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- PDB-6cj6: Structure of the poxvirus protein F9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cj6
タイトルStructure of the poxvirus protein F9
要素Protein F9
キーワードVIRAL PROTEIN / entry fusion complex associated protein
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / viral envelope / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Virion membrane protein, poxvirus L1-related / Lipid membrane protein of large eukaryotic DNA viruses
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Chem-ETE / 2-ETHOXYETHANOL / METHANOL / 1,3-PROPANDIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / S-1,2-PROPANEDIOL / Protein F9
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Diesterbeck, U.S. / Gittis, A.G. / Garboczi, D.N. / Moss, B.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: The 2.1 angstrom structure of protein F9 and its comparison to L1, two components of the conserved poxvirus entry-fusion complex.
著者: Diesterbeck, U.S. / Gittis, A.G. / Garboczi, D.N. / Moss, B.
履歴
登録2018年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein F9
B: Protein F9
C: Protein F9
D: Protein F9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,217183
ポリマ－78,5434
非ポリマー13,675179
水3,891216
1
A: Protein F9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,16452
ポリマ－19,6361
非ポリマー3,52851
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein F9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,26937
ポリマ－19,6361
非ポリマー2,63336
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein F9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,06043
ポリマ－19,6361
非ポリマー3,42442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Protein F9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,72551
ポリマ－19,6361
非ポリマー4,08950
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.450, 75.080, 136.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Protein F9


分子量: 19635.631 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-176 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (strain Western Reserve) (ウイルス)
株: Western Reserve / 遺伝子: VACWR048, F9L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24361

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非ポリマー , 15種, 395分子

#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#8: 化合物...
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#9: 化合物...
ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#10: 化合物
ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#11: 化合物
ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#12: 化合物 ChemComp-ETE / 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 208.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O5
#13: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#14: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL, PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#15: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals were grown from a solution containing 25% PEG 8000, 10% ethanol, 1-5% cocktail mixture of low molecular alcohols, 30% sucrose at pH 8.5 buffered with Tris in the presence of 50mM ...詳細: Crystals were grown from a solution containing 25% PEG 8000, 10% ethanol, 1-5% cocktail mixture of low molecular alcohols, 30% sucrose at pH 8.5 buffered with Tris in the presence of 50mM NaCl. The protein concentration was 10mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.86 Å / Num. obs: 37485 / % possible obs: 93.83 % / 冗長度: 8.7 % / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Num. unique obs: 1884 / % possible all: 67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→38.86 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 32.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2685 2000 5.34 %
Rwork0.2257 --
obs0.2279 37485 93.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4927 0 898 216 6041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0145744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7287377
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6051955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06818
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02895
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15250.38171010.35181783X-RAY DIFFRACTION67
2.1525-2.21070.35651130.31472017X-RAY DIFFRACTION75
2.2107-2.27570.36651250.2942223X-RAY DIFFRACTION84
2.2757-2.34910.28661370.26572429X-RAY DIFFRACTION91
2.3491-2.43310.30261500.26952653X-RAY DIFFRACTION98
2.4331-2.53050.3061470.25412627X-RAY DIFFRACTION99
2.5305-2.64560.36441500.26142659X-RAY DIFFRACTION99
2.6456-2.78510.3461510.2382672X-RAY DIFFRACTION99
2.7851-2.95950.24941510.23492684X-RAY DIFFRACTION100
2.9595-3.18790.27171510.22482683X-RAY DIFFRACTION100
3.1879-3.50860.24431530.20082701X-RAY DIFFRACTION100
3.5086-4.01580.20611530.19412728X-RAY DIFFRACTION100
4.0158-5.05770.22911570.18382769X-RAY DIFFRACTION100
5.0577-38.86670.26861610.22682857X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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