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- PDB-6ci6: Crystal structure of equine serum albumin in complex with nabumetone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ci6
タイトルCrystal structure of equine serum albumin in complex with nabumetone
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / serum albumin / equine / nabumetone
機能・相同性
機能・相同性情報


enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
nonanoic acid / nabumetone / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Venkataramany, B.S. / Czub, M.P. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Steen, E.H. / Cooper, D.R. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Albumin-Based Transport of Nonsteroidal Anti-Inflammatory Drugs in Mammalian Blood Plasma.
著者: Czub, M.P. / Handing, K.B. / Venkataramany, B.S. / Cooper, D.R. / Shabalin, I.G. / Minor, W.
履歴
登録2018年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,07118
ポリマ－65,8541
非ポリマー1,21717
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area26190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.879, 93.879, 140.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 65854.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P35747

-
非ポリマー , 6種, 113分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NBO / nabumetone / 4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)butan-2-one / ナブメトン


分子量: 228.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16O2 / コメント: 抗炎症剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-KNA / nonanoic acid / ノナン酸


分子量: 158.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18O2
#6: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1 ul of 34 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.4 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.2 M (NH4)2SO4 final pH 7.4) and equilibrated ...詳細: 1 ul of 34 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.4 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.2 M (NH4)2SO4 final pH 7.4) and equilibrated against well solution in 15 Well Crystallization Plate (Qiagen). Crystals were soaked with 10 mM nabumetone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月17日
詳細: 1000 um thick sensor. Mirrors: adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si [111]
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50.01 Å / Num. obs: 17321 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 63.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.129 / Rsym value: 0.115 / Χ2: 0.73 / Net I/av σ(I): 14.1 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueΧ2% possible all
2.8-2.854.90.668710.8160.3350.7420.660.464100
2.85-2.94.80.5778640.8510.2930.6480.471100
2.9-2.965.20.4978520.8840.2440.5540.487100
2.96-3.025.20.3928640.9240.1930.4380.496100
3.02-3.085.20.3668450.9350.1780.4070.507100
3.08-3.155.10.318770.9420.1520.3460.57100
3.15-3.235.10.2728650.9560.1340.3040.534100
3.23-3.324.80.2158550.9690.1090.2420.56599.8
3.32-3.4250.188500.9770.0890.2010.589100
3.42-3.535.10.1588690.980.0780.1770.58299.9
3.53-3.6550.1388700.9860.0690.1550.646100
3.65-3.85.30.1268600.9850.0610.140.71899.9
3.8-3.975.30.1088660.9890.0520.120.735100
3.97-4.185.20.0958610.990.0470.1060.76100
4.18-4.4450.098740.9920.0450.1010.86799.8
4.44-4.7950.0858650.9930.0420.0950.901100
4.79-5.275.30.0878680.9920.0410.0960.919100
5.27-6.035.20.0878710.9920.0420.0970.89100
6.03-7.594.90.0778700.9940.0380.0861.03699.9
7.59-5050.0659040.9950.0320.0731.79699.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V08

3v08


解像度: 2.8→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 17.5 / SU ML: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.389
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2557 788 4.6 %RANDOM
Rwork0.1824 ---
obs0.1858 16496 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.17 Å2 / Biso mean: 64.159 Å2 / Biso min: 26.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.69 Å20.84 Å20 Å2
2--1.69 Å2-0 Å2
3----5.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4524 0 86 96 4706
Biso mean--75.82 48.4 -
残基数----581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194710
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0881.986379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.861310058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8375580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.82624.854206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.86915810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.271520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2703
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02902
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 60 -
Rwork0.294 1163 -
all-1223 -
obs--97.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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