal tracking ID ...詳細: 16.2 mg/mL LepnA.00882.a.B1.PW38390 + 2 mM actinonin against Wiz III/IV screen condition C6 (25.5% PEG4000, 0.17 M ammonium, 15% glycerol), cryoprotection: direct, crystal tracking ID 297899c6, unique puck ID iap4-1

結晶

マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.45 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16.2 mg/mL LepnA.00882.a.B1.PW38390 + 2 mM actinonin against Wiz III/IV screen condition C6 (25.5% PEG4000, 0.17 M ammonium, 15% glycerol), cryoprotection: direct, crystal tracking ID ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月7日

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97741 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→43.391 Å / Num. obs: 119433 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.162 % / B_iso Wilson estimate: 22.74 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_rim(I) all: 0.044 / Χ²: 1.08 / Net I/σ(I): 15.82 / Num. measured all: 377650 / Scaling rejects: 449

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.69	2.207	0.311	2.48	18019	8966	8163	0.874	0.396	91
1.69-1.74	2.611	0.293	3.01	22763	8790	8717	0.894	0.365	99.2
1.74-1.79	2.922	0.236	4.06	25005	8586	8557	0.935	0.289	99.7
1.79-1.84	3.315	0.194	5.41	27188	8203	8201	0.964	0.232	100
1.84-1.91	3.337	0.156	6.83	26708	8030	8004	0.977	0.187	99.7
1.91-1.97	3.225	0.12	9.11	24735	7769	7670	0.983	0.144	98.7
1.97-2.05	3.43	0.09	11.91	25723	7537	7499	0.991	0.106	99.5
2.05-2.13	3.324	0.076	14.27	23739	7233	7142	0.993	0.09	98.7
2.13-2.22	3.443	0.062	17.06	23599	6929	6855	0.995	0.073	98.9
2.22-2.33	3.227	0.057	18.55	20768	6588	6435	0.995	0.069	97.7
2.33-2.46	3.383	0.05	20.86	20990	6305	6204	0.996	0.06	98.4
2.46-2.61	3.297	0.045	22.9	19242	5955	5837	0.997	0.054	98
2.61-2.79	3.38	0.039	25.85	18572	5631	5494	0.997	0.046	97.6
2.79-3.01	3.207	0.036	27.79	16271	5215	5074	0.997	0.043	97.3
3.01-3.3	3.269	0.031	30.88	15166	4763	4640	0.998	0.037	97.4
3.3-3.69	3.276	0.028	33.72	13815	4369	4217	0.998	0.033	96.5
3.69-4.26	3.221	0.026	34.66	11962	3844	3714	0.999	0.031	96.6
4.26-5.22	3.277	0.024	35.79	10373	3268	3165	0.999	0.029	96.8
5.22-7.38	3.454	0.026	35.69	8563	2539	2479	0.999	0.03	97.6
7.38-43.391	3.257	0.022	36.44	4449	1414	1366	0.999	0.026	96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6CAZ

6caz

解像度: 1.65→43.391 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2078	1947	1.63 %
R_work	0.1822	-	-
obs	0.1826	119355	97.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.84 Å² / B_iso mean: 33.0307 Å² / B_iso min: 13.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→43.391 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5368	0	137	642	6147
B_iso mean	-	-	38.32	42.04	-
残基数	-	-	-	-	688

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6912	0.2861	110	0.2358	7732	7842	91
1.6912-1.737	0.2366	137	0.221	8483	8620	99
1.737-1.7881	0.2172	136	0.201	8562	8698	100
1.7881-1.8458	0.2368	122	0.1938	8497	8619	100
1.8458-1.9118	0.2278	168	0.2	8461	8629	99
1.9118-1.9883	0.2198	116	0.1952	8465	8581	99
1.9883-2.0788	0.2196	161	0.1818	8467	8628	99
2.0788-2.1884	0.2003	173	0.1738	8429	8602	99
2.1884-2.3255	0.21	158	0.18	8408	8566	98
2.3255-2.505	0.2074	129	0.1838	8417	8546	98
2.505-2.7571	0.2067	150	0.1877	8381	8531	98
2.7571-3.1559	0.2223	153	0.1872	8325	8478	97
3.1559-3.9757	0.19	131	0.1738	8320	8451	97
3.9757-43.4063	0.1933	103	0.1708	8461	8564	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5931	-0.0525	0.4051	2.4074	-1.1542	6.1677	-0.0558	-0.0999	0.1607	0.4339	-0.0294	-0.2965	-0.3796	0.3542	0.0881	0.2095	-0.0482	-0.0718	0.1464	-0.0042	0.2352	0.9123	20.0808	34.7534
2	5.8893	0.5607	4.9855	3.3501	-1.6324	8.1813	-0.1062	-0.2919	0.1002	0.4338	0.0128	0.0906	-0.5004	-0.315	0.1251	0.1826	0.0239	0.0255	0.1321	-0.0228	0.1849	-9.7122	20.3671	37.6374
3	3.7045	0.4044	0.7714	6.1034	-0.8477	5.3154	-0.0156	-0.1122	-0.1475	0.2265	-0.0534	0.0839	0.0421	-0.2336	0.0958	0.116	0.0177	0.0207	0.1245	-0.0284	0.1083	-6.6371	14.2441	32.3696
4	0.3608	0.7299	0.4355	3.841	-0.0297	5.0789	0.0781	0.0166	-0.2076	0.192	-0.0789	-0.0214	0.8131	0.0025	0.0131	0.2591	0.0014	-0.0222	0.1663	0.0096	0.2596	-5.2656	2.5695	33.2548
5	0.5048	0.1628	-0.232	1.7721	0.0165	4.2092	0.0102	-0.0172	-0.1522	0.2753	-0.013	-0.1215	0.5792	-0.0371	0.0065	0.2401	0.0104	-0.0168	0.1721	0.0135	0.2224	-3.8925	5.1523	32.5751
6	5.8598	-2.05	-3.8415	5.846	5.2563	7.168	-0.1064	0.0584	-0.342	0.2758	0.0967	-0.5943	0.1475	-0.0057	-0.0143	0.1763	0.0379	-0.0071	0.2686	0.0047	0.2998	5.6815	6.8016	22.9116
7	9.4671	-6.2832	2.6851	4.7384	-3.3044	4.7553	0.0126	0.8733	0.5897	-0.4792	-0.2973	-0.4891	-0.2325	0.5009	0.2944	0.1985	-0.0778	-0.0278	0.3373	0.0536	0.2739	1.665	18.6014	12.3999
8	2.7363	3.8326	-2.4822	6.7186	-3.0394	4.3196	-0.0961	0.2106	0.3371	-0.2782	0.075	0.0491	-0.4574	-0.196	-0.1149	0.2218	0.0163	-0.0502	0.1995	0.0197	0.2829	-16.8356	24.9469	9.894
9	3.6048	0.4389	0.7296	2.4999	-0.4791	3.0932	-0.1682	0.364	0.3593	-0.5004	0.0758	0.1315	-0.2519	-0.0424	0.0952	0.2455	-0.0231	-0.0418	0.1878	0.0284	0.1815	-16.8081	20.1212	2.9777
10	2.6209	-0.6028	1.488	8.0078	0.232	6.0234	-0.0518	0.3569	0.0601	-0.5192	0.0672	-0.5174	0.1066	0.3629	-0.0015	0.2439	-0.0422	0.0573	0.2193	0.0281	0.1815	-12.3126	13.2937	1.3417
11	3.0375	1.7788	4.0558	5.9984	3.4979	7.8229	0.2597	0.188	-0.3148	-0.0528	0.0914	0.1027	0.9089	0.0027	-0.349	0.2463	-0.0277	-0.0236	0.2198	-0.0451	0.2391	-18.735	-0.9429	8.4953
12	2.2424	2.6006	2.6818	3.0284	2.9688	6.9346	0.0974	-0.003	-0.031	0.2017	-0.0333	-0.0586	0.366	-0.1422	-0.1114	0.0951	-0.0095	0.0319	0.1919	-0.0096	0.1735	-18.3664	7.2672	16.7061
13	0.7804	-0.621	0.0446	1.4406	0.6921	3.3179	-0.0021	0.2799	-0.1134	-1.4229	-0.1838	-0.3674	0.429	0.4733	0.0465	0.4683	-0.0238	0.0045	0.3281	-0.0282	0.1842	-14.5546	7.7199	-5.4764
14	2.4882	-0.0355	0.8887	2.7216	-0.552	5.7727	0.0079	0.2686	-0.1483	-0.4335	0.1156	-0.0126	0.4007	0.1702	-0.0977	0.2214	-0.0403	-0.0051	0.2046	-0.0348	0.1536	-16.4539	5.6945	3.8011
15	6.5156	0.9386	-1.4873	8.6871	-5.9239	6.7699	-0.2163	0.0843	-0.3284	-0.1946	0.4132	0.4557	0.2713	-0.4163	-0.2454	0.1469	-0.0302	0.0073	0.253	-0.0192	0.2479	-26.1738	7.3579	15.1663
16	4.6997	5.1041	2.952	5.6573	3.4295	4.1646	-0.0359	-0.7696	0.2476	0.4691	-0.2234	0.0715	-0.2393	-0.4392	0.3611	0.204	0.0937	-0.0273	0.3835	-0.0672	0.3168	-22.1437	17.7138	27.0124
17	8.7021	4.1386	3.4784	6.1294	0.6705	6.8385	0.1853	0.121	-0.4541	-0.2728	-0.0902	-0.0419	0.576	0.106	-0.0944	0.2967	0.054	0.062	0.1247	0.0045	0.162	-8.825	37.3124	8.4929
18	4.3842	0.6094	-0.3723	4.0148	0.4631	0.1087	-0.2493	0.6044	-0.1055	-0.8227	-0.0163	0.1537	0.218	0.3386	-0.0085	0.4005	0.037	0.1501	0.3802	0.0508	0.1089	-6.9403	44.6296	-3.5999
19	4.0513	-0.9067	2.17	3.2258	-2.4178	2.5325	0.112	0.0308	-0.1515	-0.3561	0.066	0.2927	0.3549	-0.0072	-0.1591	0.2395	-0.0253	0.0125	0.1452	-0.0121	0.209	-18.1522	40.5526	5.3185
20	5.0546	-0.6611	0.7982	5.9821	-0.8409	7.1432	-0.0699	-0.0605	0.2414	-0.1683	-0.084	0.2942	-0.0097	-0.2493	0.102	0.1467	-0.0221	-0.0054	0.0984	-0.02	0.1422	-13.3275	46.8217	7.5304
21	1.3508	-0.2087	1.6088	1.7889	-0.3785	3.4803	-0.4157	0.0754	0.4313	-0.1937	-0.0654	0.0153	-0.7223	0.037	0.3876	0.3155	0.0032	-0.059	0.1726	0.0199	0.2706	-12.1708	56.2413	7.3294
22	2.7461	-0.9275	2.4421	2.2107	-0.3636	4.954	-0.3364	0.1663	0.4116	-0.3481	-0.0374	-0.0598	-0.4603	0.2023	0.3425	0.3029	-0.0442	-0.0423	0.1754	0.0588	0.2513	-8.031	56.1604	7.0089
23	4.5824	4.1194	-2.6915	4.3643	-3.4709	7.204	-0.1526	-0.3813	-0.2393	0.0115	-0.3504	-0.7517	0.5394	0.9082	0.5062	0.2179	0.0882	0.032	0.3518	0.0554	0.3012	3.5806	43.1151	21.8581
24	3.9466	-1.0165	0.8398	2.3335	1.4297	4.7911	-0.0979	-0.3436	-0.277	0.5438	0.0442	0.0092	0.5254	-0.1437	0.0611	0.3808	-0.0222	0.0956	0.1998	0.0562	0.2151	-12.1868	38.7741	39.4497
25	2.8563	-0.5397	0.3336	3.9253	-0.3151	6.521	-0.1679	-0.0729	-0.0092	0.207	0.0474	-0.2856	0.2182	0.261	0.1322	0.1955	0.044	0.0131	0.1419	-0.0041	0.168	-4.1057	43.5686	36.5796
26	3.116	1.4397	2.8386	8.2442	5.5424	8.6603	-0.281	-0.1717	0.213	-0.0109	0.0694	0.1081	-0.7479	-0.0943	0.3024	0.3027	0.0486	-0.0161	0.2362	-0.0558	0.244	-12.1581	62.1437	35.1893
27	1.2609	0.4689	1.0519	2.6629	0.7115	3.3915	-0.1384	-0.0813	0.0213	0.3365	0.0908	-0.1899	-0.1428	0.1993	0.071	0.2184	0.037	-0.0085	0.2036	-0.0419	0.1761	-8.9158	54.1129	36.6517
28	3.9675	-1.4567	0.5034	5.0023	1.1159	4.6315	-0.113	0.1475	-0.1538	-0.0145	-0.2604	0.4369	0.3397	-0.7629	0.3955	0.2019	-0.0802	0.085	0.2957	-0.0383	0.2253	-23.3659	45.6654	23.6048

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 25 )	A	-1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 41 )	A	26 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 42 through 66 )	A	42 - 66
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 90 )	A	67 - 90
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 91 through 139 )	A	91 - 139
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 140 through 148 )	A	140 - 148
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 149 through 170 )	A	149 - 170
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid -1 through 11 )	B	-1 - 11
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 12 through 52 )	B	12 - 52
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 53 through 76 )	B	53 - 76
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 77 through 90 )	B	77 - 90
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 91 through 105 )	B	91 - 105
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 106 through 117 )	B	106 - 117
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 118 through 139 )	B	118 - 139
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 140 through 148 )	B	140 - 148
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 149 through 170 )	B	149 - 170
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid -1 through 11 )	C	-1 - 11
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 12 through 25 )	C	12 - 25
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 26 through 41 )	C	26 - 41
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 42 through 66 )	C	42 - 66
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 67 through 117 )	C	67 - 117
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 118 through 148 )	C	118 - 148
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 149 through 170 )	C	149 - 170
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid -1 through 25 )	D	-1 - 25
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 26 through 76 )	D	26 - 76
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 77 through 89 )	D	77 - 89
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 90 through 139 )	D	90 - 139
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 140 through 170 )	D	140 - 170

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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