PDB-6cin: Crystal structure of pyruvate:ferredoxin oxidoreductase from Moor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cin

タイトル

Crystal structure of pyruvate:ferredoxin oxidoreductase from Moorella thermoacetica

要素

PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / pyruvate:ferredoxin oxidoreductase / thiamine pyrophosphate / coenzyme A / gated electron transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate synthase / pyruvate synthase activity / thiamine pyrophosphate binding / electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / iron ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Moorella thermoacetica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Chen, P.Y.-T. / Drennan, C.L.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM069857	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM39451	米国

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Binding site for coenzyme A revealed in the structure of pyruvate:ferredoxin oxidoreductase fromMoorella thermoacetica.
著者: Chen, P.Y. / Aman, H. / Can, M. / Ragsdale, S.W. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2018年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.4	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cin.cif.gz	2.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cin.ent.gz	2.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cin.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cin_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cin_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6cin_validation.xml.gz	224.3 KB	表示
CIF形式データ	6cin_validation.cif.gz	304.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6cin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/6cin	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6cioC 6cipC 6ciqC 2c42S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cio-1 6cip-1 6cip-2 6cio-3 6ciq-2 6ciq-1 6cio-2 6cip-3 2c3y-d 6ty9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (5) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (5) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (3) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (5) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (5) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

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wwPDB /

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「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (5)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (4)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
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複合体I (Complex I)
類似性 (5)
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ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (3)
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光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (5)
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光化学系I (Photosystem I)
類似性 (5)
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カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (5)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (5)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

B: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

C: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

D: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

E: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

F: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

774 kDa, 6 ポリマー
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1

A: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

B: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
258 kDa, 2 ポリマー
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2

C: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

D: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
258 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

F: PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
258 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	340.611, 106.634, 239.079
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE 分子量: 127423.125 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (バクテリア) 株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_0064 / 発現宿主: Moorella thermoacetica (バクテリア) 参照: UniProt: Q2RMD6, Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With an iron-sulfur protein as acceptor

#1: タンパク質

PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

分子量: 127423.125 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (バクテリア)
株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_0064 / 発現宿主:

Moorella thermoacetica (バクテリア)
参照: UniProt: Q2RMD6, Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With an iron-sulfur protein as acceptor

-
非ポリマー , 5種, 476分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15-16% (w/v) PEG 4000, 0.21 M (NH4)2SO4 and 0.10 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 247841 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.3 % / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 11915 / R_sym value: 0.582

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2C42

2c42

解像度: 2.6→88.952 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2269	12231	5 %
R_work	0.1949	-	-
obs	0.1965	244551	98.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→88.952 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	53090	0	341	439	53870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	54649
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.561	74271
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.067	32705
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	8201
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	9572

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6295	0.3186	392	0.3063	7458	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6295-2.6605	0.3259	403	0.2946	7673	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6605-2.6929	0.3436	400	0.2927	7584	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6929-2.727	0.3282	403	0.2755	7688	X-RAY DIFFRACTION	98
2.727-2.7629	0.3138	405	0.2695	7663	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7629-2.8008	0.3236	404	0.27	7678	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8008-2.8408	0.3061	399	0.267	7557	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8408-2.8832	0.3056	412	0.2756	7826	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8832-2.9282	0.3117	405	0.2662	7703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9282-2.9762	0.2921	411	0.2517	7799	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9762-3.0276	0.2883	410	0.2522	7782	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0276-3.0826	0.2912	411	0.2509	7780	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0826-3.1419	0.2601	409	0.2344	7758	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1419-3.2061	0.2565	409	0.2281	7764	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2061-3.2758	0.2656	407	0.2267	7745	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2758-3.352	0.2605	408	0.2204	7734	X-RAY DIFFRACTION	98
3.352-3.4358	0.2672	406	0.2232	7730	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4358-3.5287	0.2376	400	0.2169	7582	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5287-3.6325	0.246	413	0.2113	7843	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6325-3.7498	0.2281	410	0.195	7792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7498-3.8838	0.2086	414	0.1815	7877	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8838-4.0393	0.1936	410	0.1634	7786	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0393-4.2231	0.1952	412	0.1611	7820	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2231-4.4458	0.1798	411	0.1558	7805	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4458-4.7243	0.1837	403	0.1517	7637	X-RAY DIFFRACTION	97
4.7243-5.0891	0.181	417	0.1516	7946	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0891-5.6011	0.2128	411	0.1708	7791	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6011-6.4114	0.2119	412	0.1787	7821	X-RAY DIFFRACTION	98
6.4114-8.0769	0.1893	412	0.168	7834	X-RAY DIFFRACTION	98
8.0769-89.0037	0.189	412	0.1674	7864	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7907	0.0486	-0.2254	0.744	0.1538	0.9615	-0.0763	-0.128	0.067	0.0038	0.0301	0.0313	-0.1463	-0.1709	0.0501	0.3524	0.0815	0.0427	0.5322	0.0285	0.3084	-34.598	-71.557	61.1199
2	1.9815	-0.2311	-0.3041	0.7709	-0.1128	0.8303	-0.1182	-0.0508	0.0683	-0.0042	0.0419	-0.1077	-0.0943	0.1157	0.0714	0.3212	-0.0071	0.0464	0.4119	-0.0061	0.2516	-5.1044	-71.3927	52.223
3	1.7119	-0.3574	-0.2215	0.6387	0.1011	2.0006	0.0068	0.0684	-0.1219	-0.1172	0.0646	0.027	0.0963	-0.0987	-0.0708	0.3489	0.0886	0.0018	0.5311	0.0666	0.3412	-79.9414	-80.9198	70.3758
4	0.679	-0.1069	0.0522	0.8977	0.0147	1.1848	0.04	0.2177	-0.2544	-0.1198	0.0056	0.393	0.2231	-0.8316	-0.0878	0.4402	-0.0295	-0.0633	1.1434	0.0509	0.6149	-109.8582	-88.3164	70.2733
5	1.683	-0.1627	-0.0954	0.9938	0.225	1.5774	-0.1977	-0.5124	-0.285	0.2444	0.1878	0.0375	0.1939	0.1349	-0.0213	0.3658	0.0155	0.0554	0.3577	0.0844	0.303	-130.2818	-27.7454	41.7442
6	1.2319	-0.0819	0.4256	1.147	0.2708	1.4268	-0.1231	-0.2747	-0.3162	0.2612	0.3987	-0.3711	0.373	0.7591	-0.1606	0.4898	0.2047	-0.0782	0.8331	-0.0795	0.5614	-100.6264	-35.8864	40.6413
7	2.1649	0.0133	-0.4081	2.3778	-1.0734	3.2863	-0.0782	0.3096	0.2324	-0.2995	0.0412	0.1463	-0.1542	-0.3892	0.0269	0.5086	0.0967	-0.0322	0.7962	0.0833	0.4167	-61.4083	-61.8736	38.7143
8	0.8211	0.4372	-0.1298	1.5488	0.3096	3.9332	0.0265	-0.5227	0.2524	0.1043	-0.1456	-0.0767	-0.0623	0.5226	0.0972	0.3999	-0.0608	0.0331	0.9338	-0.1051	0.4953	22.0848	-64.3974	75.2065
9	1.9474	1.0266	-0.5096	1.818	0.1218	0.3282	0.3778	-0.1504	-0.7619	-0.2931	-0.6225	-0.4683	0.7143	0.7036	-0.1739	0.7834	0.3657	0.0291	0.7393	0.1705	0.7403	-53.9935	-105.9963	70.7121
10	2.7497	-0.3835	-0.0944	1.3669	0.8452	1.0107	0.1448	-0.0626	0.1266	0.0833	-0.128	0.5629	-0.3256	-1.0422	0.0587	0.5418	0.3725	0.1145	1.7177	0.1125	0.8928	-134.8464	-66.8227	85.3869
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15	1.2749	-0.249	-0.2556	1.2439	0.4222	1.3384	0.031	-0.3677	-0.3511	0.2312	-0.051	-0.0569	0.6704	-0.1013	0.0141	1.0053	-0.0688	-0.0306	0.7777	0.2149	0.7523	-85.3719	-116.5532	94.6269
16	1.5387	-0.2777	-0.1568	0.7221	0.2992	1.6592	0.0008	-0.4655	0.0176	0.1317	-0.0253	0.1545	-0.0778	-0.5833	0.0172	0.5135	0.1877	0.0381	1.0084	0.0632	0.4688	-100.3916	-69.722	108.2329
17	0.6197	0.0694	0.2114	2.0092	-0.1853	1.2351	0.2101	0.2528	-0.7337	-0.2035	0.1951	0.5794	0.4904	0.1107	-0.0497	0.8603	0.0264	-0.1726	0.3743	-0.0538	1.0618	-126.3423	-60.8998	14.0579
18	1.4278	-0.0628	-0.0984	1.4271	0.1703	1.3399	-0.0119	0.5836	0.1662	-0.5441	0.1021	-0.3319	-0.319	0.692	0.0844	0.6944	-0.2576	0.1285	0.8337	0.022	0.4548	-110.0515	-13.7576	4.668

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and resi 2:414
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and resi 2:414
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and resi 2:414
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and resi 3:414
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and resi 2:414
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and resi 3:414
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and resi 415:631
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and resi 415:631
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and resi 415:631
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and resi 415:631
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and resi 415:631
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and resi 415:631
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and resi 632:1170
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18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and resi 632:1170

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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