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- PDB-6chk: Crystal structure of LacI family transcriptional regulator from L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6chk
タイトルCrystal structure of LacI family transcriptional regulator from Lactobacillus casei, Target EFI-512911, with bound TRIS
要素Transcriptional regulator, LacI family
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional Regulator / Lactobacillus casei / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / LacI-type HTH domain signature. / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I ...Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / LacI-type HTH domain signature. / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, LacI family
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus paracasei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Shabalin, I.G. / Kowiel, M. / Porebski, P.J. / Minor, W. / Jaskolski, M. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Shabalin, I.G. / Kowiel, M. / Porebski, P.J. / Minor, W. / Jaskolski, M. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative, E.F.I.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)HG008424 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117325 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117080 米国
引用ジャーナル: Bioinformatics / 年: 2019
タイトル: Automatic recognition of ligands in electron density by machine learning.
著者: Kowiel, M. / Brzezinski, D. / Porebski, P.J. / Shabalin, I.G. / Jaskolski, M. / Minor, W.
履歴
登録2018年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年3月7日ID: 4RK3
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, LacI family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6834
ポリマ－30,5031
非ポリマー1813
水5,675315
1
A: Transcriptional regulator, LacI family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, LacI family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3668
ポリマ－61,0052
非ポリマー3616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area3990 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area22030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.715, 108.715, 125.395
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-281-

PHE

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, LacI family


分子量: 30502.631 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 54-333 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus paracasei (バクテリア)
株: ATCC 334 / BCRC 17002 / CIP 107868 / KCTC 3260 / NRRL B-441
遺伝子: LSEI_2103 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q036L9
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: protein in 10 mM Bis-Tris, 500 mM sodium chloride, 10% glycerol, 5 mM DTT, TEV protease (1:100 ratio), reservoir: 0.17 M sodium acetate, 0.085 M Tris-HCl, pH 8.5, 25.5% w/v PEG4000, 15% w/v ...詳細: protein in 10 mM Bis-Tris, 500 mM sodium chloride, 10% glycerol, 5 mM DTT, TEV protease (1:100 ratio), reservoir: 0.17 M sodium acetate, 0.085 M Tris-HCl, pH 8.5, 25.5% w/v PEG4000, 15% w/v glycerol, cryoprotectant = reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 26573 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
SHELX位相決定
SHELXモデル構築
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 4.677 / SU ML: 0.074 / SU R Cruickshank DPI: 0.1018 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1902 775 2.9 %RANDOM
Rwork0.1438 ---
obs0.1453 25794 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.18 Å2 / Biso mean: 31.106 Å2 / Biso min: 14.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å2-0.58 Å20 Å2
2---1.16 Å20 Å2
3---3.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2062 0 10 315 2387
Biso mean--30.03 41.54 -
残基数----270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192165
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022037
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6331.9572954
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9934717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1855282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.61724.158101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4215350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4441515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02433
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 36 -
Rwork0.224 1903 -
all-1939 -
obs--99.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.551 Å / Origin y: 24.333 Å / Origin z: 17.594 Å
111213212223313233
T0.0891 Å2-0.0143 Å20.0165 Å2-0.1199 Å20.003 Å2--0.0146 Å2
L1.0454 °2-0.764 °20.4052 °2-1.4808 °2-0.4812 °2--0.7018 °2
S0.033 Å °0.0449 Å °-0.0978 Å °0.0033 Å °0.0051 Å °0.0861 Å °0.0204 Å °-0.0681 Å °-0.038 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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