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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ci7 | ||||||
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タイトル | The structure of YcaO from Methanopyrus kandleri bound with AMPPCP and Mg2+ | ||||||
![]() | YcaO | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / thioamidation / YcaO / AMPPCP / Mg | ||||||
機能・相同性 | Putative methanogenesis marker protein 1 / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile. / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Uncharacterized conserved protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dong, S.-H. / Nair, S.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Enzymatic reconstitution of ribosomal peptide backbone thioamidation. 著者: Mahanta, N. / Liu, A. / Dong, S. / Nair, S.K. / Mitchell, D.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 471 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 399.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 93.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 133.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43055.613 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: AV19 / DSM 6324 / JCM 9639 / NBRC 100938 / 遺伝子: MK0115 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ACP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.15 % |
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結晶化 | 温度: 282.1 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate (tribasic), 0.02 M sodium potassium tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.05 M HEPES pH=7.5, 0.05 M MOPS pH=7.5, 20% glycerol, and 10% PEG 4000 Temp details: 9 C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen flow |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→137.5 Å / Num. obs: 155349 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.6 % / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.823 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.885 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.3→25 Å
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拘束条件 |
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