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- PDB-6chx: High Resolution Crystal Structure of the Hemagglutinin H1 Head Do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6chx
タイトルHigh Resolution Crystal Structure of the Hemagglutinin H1 Head Domain of Influenza A virus Solomon Islands
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / hemagglutinin / influenza A virus / Solomon Islands
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Dong, J. / Sevy, A.M. / Crowe, J.E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High Resolution Crystal Structure of the Hemagglutinin H1 Head Domain of Influenza A virus Solomon Islands
著者: Dong, J. / Sevy, A.M. / Crowe, J.E.
履歴
登録2018年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5862
ポリマ－48,5862
非ポリマー00
水9,314517
1
A: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2931
ポリマ－24,2931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2931
ポリマ－24,2931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)159.315, 30.575, 78.718
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 24293.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1MNG6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→42.73 Å / Num. obs: 66743 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.499 / Num. unique all: 3260

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.4→39.642 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 3300 4.95 %
Rwork0.1736 --
obs0.1754 66724 96.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→39.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3368 0 0 517 3885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0364943
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5292079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007655
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3988-1.41880.36951180.30682432X-RAY DIFFRACTION91
1.4188-1.43990.31121380.25232568X-RAY DIFFRACTION95
1.4399-1.46250.28341370.22732567X-RAY DIFFRACTION95
1.4625-1.48640.2271380.21892571X-RAY DIFFRACTION95
1.4864-1.51210.26121240.20232600X-RAY DIFFRACTION95
1.5121-1.53960.2451530.20412576X-RAY DIFFRACTION96
1.5396-1.56920.2471440.20352561X-RAY DIFFRACTION95
1.5692-1.60120.24541390.19462569X-RAY DIFFRACTION95
1.6012-1.6360.21311440.18922670X-RAY DIFFRACTION98
1.636-1.67410.2251270.18622586X-RAY DIFFRACTION95
1.6741-1.71590.22331370.17952604X-RAY DIFFRACTION97
1.7159-1.76230.20591310.18472654X-RAY DIFFRACTION97
1.7623-1.81420.20831320.17722616X-RAY DIFFRACTION96
1.8142-1.87280.22251390.18142672X-RAY DIFFRACTION98
1.8728-1.93970.21421640.16972596X-RAY DIFFRACTION96
1.9397-2.01730.19831240.16392694X-RAY DIFFRACTION98
2.0173-2.10910.20661370.16212653X-RAY DIFFRACTION98
2.1091-2.22030.18961400.17072660X-RAY DIFFRACTION97
2.2203-2.35940.20861500.17672711X-RAY DIFFRACTION98
2.3594-2.54160.22521250.17362725X-RAY DIFFRACTION99
2.5416-2.79730.21731580.17332717X-RAY DIFFRACTION99
2.7973-3.20190.19851170.16752742X-RAY DIFFRACTION99
3.2019-4.03340.1711600.14442767X-RAY DIFFRACTION99
4.0334-39.65790.20591240.16222913X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.9423 Å / Origin y: 2.9252 Å / Origin z: 16.872 Å
111213212223313233
T0.0879 Å2-0.0023 Å2-0.0141 Å2-0.0812 Å20.0055 Å2--0.1072 Å2
L0.3609 °2-0.1934 °2-0.5782 °2-0.2296 °20.4103 °2--1.3008 °2
S-0.0052 Å °-0.0805 Å °0.0357 Å °0.039 Å °0.0535 Å °-0.0406 Å °0.0124 Å °0.1556 Å °-0.0543 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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