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- PDB-6cjz: Solution Structure of Amebosin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cjz
タイトルSolution Structure of Amebosin
要素Amoebiasin-1
キーワードPROTEIN FIBRIL / amebosin
機能・相同性Proteinase inhibitor I42, chagasin / Chagasin-like superfamily / : / Chagasin family peptidase inhibitor I42 / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / enzyme binding / cytoplasm / Amoebiasin-1
機能・相同性情報
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法溶液NMR / na
データ登録者Mendoza, A. / Flores-Solis, D. / Del Rio Portilla, F. / Brieba de Castro, L.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
DGAPA207516 メキシコ
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2020
タイトル: Solution structure of the inhibitor of cysteine proteases 1 from Entamoeba histolytica reveals a possible auto regulatory mechanism.
著者: Flores-Solis, D. / Mendoza, A. / Renteria-Gonzalez, I. / Casados-Vazquez, L.E. / Trasvina-Arenas, C.H. / Jimenez-Sandoval, P. / Benitez-Cardoza, C.G. / Del Rio-Portilla, F. / Brieba, L.G.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_software
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amoebiasin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3801
ポリマ－11,3801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Amoebiasin-1 / Cysteine protease inhibitor 1 / EhICP1 / ICP-1


分子量: 11379.565 Da / 分子数: 1 / 変異: C42S, C61S, C63S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: AMS, ICP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6KCA4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D DQF-COSY
142isotropic22D 1H-15N HSQC
152isotropic23D 1H-15N NOESY
162isotropic23D 1H-15N TOCSY
173isotropic23D HNCO
183isotropic23D HNCA
193isotropic23D HN(CA)CB
1103isotropic23D HN(CO)CA
1113isotropic23D 1H-15N TOCSY
1123isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1133isotropic23D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM Amebosin, 95% H2O/5% D2ONatural Label95% H2O/5% D2O
solution21 mM [U-99% 15N] Amebosin, 95% H2O/5% D2ON15 labelled95% H2O/5% D2O
solution31 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Amebosin, 95% H2O/5% D2ODouble labelled95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMAmebosinnatural abundance1
1 mMAmebosin[U-99% 15N]2
1 mMAmebosin[U-99% 13C; U-99% 15N]3
試料状態イオン強度: 1 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Varian INOVAVarianINOVA50013mm triple nucleus
Varian VXRSVarianVXRS70025mm Cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: na / ソフトェア番号: 2 / 詳細: AutoNOE assignment
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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