PDB-6chv: Proteus vulgaris HigA antitoxin bound to DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6chv

タイトル

Proteus vulgaris HigA antitoxin bound to DNA

要素

Antitoxin HigA
pHigCryst3
pHigCryst4

キーワード

ANTITOXIN/DNA / Helix-turn-helix DNA binding protein / DNA-protein complex / toxin-antitoxin systems / ANTITOXIN / ANTITOXIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin sequestering activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Proteus vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Schureck, M.A. / Hoffer, E.D. / Onuoha, N. / Dunham, C.M.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of transcriptional regulation by the HigA antitoxin.
著者: Schureck, M.A. / Meisner, J. / Hoffer, E.D. / Wang, D. / Onuoha, N. / Ei Cho, S. / Lollar 3rd, P. / Dunham, C.M.

履歴

登録	2018年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.3	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (6)
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複合体I (Complex I)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Antitoxin HigA

C: Antitoxin HigA

I: pHigCryst3

J: pHigCryst4

B: Antitoxin HigA

D: Antitoxin HigA

E: pHigCryst3

F: pHigCryst4

G: Antitoxin HigA

H: Antitoxin HigA

K: pHigCryst3

L: pHigCryst4

ヘテロ分子

118 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Antitoxin HigA

C: Antitoxin HigA

I: pHigCryst3

J: pHigCryst4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39.3 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Antitoxin HigA

D: Antitoxin HigA

E: pHigCryst3

F: pHigCryst4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39.3 kDa, 4 ポリマー
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3

G: Antitoxin HigA

H: Antitoxin HigA

K: pHigCryst3

L: pHigCryst4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39.4 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.449, 79.449, 399.427
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Antitoxin HigA / Antidote protein / Host inhibition of growth protein A 分子量: 13213.810 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: higA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7A224
#2: DNA鎖	pHigCryst3 分子量: 6390.175 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Proteus vulgaris (バクテリア)
#3: DNA鎖	pHigCryst4 分子量: 6492.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Proteus vulgaris (バクテリア)
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M CaCl2 and 10-25% w/v PEG 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→40.41 Å / Num. obs: 76031 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 61 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.9-3.06	13.8	0.389	4673	0.987	0.109	0.404	100
9.17-40.41	12.8	0.062	1020	0.999	0.019	0.065	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2	0.5.474	データ削減
DIALS	1.8.1	データ削減
Aimless	0.6.2	データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHASER		位相決定
PHENIX	1.13-2998	精密化
Coot	0.8.9	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MCT

4mct

解像度: 2.9→39.724 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.96

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2601	1588	4.94 %
R_work	0.2248	-	-
obs	0.2265	76031	98.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 178.97 Å² / B_iso mean: 91.3467 Å² / B_iso min: 35.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→39.724 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4074	2565	6	99	6744
B_iso mean	-	-	87.86	63.47	-
残基数	-	-	-	-	659

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7001-2.7343	0.3725	144	0.399	2720	2864	98
2.7343-2.7702	0.4524	134	0.3673	2615	2749	98
2.7702-2.8082	0.3501	140	0.3685	2701	2841	98
2.8082-2.8483	0.3453	148	0.3539	2671	2819	99
2.8483-2.8908	0.3209	119	0.3397	2705	2824	99
2.8908-2.9359	0.3691	169	0.3381	2705	2874	98
2.9359-2.9841	0.3688	116	0.3164	2671	2787	99
2.9841-3.0355	0.3589	139	0.3097	2638	2777	98
3.0355-3.0907	0.3026	128	0.3244	2727	2855	98
3.0907-3.1501	0.3814	159	0.2939	2623	2782	98
3.1501-3.2144	0.3265	138	0.3082	2607	2745	97
3.2144-3.2842	0.3514	196	0.2724	2598	2794	96
3.2842-3.3606	0.2632	161	0.2412	2522	2683	95
3.3606-3.4446	0.2279	127	0.2431	2751	2878	97
3.4446-3.5377	0.3371	94	0.248	2646	2740	99
3.5377-3.6417	0.3091	148	0.2579	2658	2806	96
3.6417-3.7591	0.2941	122	0.2375	2645	2767	97
3.7591-3.8934	0.295	160	0.2424	2634	2794	99
3.8934-4.0491	0.2621	158	0.2088	2679	2837	99
4.0491-4.2332	0.1973	124	0.1801	2733	2857	100
4.2332-4.4561	0.247	164	0.1866	2701	2865	99
4.4561-4.7349	0.2205	106	0.1839	2730	2836	99
4.7349-5.0998	0.238	162	0.1887	2686	2848	99
5.0998-5.6117	0.2411	129	0.1821	2727	2856	100
5.6117-6.4208	0.1654	128	0.1744	2708	2836	100
6.4208-8.0783	0.176	120	0.1909	2796	2916	100
8.0783-39.7286	0.2076	123	0.1721	2678	2801	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1863	-1.951	-0.0928	5.8402	-0.2713	2.7415	0.3675	1.3975	0.3422	-0.1093	-0.2588	-0.78	0.2846	1.761	-0.2262	1.045	0.0349	0.222	0.9621	-0.0574	0.7212	16.2074	-34.1175	-60.6546
2	5.4082	-4.6616	5.3987	6.8014	-4.7117	5.3991	0.6218	2.3787	-0.9316	-2.1192	-0.4325	-0.159	1.5563	1.303	-0.1977	1.0837	0.0899	0.0966	0.9518	-0.0098	0.5707	7.8245	-36.7814	-73.1172
3	0.7077	1.405	-0.9081	3.2175	-0.5897	6.985	0.3817	1.3301	0.5053	-0.4994	-0.0221	-0.1219	0.0185	-0.8809	-0.2551	0.9413	0.187	0.1305	1.1465	0.1261	0.4971	3.6582	-25.8608	-71.9493
4	5.0938	3.0866	-1.1324	3.3603	-3.6532	7.7701	0.6832	1.3719	0.0753	-0.4388	0.4963	0.6164	0.4047	-0.9897	-0.8385	0.7918	-0.0636	-0.0066	1.3032	0.0802	0.3484	-4.3532	-33.2718	-67.6554
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45	3.5043	-0.4503	-1.2617	5.7265	-2.8177	2.0525	0.6628	-0.4032	-0.8152	0.4975	0.4196	0.8925	0.9637	-1.1386	-0.9483	1.3956	-0.3984	-0.2294	1.4176	0.3994	0.8546	-25.3509	-64.5829	-51.1445
46	6.5067	-1.9163	5.0286	0.6959	-0.8291	7.3764	0.8803	-0.7299	-0.9862	0.0395	0.3341	0.5579	0.2115	-0.9137	-1.025	1.3264	-0.2657	-0.2754	1.128	0.3087	0.7139	-17.997	-67.7762	-43.7668
47	1.6931	0.1397	-0.4494	4.6327	-3.6291	3.6637	0.9936	-0.2095	-0.5819	0.3101	0.3532	1.1401	0.9963	-1.9332	-1.2398	1.4124	-0.296	-0.2296	1.6708	0.4338	0.8863	-29.0315	-59.2132	-65.1344
48	6.2524	1.1035	-2.6564	7.8085	1.8263	3.7912	1.112	1.1862	-0.3708	-1.3366	0.7266	2.3331	0.3298	-1.2344	-1.4228	1.3495	-0.0573	-0.499	1.7123	0.4264	1.0972	-34.9504	-51.5403	-89.9908

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 9 )	A	4 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 20 )	A	10 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 21 through 49 )	A	21 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 50 through 63 )	A	50 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 64 through 81 )	A	64 - 81
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 82 through 92 )	A	82 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 4 through 8 )	C	4 - 8
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 9 through 49 )	C	9 - 49
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 50 through 63 )	C	50 - 63
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 64 through 91 )	C	64 - 91
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'I' and (resid 1 through 5 )	I	1 - 5
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'I' and (resid 6 through 15 )	I	6 - 15
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'I' and (resid 16 through 21 )	I	16 - 21
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'J' and (resid 1 through 5 )	J	1 - 5
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'J' and (resid 6 through 10 )	J	6 - 10
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'J' and (resid 11 through 15 )	J	11 - 15
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'J' and (resid 16 through 21 )	J	16 - 21
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 5 through 20 )	B	5 - 20
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 21 through 31 )	B	21 - 31
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 32 through 43 )	B	32 - 43
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 44 through 49 )	B	44 - 49
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 50 through 63 )	B	50 - 63
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 64 through 79 )	B	64 - 79
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 80 through 92 )	B	80 - 92
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 5 through 20 )	D	5 - 20
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 21 through 49 )	D	21 - 49
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 50 through 63 )	D	50 - 63
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 64 through 78 )	D	64 - 78
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 79 through 88 )	D	79 - 88
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 89 through 95 )	D	89 - 95
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 1 through 10 )	E	1 - 10
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 11 through 21 )	E	11 - 21
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 1 through 5 )	F	1 - 5
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 6 through 15 )	F	6 - 15
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 16 through 21 )	F	16 - 21
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 6 through 49 )	G	6 - 49
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 50 through 81 )	G	50 - 81
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 82 through 96 )	G	82 - 96
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 7 through 20 )	H	7 - 20
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 21 through 49 )	H	21 - 49
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 50 through 63 )	H	50 - 63
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 64 through 77 )	H	64 - 77
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 78 through 92 )	H	78 - 92
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'K' and (resid 1 through 10 )	K	1 - 10
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'K' and (resid 11 through 21 )	K	11 - 21
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'L' and (resid 1 through 5 )	L	1 - 5
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'L' and (resid 6 through 15 )	L	6 - 15
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'L' and (resid 16 through 21 )	L	16 - 21

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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