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- PDB-6ck7: Crystal structure of a peptide deformylase from Legionella pneumo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ck7
タイトルCrystal structure of a peptide deformylase from Legionella pneumophila bound to actinonin
要素Peptide deformylase
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / structural genomics / Legionnaires' disease / formyl-L-methionyl peptide / formate / methionyl peptide / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide deformylase / peptide deformylase activity / : / translation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptide Deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase superfamily / Polypeptide deformylase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACTINONIN / Peptide deformylase / Peptide deformylase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Structures of Legionella pneumophila serogroup 1 peptide deformylase bound to nickel(II) and actinonin.
著者: Nguyen, C.L. / Fan, W. / Fisher, S. / Matthews, K. / Norman, J.O. / Abendroth, J. / Barrett, K.F. / Craig, J.K. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / McLaughlin, K.J.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22025年4月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide deformylase
B: Peptide deformylase
C: Peptide deformylase
D: Peptide deformylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,43917
ポリマ－81,1554
非ポリマー2,28413
水11,422634
1
A: Peptide deformylase
B: Peptide deformylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6718
ポリマ－40,5772
非ポリマー1,0946
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
2
C: Peptide deformylase
D: Peptide deformylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7679
ポリマ－40,5772
非ポリマー1,1907
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area15050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.650, 132.060, 90.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Peptide deformylase / PDF / Polypeptide deformylase


分子量: 20288.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: def_2, def, def_1, def_3, A1D14_13265, A9P85_13750, ERS240541_01674, ERS240560_02189, ERS253249_00325, lpymg_02824
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A128NM93, UniProt: Q5ZSC4*PLUS, peptide deformylase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-BB2 / ACTINONIN / 2-[(FORMYL-HYDROXY-AMINO)-METHYL]-HEPTANOIC ACID [1-(2-HYDROXYMETHYL-PYRROLIDINE-1-CARBONYL)-2-METHYL-PROPYL]-AMIDE / (-)-アクチノニン


分子量: 385.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H35N3O5 / コメント: 抗腫瘍剤, 抗生剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16.2 mg/mL LepnA.00882.a.B1.PW38390 + 2 mM actinonin against Wiz III/IV screen condition C6 (25.5% PEG4000, 0.17 M ammonium, 15% glycerol), cryoprotection: direct, crystal tracking ID ...詳細: 16.2 mg/mL LepnA.00882.a.B1.PW38390 + 2 mM actinonin against Wiz III/IV screen condition C6 (25.5% PEG4000, 0.17 M ammonium, 15% glycerol), cryoprotection: direct, crystal tracking ID 297899c6, unique puck ID iap4-1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月7日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→43.391 Å / Num. obs: 119433 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.162 % / Biso Wilson estimate: 22.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rrim(I) all: 0.044 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 15.82 / Num. measured all: 377650 / Scaling rejects: 449
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.65-1.692.2070.3112.4818019896681630.8740.39691
1.69-1.742.6110.2933.0122763879087170.8940.36599.2
1.74-1.792.9220.2364.0625005858685570.9350.28999.7
1.79-1.843.3150.1945.4127188820382010.9640.232100
1.84-1.913.3370.1566.8326708803080040.9770.18799.7
1.91-1.973.2250.129.1124735776976700.9830.14498.7
1.97-2.053.430.0911.9125723753774990.9910.10699.5
2.05-2.133.3240.07614.2723739723371420.9930.0998.7
2.13-2.223.4430.06217.0623599692968550.9950.07398.9
2.22-2.333.2270.05718.5520768658864350.9950.06997.7
2.33-2.463.3830.0520.8620990630562040.9960.0698.4
2.46-2.613.2970.04522.919242595558370.9970.05498
2.61-2.793.380.03925.8518572563154940.9970.04697.6
2.79-3.013.2070.03627.7916271521550740.9970.04397.3
3.01-3.33.2690.03130.8815166476346400.9980.03797.4
3.3-3.693.2760.02833.7213815436942170.9980.03396.5
3.69-4.263.2210.02634.6611962384437140.9990.03196.6
4.26-5.223.2770.02435.7910373326831650.9990.02996.8
5.22-7.383.4540.02635.698563253924790.9990.0397.6
7.38-43.3913.2570.02236.444449141413660.9990.02696.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6CAZ

6caz


解像度: 1.65→43.391 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2078 1947 1.63 %
Rwork0.1822 --
obs0.1826 119355 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.84 Å2 / Biso mean: 33.0307 Å2 / Biso min: 13.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→43.391 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5368 0 137 642 6147
Biso mean--38.32 42.04 -
残基数----688
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.69120.28611100.23587732784291
1.6912-1.7370.23661370.2218483862099
1.737-1.78810.21721360.20185628698100
1.7881-1.84580.23681220.193884978619100
1.8458-1.91180.22781680.28461862999
1.9118-1.98830.21981160.19528465858199
1.9883-2.07880.21961610.18188467862899
2.0788-2.18840.20031730.17388429860299
2.1884-2.32550.211580.188408856698
2.3255-2.5050.20741290.18388417854698
2.505-2.75710.20671500.18778381853198
2.7571-3.15590.22231530.18728325847897
3.1559-3.97570.191310.17388320845197
3.9757-43.40630.19331030.17088461856497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5931-0.05250.40512.4074-1.15426.1677-0.0558-0.09990.16070.4339-0.0294-0.2965-0.37960.35420.08810.2095-0.0482-0.07180.1464-0.00420.23520.912320.080834.7534
25.88930.56074.98553.3501-1.63248.1813-0.1062-0.29190.10020.43380.01280.0906-0.5004-0.3150.12510.18260.02390.02550.1321-0.02280.1849-9.712220.367137.6374
33.70450.40440.77146.1034-0.84775.3154-0.0156-0.1122-0.14750.2265-0.05340.08390.0421-0.23360.09580.1160.01770.02070.1245-0.02840.1083-6.637114.244132.3696
40.36080.72990.43553.841-0.02975.07890.07810.0166-0.20760.192-0.0789-0.02140.81310.00250.01310.25910.0014-0.02220.16630.00960.2596-5.26562.569533.2548
50.50480.1628-0.2321.77210.01654.20920.0102-0.0172-0.15220.2753-0.013-0.12150.5792-0.03710.00650.24010.0104-0.01680.17210.01350.2224-3.89255.152332.5751
65.8598-2.05-3.84155.8465.25637.168-0.10640.0584-0.3420.27580.0967-0.59430.1475-0.0057-0.01430.17630.0379-0.00710.26860.00470.29985.68156.801622.9116
79.4671-6.28322.68514.7384-3.30444.75530.01260.87330.5897-0.4792-0.2973-0.4891-0.23250.50090.29440.1985-0.0778-0.02780.33730.05360.27391.66518.601412.3999
82.73633.8326-2.48226.7186-3.03944.3196-0.09610.21060.3371-0.27820.0750.0491-0.4574-0.196-0.11490.22180.0163-0.05020.19950.01970.2829-16.835624.94699.894
93.60480.43890.72962.4999-0.47913.0932-0.16820.3640.3593-0.50040.07580.1315-0.2519-0.04240.09520.2455-0.0231-0.04180.18780.02840.1815-16.808120.12122.9777
102.6209-0.60281.4888.00780.2326.0234-0.05180.35690.0601-0.51920.0672-0.51740.10660.3629-0.00150.2439-0.04220.05730.21930.02810.1815-12.312613.29371.3417
113.03751.77884.05585.99843.49797.82290.25970.188-0.3148-0.05280.09140.10270.90890.0027-0.3490.2463-0.0277-0.02360.2198-0.04510.2391-18.735-0.94298.4953
122.24242.60062.68183.02842.96886.93460.0974-0.003-0.0310.2017-0.0333-0.05860.366-0.1422-0.11140.0951-0.00950.03190.1919-0.00960.1735-18.36647.267216.7061
130.7804-0.6210.04461.44060.69213.3179-0.00210.2799-0.1134-1.4229-0.1838-0.36740.4290.47330.04650.4683-0.02380.00450.3281-0.02820.1842-14.55467.7199-5.4764
142.4882-0.03550.88872.7216-0.5525.77270.00790.2686-0.1483-0.43350.1156-0.01260.40070.1702-0.09770.2214-0.0403-0.00510.2046-0.03480.1536-16.45395.69453.8011
156.51560.9386-1.48738.6871-5.92396.7699-0.21630.0843-0.3284-0.19460.41320.45570.2713-0.4163-0.24540.1469-0.03020.00730.253-0.01920.2479-26.17387.357915.1663
164.69975.10412.9525.65733.42954.1646-0.0359-0.76960.24760.4691-0.22340.0715-0.2393-0.43920.36110.2040.0937-0.02730.3835-0.06720.3168-22.143717.713827.0124
178.70214.13863.47846.12940.67056.83850.18530.121-0.4541-0.2728-0.0902-0.04190.5760.106-0.09440.29670.0540.0620.12470.00450.162-8.82537.31248.4929
184.38420.6094-0.37234.01480.46310.1087-0.24930.6044-0.1055-0.8227-0.01630.15370.2180.3386-0.00850.40050.0370.15010.38020.05080.1089-6.940344.6296-3.5999
194.0513-0.90672.173.2258-2.41782.53250.1120.0308-0.1515-0.35610.0660.29270.3549-0.0072-0.15910.2395-0.02530.01250.1452-0.01210.209-18.152240.55265.3185
205.0546-0.66110.79825.9821-0.84097.1432-0.0699-0.06050.2414-0.1683-0.0840.2942-0.0097-0.24930.1020.1467-0.0221-0.00540.0984-0.020.1422-13.327546.82177.5304
211.3508-0.20871.60881.7889-0.37853.4803-0.41570.07540.4313-0.1937-0.06540.0153-0.72230.0370.38760.31550.0032-0.0590.17260.01990.2706-12.170856.24137.3294
222.7461-0.92752.44212.2107-0.36364.954-0.33640.16630.4116-0.3481-0.0374-0.0598-0.46030.20230.34250.3029-0.0442-0.04230.17540.05880.2513-8.03156.16047.0089
234.58244.1194-2.69154.3643-3.47097.204-0.1526-0.3813-0.23930.0115-0.3504-0.75170.53940.90820.50620.21790.08820.0320.35180.05540.30123.580643.115121.8581
243.9466-1.01650.83982.33351.42974.7911-0.0979-0.3436-0.2770.54380.04420.00920.5254-0.14370.06110.3808-0.02220.09560.19980.05620.2151-12.186838.774139.4497
252.8563-0.53970.33363.9253-0.31516.521-0.1679-0.0729-0.00920.2070.0474-0.28560.21820.2610.13220.19550.0440.01310.1419-0.00410.168-4.105743.568636.5796
263.1161.43972.83868.24425.54248.6603-0.281-0.17170.213-0.01090.06940.1081-0.7479-0.09430.30240.30270.0486-0.01610.2362-0.05580.244-12.158162.143735.1893
271.26090.46891.05192.66290.71153.3915-0.1384-0.08130.02130.33650.0908-0.1899-0.14280.19930.0710.21840.037-0.00850.2036-0.04190.1761-8.915854.112936.6517
283.9675-1.45670.50345.00231.11594.6315-0.1130.1475-0.1538-0.0145-0.26040.43690.3397-0.76290.39550.2019-0.08020.0850.2957-0.03830.2253-23.365945.665423.6048
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 25 )A-1 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 41 )A26 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 66 )A42 - 66
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 67 through 90 )A67 - 90
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 91 through 139 )A91 - 139
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 140 through 148 )A140 - 148
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 149 through 170 )A149 - 170
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid -1 through 11 )B-1 - 11
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 12 through 52 )B12 - 52
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 53 through 76 )B53 - 76
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 77 through 90 )B77 - 90
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 91 through 105 )B91 - 105
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 106 through 117 )B106 - 117
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 118 through 139 )B118 - 139
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 140 through 148 )B140 - 148
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 149 through 170 )B149 - 170
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid -1 through 11 )C-1 - 11
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 12 through 25 )C12 - 25
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 26 through 41 )C26 - 41
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 42 through 66 )C42 - 66
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 67 through 117 )C67 - 117
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 118 through 148 )C118 - 148
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 149 through 170 )C149 - 170
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid -1 through 25 )D-1 - 25
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 26 through 76 )D26 - 76
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 77 through 89 )D77 - 89
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 90 through 139 )D90 - 139
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 140 through 170 )D140 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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