[日本語] English
万見
- PDB-6chv: Proteus vulgaris HigA antitoxin bound to DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6chv
タイトルProteus vulgaris HigA antitoxin bound to DNA
要素
  • Antitoxin HigA
  • pHigCryst3
  • pHigCryst4
キーワードANTITOXIN/DNA / Helix-turn-helix DNA binding protein / DNA-protein complex / toxin-antitoxin systems / ANTITOXIN / ANTITOXIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin sequestering activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Toxin-antitoxin system, antidote protein, HigA / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitoxin HigA
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Schureck, M.A. / Hoffer, E.D. / Onuoha, N. / Dunham, C.M.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of transcriptional regulation by the HigA antitoxin.
著者: Schureck, M.A. / Meisner, J. / Hoffer, E.D. / Wang, D. / Onuoha, N. / Ei Cho, S. / Lollar 3rd, P. / Dunham, C.M.
履歴
登録2018年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Antitoxin HigA
C: Antitoxin HigA
I: pHigCryst3
J: pHigCryst4
B: Antitoxin HigA
D: Antitoxin HigA
E: pHigCryst3
F: pHigCryst4
G: Antitoxin HigA
H: Antitoxin HigA
K: pHigCryst3
L: pHigCryst4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,07618
ポリマ－117,93012
非ポリマー1466
水1,78399
1
A: Antitoxin HigA
C: Antitoxin HigA
I: pHigCryst3
J: pHigCryst4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3345
ポリマ－39,3104
非ポリマー241
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Antitoxin HigA
D: Antitoxin HigA
E: pHigCryst3
F: pHigCryst4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3345
ポリマ－39,3104
非ポリマー241
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Antitoxin HigA
H: Antitoxin HigA
K: pHigCryst3
L: pHigCryst4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4078
ポリマ－39,3104
非ポリマー974
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.449, 79.449, 399.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質
Antitoxin HigA / Antidote protein / Host inhibition of growth protein A


分子量: 13213.810 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: higA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7A224
#2: DNA鎖 pHigCryst3


分子量: 6390.175 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Proteus vulgaris (バクテリア)
#3: DNA鎖 pHigCryst4


分子量: 6492.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Proteus vulgaris (バクテリア)
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M CaCl2 and 10-25% w/v PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40.41 Å / Num. obs: 76031 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.9-3.0613.80.38946730.9870.1090.404100
9.17-40.4112.80.06210200.9990.0190.06598.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia20.5.474データ削減
DIALS1.8.1データ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHENIX位相決定
PHASER位相決定
PHENIX1.13-2998精密化
Coot0.8.9モデル構築
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MCT

4mct


解像度: 2.9→39.724 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2601 1588 4.94 %
Rwork0.2248 --
obs0.2265 76031 98.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 178.97 Å2 / Biso mean: 91.3467 Å2 / Biso min: 35.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→39.724 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4074 2565 6 99 6744
Biso mean--87.86 63.47 -
残基数----659
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7001-2.73430.37251440.3992720286498
2.7343-2.77020.45241340.36732615274998
2.7702-2.80820.35011400.36852701284198
2.8082-2.84830.34531480.35392671281999
2.8483-2.89080.32091190.33972705282499
2.8908-2.93590.36911690.33812705287498
2.9359-2.98410.36881160.31642671278799
2.9841-3.03550.35891390.30972638277798
3.0355-3.09070.30261280.32442727285598
3.0907-3.15010.38141590.29392623278298
3.1501-3.21440.32651380.30822607274597
3.2144-3.28420.35141960.27242598279496
3.2842-3.36060.26321610.24122522268395
3.3606-3.44460.22791270.24312751287897
3.4446-3.53770.3371940.2482646274099
3.5377-3.64170.30911480.25792658280696
3.6417-3.75910.29411220.23752645276797
3.7591-3.89340.2951600.24242634279499
3.8934-4.04910.26211580.20882679283799
4.0491-4.23320.19731240.180127332857100
4.2332-4.45610.2471640.18662701286599
4.4561-4.73490.22051060.18392730283699
4.7349-5.09980.2381620.18872686284899
5.0998-5.61170.24111290.182127272856100
5.6117-6.42080.16541280.174427082836100
6.4208-8.07830.1761200.190927962916100
8.0783-39.72860.20761230.17212678280198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1863-1.951-0.09285.8402-0.27132.74150.36751.39750.3422-0.1093-0.2588-0.780.28461.761-0.22621.0450.03490.2220.9621-0.05740.721216.2074-34.1175-60.6546
25.4082-4.66165.39876.8014-4.71175.39910.62182.3787-0.9316-2.1192-0.4325-0.1591.55631.303-0.19771.08370.08990.09660.9518-0.00980.57077.8245-36.7814-73.1172
30.70771.405-0.90813.2175-0.58976.9850.38171.33010.5053-0.4994-0.0221-0.12190.0185-0.8809-0.25510.94130.1870.13051.14650.12610.49713.6582-25.8608-71.9493
45.09383.0866-1.13243.3603-3.65327.77010.68321.37190.0753-0.43880.49630.61640.4047-0.9897-0.83850.7918-0.0636-0.00661.30320.08020.3484-4.3532-33.2718-67.6554
58.275-0.93046.34654.8137-0.25396.0140.82680.3371-0.4447-0.0884-0.1003-0.35970.89760.0606-0.60280.92840.06440.08710.7209-0.06550.39494.5169-35.6854-56.1854
68.6204-0.792-5.2466.1426-0.84873.54250.1739-1.2887-0.26091.46990.2366-0.0540.82131.0422-0.43281.19420.1171-0.16640.8027-0.1710.53876.0686-35.4309-35.3627
78.73415.74775.56756.60765.5614.83180.4614-0.4889-0.00131.766-0.56380.74541.1681-0.6213-0.41591.7214-0.2780.36521.1630.06650.9365-16.4602-35.1736-50.4766
89.4425-0.6741-1.74521.833-1.0076.6698-0.0132-0.67820.02820.6525-0.13720.15220.2169-0.68330.08241.1257-0.00720.19220.65020.00250.4341-6.8702-29.498-36.6622
97.7223-5.5965-3.41748.13315.66964.03580.3619-0.7525-0.22580.36180.0410.47810.3010.4891-0.35820.75870.0784-0.02780.5191-0.07360.32521.1242-35.3934-41.4904
102.60280.2969-1.36822.15711.95723.59020.65161.05970.07850.0302-0.33560.52960.3962-1.7352-0.30650.80310.0040.03271.09790.09040.513-8.5511-32.978-59.6079
110.70260.52790.40381.8649-1.68422.81090.24640.75340.7034-0.3540.09780.1835-0.7704-0.3187-0.31411.28990.05350.3991.34250.25550.574310.935-20.8949-77.7186
122.55321.7423-0.18643.44660.23450.06590.68370.63411.148-0.13920.6482-0.0275-1.6461-0.367-0.6081.82860.11920.55941.00330.15230.8151.4719-13.7293-55.2148
137.25430.4534-0.74073.4297-2.26932.080.6336-1.03591.76461.40730.46960.5139-1.8152-0.5552-0.99942.06260.18880.55771.0975-0.13630.9153-8.2378-12.1142-30.4694
143.7273-1.5772.56453.062-1.11813.7570.5179-0.12850.5137-0.0628-0.1282-0.15060.55310.1612-0.3591.35380.05980.3231.0641-0.04550.5609-10.6455-20.2464-30.3577
159.3112-2.75012.36517.63-0.02764.1794-1.07390.80620.6321-0.02361.2949-0.8282-1.7749-0.4933-0.06442.1990.01970.60660.92350.0011.0474-1.6273-9.8525-44.1655
162.96250.5228-2.3616.3697-3.12523.07721.2945-0.01281.26390.5624-0.11250.2444-1.7946-0.6365-1.00941.41660.17870.36921.05280.07860.69083.4078-17.7875-60.0511
178.7129-1.9248-3.88753.64764.74956.46140.53610.57121.6176-0.88170.973-0.6373-1.55630.5453-0.8511.90920.04560.60681.36820.24310.929210.8101-12.3991-76.9059
182.6412.8515-3.99177.9813-4.60736.32910.76480.0632-0.0389-0.47470.4620.68591.5148-0.4422-0.83110.96520.2183-0.11960.74230.0190.42175.1061-56.3429-55.4373
191.29872.1709-0.58437.18853.59146.1799-0.14081.0897-0.3426-0.53710.6906-0.6532-0.42331.2956-0.37560.83940.331-0.12371.08-0.18890.394415.8604-52.8793-65.2621
201.0556-1.70470.13265.03372.56053.36760.2127-0.3418-0.15980.60440.1795-0.48711.10181.0397-0.2150.79650.2784-0.1410.6839-0.16210.430318.1363-58.0946-57.1452
216.817-5.4041-2.09169.24060.84640.78280.1882-0.1974-0.26830.67440.1579-0.99481.19030.5529-0.53780.97290.3314-0.15810.6085-0.10240.453715.997-57.5664-49.3324
224.2581-2.1267-5.25287.32274.57297.14940.83460.1822-0.0008-0.5529-0.1524-0.14120.29010.5387-0.78790.73590.0799-0.0740.6291-0.0960.332313.8464-45.7984-54.2497
235.5158-1.66692.00279.7274-6.63844.8-0.0401-0.263-0.51380.72340.8483-0.33440.3506-1.3424-0.94891.01780.1873-0.17470.9759-0.09680.43978.5771-52.056-43.5719
247.255-2.813-3.03626.91625.83728.56250.2644-0.5732-0.5861.1393-0.81170.51911.4523-1.47120.3391.2673-0.1441-0.12180.96780.09210.58768.6094-56.491-23.7697
253.226-0.336-4.00422.74412.79087.89070.326-0.61420.98670.2472-0.6843-0.1272-1.99210.26230.01491.36530.152-0.18640.9175-0.14170.614717.849-38.4271-26.3157
266.72411.55490.21614.0653-0.0541.48370.2569-0.59-0.05450.7239-0.2952-0.470.5151-0.2868-0.08451.08750.0632-0.20990.8095-0.11590.468921.8023-49.7684-23.533
274.37130.2733.06866.7285-4.23235.0630.7001-1.6499-0.07231.07310.45570.21750.6191-0.7247-0.87320.89650.0185-0.09440.8691-0.04010.488111.1978-50.8685-27.9156
283.94630.9823-1.02851.3222-2.55295.27580.04490.3890.57290.39030.2683-0.1287-0.5562-0.3402-0.29221.19480.2522-0.04930.6899-0.12770.4214.4053-43.2296-37.7677
298.70211.74274.13651.9419-1.54178.0440.6962-1.01061.50920.7633-0.47-0.5114-1.44750.5472-0.29870.83460.03680.08411.0122-0.13910.609521.6675-39.8306-54.8919
308.3467-4.82162.60143.7804-0.33422.72820.60143.2397-0.7304-2.93670.43372.08111.1492-1.1142-1.23321.3108-0.1262-0.22321.43410.04360.94097.2802-44.7318-67.8234
311.05070.94490.69761.12380.09473.09490.6362-0.027-0.44980.33170.7955-0.77871.22241.27490.12531.55540.6279-0.40381.3869-0.52940.633124.5101-64.6827-57.9431
323.7221-1.1701-1.45824.43671.71620.98060.8660.0655-0.25610.19770.1962-1.04590.36781.01180.05791.55880.1894-0.45031.2169-0.29590.677232.8006-54.3086-25.9275
331.82730.42420.87720.9679-0.55411.10590.0814-0.4402-0.18510.03360.1685-0.49860.50820.00760.11631.94520.1599-0.72481.0133-0.2695-0.171630.5632-47.6861-17.6765
342.9704-0.28980.70441.16261.08934.38270.8036-0.1409-0.40920.44340.4542-0.60610.69780.67710.74031.64020.5651-0.6261.391-0.45490.751729.888-59.6032-40.0445
352.83591.53382.37361.63861.09272.04380.70620.1661-0.7637-0.43710.191-0.56431.2250.8783-0.09861.69330.6399-0.45491.522-0.65830.859225.3391-68.2668-64.7812
363.10150.2903-3.07863.2597-1.42893.57230.45760.7940.0761-1.1182-0.6656-0.09530.21131.34870.20511.12930.1518-0.13021.6180.23480.5746-16.633-50.962-85.5291
373.5710.7195-1.78535.5674.29899.70020.15131.02730.3358-0.57080.2982-0.4304-0.03382.0366-0.26120.9190.1657-0.05661.61010.29250.6032-9.9509-52.8996-74.6912
388.48050.1727-1.41578.11795.30466.87870.294-1.46680.5190.94210.28220.22970.21150.7503-0.49910.8327-0.127-0.01190.67350.11290.7521-6.4483-48.0954-46.963
393.9895-1.9092.43625.8065-1.40581.50551.2242-0.5216-0.6520.539-0.7151-0.5333.68421-0.39861.3867-0.0531-0.22210.96570.17650.6084-4.0306-65.0336-52.7595
406.8321-1.2429-0.82916.6966-0.50430.23070.1476-0.1296-0.06720.5946-0.08530.14230.7514-0.636-0.21920.9179-0.1378-0.1580.93110.20260.487-14.1761-60.2983-50.414
411.99612.1682-3.74487.9382-1.17429.02540.44580.10850.34870.66860.12970.33340.47970.1738-0.54260.6464-0.1101-0.05180.59060.16190.3854-7.9481-52.2487-56.1017
424.79765.28444.75976.32275.65545.16280.36351.6774-0.5192-0.53280.358-0.42791.35021.7402-0.82991.08550.1784-0.21311.45030.06270.5834-6.1995-59.481-65.6887
438.34555.154-5.58788.7205-6.57545.4887-0.92260.1595-0.2747-1.00590.4667-0.14182.54880.33380.46381.55190.2606-0.13471.2052-0.18720.8571-10.6906-65.9995-83.892
442.50461.2309-1.06692.36552.00034.25590.9421-0.1191-0.8626-0.4553-0.4050.99740.2865-0.1579-0.28641.16240.0882-0.34461.67590.35550.8564-31.0336-52.9846-83.4266
453.5043-0.4503-1.26175.7265-2.81772.05250.6628-0.4032-0.81520.49750.41960.89250.9637-1.1386-0.94831.3956-0.3984-0.22941.41760.39940.8546-25.3509-64.5829-51.1445
466.5067-1.91635.02860.6959-0.82917.37640.8803-0.7299-0.98620.03950.33410.55790.2115-0.9137-1.0251.3264-0.2657-0.27541.1280.30870.7139-17.997-67.7762-43.7668
471.69310.1397-0.44944.6327-3.62913.66370.9936-0.2095-0.58190.31010.35321.14010.9963-1.9332-1.23981.4124-0.296-0.22961.67080.43380.8863-29.0315-59.2132-65.1344
486.25241.1035-2.65647.80851.82633.79121.1121.1862-0.3708-1.33660.72662.33310.3298-1.2344-1.42281.3495-0.0573-0.4991.71230.42641.0972-34.9504-51.5403-89.9908
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 9 )A4 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 10 through 20 )A10 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 21 through 49 )A21 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 50 through 63 )A50 - 63
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 64 through 81 )A64 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 82 through 92 )A82 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 4 through 8 )C4 - 8
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 9 through 49 )C9 - 49
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 50 through 63 )C50 - 63
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 64 through 91 )C64 - 91
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'I' and (resid 1 through 5 )I1 - 5
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'I' and (resid 6 through 15 )I6 - 15
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'I' and (resid 16 through 21 )I16 - 21
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'J' and (resid 1 through 5 )J1 - 5
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'J' and (resid 6 through 10 )J6 - 10
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'J' and (resid 11 through 15 )J11 - 15
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'J' and (resid 16 through 21 )J16 - 21
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 5 through 20 )B5 - 20
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 21 through 31 )B21 - 31
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 32 through 43 )B32 - 43
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 44 through 49 )B44 - 49
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 50 through 63 )B50 - 63
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 64 through 79 )B64 - 79
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 80 through 92 )B80 - 92
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 5 through 20 )D5 - 20
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 21 through 49 )D21 - 49
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 50 through 63 )D50 - 63
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 64 through 78 )D64 - 78
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 79 through 88 )D79 - 88
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 89 through 95 )D89 - 95
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 1 through 10 )E1 - 10
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 11 through 21 )E11 - 21
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 1 through 5 )F1 - 5
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 6 through 15 )F6 - 15
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 16 through 21 )F16 - 21
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 6 through 49 )G6 - 49
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 50 through 81 )G50 - 81
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 82 through 96 )G82 - 96
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 7 through 20 )H7 - 20
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 21 through 49 )H21 - 49
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 50 through 63 )H50 - 63
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 64 through 77 )H64 - 77
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 78 through 92 )H78 - 92
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'K' and (resid 1 through 10 )K1 - 10
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'K' and (resid 11 through 21 )K11 - 21
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'L' and (resid 1 through 5 )L1 - 5
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'L' and (resid 6 through 15 )L6 - 15
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'L' and (resid 16 through 21 )L16 - 21

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る